seq1 = pF1KB8228.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KB8228/gi568815597f_150050911.tfa (gi568815597f:150050911_150259520), 208610 bp

>pF1KB8228 1227
>gi568815597f:150050911_150259520 (Chr1)

1-30  (99348-99377)   100% ->
31-177  (100002-100148)   100% ->
178-318  (105156-105296)   100% ->
319-423  (106001-106105)   100% ->
424-525  (106475-106576)   100% ->
526-1227  (107909-108610)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGAAGAAGAACAATTCCGCCAAGCGG         GGACCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99348 ATGATGAAGAAGAACAATTCCGCCAAGCGGGTG...CAGGGACCTCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGAAACCAGCAGCCTGCACCGCCCGAGAAGGTCGGCTGGGTCCGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TGGAAACCAGCAGCCTGCACCGCCCGAGAAGGTCGGCTGGGTCCGGAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTGCGGGAAAGGGATTTTCAGGGAGATTTGGAAAAACCGCTATGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 TCTGCGGGAAAGGGATTTTCAGGGAGATTTGGAAAAACCGCTATGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAAAGGGGACCAGCTCTACATCTCTGAGAAGGAG         GTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100113 CTGAAAGGGGACCAGCTCTACATCTCTGAGAAGGAGGTG...TAGGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATGAGAAAAATATTCAAGAGGTATTTGACCTGAGTGACTATGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105161 AGATGAGAAAAATATTCAAGAGGTATTTGACCTGAGTGACTATGAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGAAGAGCTCCGGAAGTCCAAGAGCAGGAGCAAGAAAAATCATAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105211 GTGAAGAGCTCCGGAAGTCCAAGAGCAGGAGCAAGAAAAATCATAGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTACTCTTGCCCACTCCAAACAGCCCGGTAACACG         GCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105261 TTTACTCTTGCCCACTCCAAACAGCCCGGTAACACGGTA...CAGGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACCTGATCTTCCTGGCAGTGAGTCCAGAAGAGAAGGAATCGTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106006 CAACCTGATCTTCCTGGCAGTGAGTCCAGAAGAGAAGGAATCGTGGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCCCTCAACTCTGCCATCACCCGAGCCAAGAACCGTATCTTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 ATGCCCTCAACTCTGCCATCACCCGAGCCAAGAACCGTATCTTGGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          GTCACCGTTGAGGAGGACAGCTATCTTGCCCATCCCACTCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106106 GTC...CAGGTCACCGTTGAGGAGGACAGCTATCTTGCCCATCCCACTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGACAGGGCAAAAATCCAGCACTCCCGCCGCCCCCCAACAAGGGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106516 AGACAGGGCAAAAATCCAGCACTCCCGCCGCCCCCCAACAAGGGGACACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAATGGCTGTG         GCTTCCACCTCTACCTCGGATGGGATGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106566 TAATGGCTGTGGTA...CAGGCTTCCACCTCTACCTCGGATGGGATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCTTGGACTTGATCCAAGAGGAAGACCCTTCCCCTGAGGAACCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107939 ACCTTGGACTTGATCCAAGAGGAAGACCCTTCCCCTGAGGAACCAACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTGTGCTGAGAGCTTTCGGGTTGACCTGGACAAGTCTGTGGCCCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107989 TTGTGCTGAGAGCTTTCGGGTTGACCTGGACAAGTCTGTGGCCCAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGGGAGCCGGCGGAGAGCGGACTCAGACCGCATCCAGCCCTCCGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108039 CAGGGAGCCGGCGGAGAGCGGACTCAGACCGCATCCAGCCCTCCGCAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGGCAAGCAGTCTCTCCCGACCTTGGGAAAAAACAGACAAAGGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108089 CGGGCAAGCAGTCTCTCCCGACCTTGGGAAAAAACAGACAAAGGGGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTACACCCCCCAGGCACCCAAGAAGTTGACGCCCACAGAGAAAGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108139 CTACACCCCCCAGGCACCCAAGAAGTTGACGCCCACAGAGAAAGGCCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGCCTCCCTGGAGGAGATCCTATCTCAGCGGGATGCTGCCTCTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108189 GCGCCTCCCTGGAGGAGATCCTATCTCAGCGGGATGCTGCCTCTGCCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCCTCCAGCTGCGGGCTGAGGAACCCCCAACCCCTGCCCTCCCCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108239 ACCCTCCAGCTGCGGGCTGAGGAACCCCCAACCCCTGCCCTCCCCAACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGGCAGCTGTCCCGGATCCAGGACCTGGTAGCAAGGAAACTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108289 GGGGCAGCTGTCCCGGATCCAGGACCTGGTAGCAAGGAAACTGGAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCAGGAGCTTCTGGCAGAGGTTCAGGGACTGGGAGATGGGAAGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108339 CTCAGGAGCTTCTGGCAGAGGTTCAGGGACTGGGAGATGGGAAGCGAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCAAGGACCCCCCTCGGTCTCCGCCGGATTCTGAGTCAGAGCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108389 GCCAAGGACCCCCCTCGGTCTCCGCCGGATTCTGAGTCAGAGCAGCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTGGAGACGGAACGGCTGCTGGGAGAGGCATCATCGAATTGGAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108439 GCTGGAGACGGAACGGCTGCTGGGAGAGGCATCATCGAATTGGAGCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAAAGAGGGTGCTGCAGGAGGTCAGGGAGCTGAGAGACCTGTACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108489 CAAAGAGGGTGCTGCAGGAGGTCAGGGAGCTGAGAGACCTGTACAGACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ATGGACCTGCAGACCCCGGACTCCCACCTCAGACAGACCACCCCGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108539 ATGGACCTGCAGACCCCGGACTCCCACCTCAGACAGACCACCCCGCACAG

   1250     .    :    .    :
   1206 TCAGTACCGGAAGAGCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||
 108589 TCAGTACCGGAAGAGCCTGATG