seq1 = pF1KB8230.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB8230/gi568815590f_135357867.tfa (gi568815590f:135357867_135747081), 389215 bp

>pF1KB8230 1038
>gi568815590f:135357867_135747081 (Chr8)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-207  (163371-163489)   100% ->
208-324  (184788-184904)   100% ->
325-471  (190888-191034)   100% ->
472-611  (199582-199721)   100% ->
612-807  (224012-224207)   100% ->
808-890  (249089-249171)   100% ->
891-949  (287193-287251)   100% ->
950-1038  (289127-289215)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGAAGTACCTGCCCGAGCTGATGGCGGAGAAGGACTCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGAAGTACCTGCCCGAGCTGATGGCGGAGAAGGACTCCCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCTCCTTCACGCACGCCCTGCGCCTGGTGAACCAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CCCCTCCTTCACGCACGCCCTGCGCCTGGTGAACCAAGGTG...CAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAAAAGTTTCAAAAAGGAGAAGGCAAGGATGAAGAAAAGTACATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163374 TAGAAAAGTTTCAAAAAGGAGAAGGCAAGGATGAAGAAAAGTACATCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTGATTAATAAGAACATGAAGCTGGGACAGAAAGTGTTAATTCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163424 GTGGTGATTAATAAGAACATGAAGCTGGGACAGAAAGTGTTAATTCCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAACAGTTCCCTAAG         TTCAACTTTGTGGGGAAACTTTTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 163474 AAAACAGTTCCCTAAGGTA...TAGTTCAACTTTGTGGGGAAACTTTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCCACGTGGCAATTCTCTGAAGCGTTTACAAGAAGAAACCTTGACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184813 GTCCACGTGGCAATTCTCTGAAGCGTTTACAAGAAGAAACCTTGACAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTCCATCCTTGGGAAAGGTTCCATGAGAGACAAGGCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 184863 ATGTCCATCCTTGGGAAAGGTTCCATGAGAGACAAGGCCAAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  GAAGAAGAGTTGAGGAAAAGTGGAGAAGCGAAGTACTTCCATCTCAATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190887 GGAAGAAGAGTTGAGGAAAAGTGGAGAAGCGAAGTACTTCCATCTCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGATCTCCATGTTCTCATTGAAGTGTTTGCCCCACCTGCAGAAGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190937 ATGATCTCCATGTTCTCATTGAAGTGTTTGCCCCACCTGCAGAAGCTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAGGATGGGACATGCTTTGGAAGAAATCAAAAAGTTCCTCATCCCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 190987 GCCAGGATGGGACATGCTTTGGAAGAAATCAAAAAGTTCCTCATCCCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GATTATAATGATGAGATCAGGCAAGCACAGCTCCAGGAGTTAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191037 T...TAGGATTATAATGATGAGATCAGGCAAGCACAGCTCCAGGAGTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATATTTGAATGGTGGTTCAGAAAATGCAGATGTTCCAGTGGTTCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199625 CATATTTGAATGGTGGTTCAGAAAATGCAGATGTTCCAGTGGTTCGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAACCCACCTTGCGTACAAGAGGTGTACCAGCCCCAGCAATAACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 199675 AAACCCACCTTGCGTACAAGAGGTGTACCAGCCCCAGCAATAACCAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612       GGGAAGGGGAGGAGTTACAGCCCGGCCAGTTGGAGTTGTAGTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199725 ...CAGGGGAAGGGGAGGAGTTACAGCCCGGCCAGTTGGAGTTGTAGTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACGAGGGACGCCAACTCCCAGAGGAGTCCTGTCCACCCGAGGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224056 CACGAGGGACGCCAACTCCCAGAGGAGTCCTGTCCACCCGAGGGCCAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTCGGGGAAGAGGACTTCTCACTCCCAGAGCAAGAGGAGTCCCCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224106 AGTCGGGGAAGAGGACTTCTCACTCCCAGAGCAAGAGGAGTCCCCCCAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGGTACAGACCTCCACCGCCACCCCCGACACAAGAGACTTATGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224156 TGGGTACAGACCTCCACCGCCACCCCCGACACAAGAGACTTATGGAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AT         GACTATGATGATGGATATGGCACTGCTTATGATGAACAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224206 ATGTA...TAGGACTATGATGATGGATATGGCACTGCTTATGATGAACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTTATGATTCCTATGATAACAGCTATAGCACCCCAGCCCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 249128 AGTTATGATTCCTATGATAACAGCTATAGCACCCCAGCCCAAAGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891    TGGTGCTGATTACTATGATTACGGACATGGACTCAGTGAGGAGACTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287190 CAGTGGTGCTGATTACTATGATTACGGACATGGACTCAGTGAGGAGACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGATTCCTACG         GGCAAGAAGAGTGGACTAACTCAAGACAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 287240 ATGATTCCTACGGTG...TAGGGCAAGAAGAGTGGACTAACTCAAGACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGCACCTTCAGCGAGGACAGCAAAGGGCGTCTACAGAGACCAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289156 AAGGCACCTTCAGCGAGGACAGCAAAGGGCGTCTACAGAGACCAGCCATA

   1100     .    :
   1029 TGGCAGATAC
        ||||||||||
 289206 TGGCAGATAC