seq1 = pF1KB8220.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KB8220/gi568815581r_44807350.tfa (gi568815581r:44807350_45015486), 208137 bp

>pF1KB8220 1296
>gi568815581r:44807350_45015486 (Chr17)

(complement)

1-461  (100001-100461)   100% ->
462-522  (101399-101459)   100% ->
523-618  (101664-101759)   100% ->
619-780  (102057-102218)   100% ->
781-906  (103690-103815)   100% ->
907-1127  (104031-104251)   100% ->
1128-1171  (104829-104872)   100% ->
1172-1257  (107338-107423)   100% ->
1258-1296  (108099-108137)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGGAGACGCATCACCTCCGCTGCTCGCCGCTCCTACGTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGGAGACGCATCACCTCCGCTGCTCGCCGCTCCTACGTCTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGAGATGATGGTGGGGGGCCTGGCTCCTGGCCGCCGTCTGGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGAGATGATGGTGGGGGGCCTGGCTCCTGGCCGCCGTCTGGGTCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACCCGCCTCTCCCTGGCTCGAATGCCCCCTCCACTCCCGACCCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACCCGCCTCTCCCTGGCTCGAATGCCCCCTCCACTCCCGACCCGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTTCTCCCTGGCTGGGGCACTCAATGCTGGCTTCAAGGAGACCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTTCTCCCTGGCTGGGGCACTCAATGCTGGCTTCAAGGAGACCCGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGTGAGCGGGCAGAGATGATGGAGCTCAATGACCGCTTTGCCAGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGTGAGCGGGCAGAGATGATGGAGCTCAATGACCGCTTTGCCAGCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGAGAAGGTTCGCTTCCTGGAACAGCAAAACAAGGCGCTGGCTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGAGAAGGTTCGCTTCCTGGAACAGCAAAACAAGGCGCTGGCTGCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGAACCAGCTGCGGGCCAAGGAGCCCACCAAGCTGGCAGACGTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGAACCAGCTGCGGGCCAAGGAGCCCACCAAGCTGGCAGACGTCTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTGAGCTGCGAGAGCTGCGGCTGCGGCTCGATCAACTCACCGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCTGAGCTGCGAGAGCTGCGGCTGCGGCTCGATCAACTCACCGCCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCCCGGCTGGAGGTTGAGAGGGACAATCTGGCACAGGACCTGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGCCCGGCTGGAGGTTGAGAGGGACAATCTGGCACAGGACCTGGCCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGAGGCAGAA         GCTCCAGGATGAAACCAACCTGAGGCTGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGAGGCAGAAGTG...CAGGCTCCAGGATGAAACCAACCTGAGGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCCGAGAACAACCTGGCTGCCTATAGACAG         GAAGCAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101429 AGCCGAGAACAACCTGGCTGCCTATAGACAGGTC...CAGGAAGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGCCACCCTGGCCCGTCTGGATCTGGAGAGGAAGATTGAGTCGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 AAGCCACCCTGGCCCGTCTGGATCTGGAGAGGAAGATTGAGTCGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGAGATCCGGTTCTTGAGGAAGATCCACGAGGAG         GAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101724 GAGGAGATCCGGTTCTTGAGGAAGATCCACGAGGAGGTG...CAGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCGGGAACTCCAGGAGCAGCTGGCCCGACAGCAGGTCCATGTGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102062 TCGGGAACTCCAGGAGCAGCTGGCCCGACAGCAGGTCCATGTGGAGCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACGTGGCCAAGCCAGACCTCACCGCAGCCCTGAAAGAGATCCGCACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102112 ACGTGGCCAAGCCAGACCTCACCGCAGCCCTGAAAGAGATCCGCACGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATGAGGCAATGGCGTCCAGCAACATGCATGAAGCCGAAGAGTGGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102162 TATGAGGCAATGGCGTCCAGCAACATGCATGAAGCCGAAGAGTGGTACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTCCAAG         TTTGCAGACCTGACAGACGCTGCTGCCCGCAACG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102212 CTCCAAGGTA...TAGTTTGCAGACCTGACAGACGCTGCTGCCCGCAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGAGCTGCTCCGCCAGGCCAAGCACGAAGCCAACGACTACCGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103724 CGGAGCTGCTCCGCCAGGCCAAGCACGAAGCCAACGACTACCGGCGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTGCAGTCCTTGACCTGCGACCTGGAGTCTCTGCGCGGCACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103774 TTGCAGTCCTTGACCTGCGACCTGGAGTCTCTGCGCGGCACGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907  AACGAGTCCCTGGAGAGGCAGATGCGCGAGCAGGAGGAGCGGCACGTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104030 GAACGAGTCCCTGGAGAGGCAGATGCGCGAGCAGGAGGAGCGGCACGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGGAGGCGGCCAGTTATCAGGAGGCGCTGGCGCGGCTGGAGGAAGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 GGGAGGCGGCCAGTTATCAGGAGGCGCTGGCGCGGCTGGAGGAAGAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGAGCCTCAAGGACGAGATGGCCCGCCACTTGCAGGAGTACCAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 CAGAGCCTCAAGGACGAGATGGCCCGCCACTTGCAGGAGTACCAGGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTCAATGTCAAGCTGGCCCTGGACATCGAGATCGCCACCTACAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 GCTCAATGTCAAGCTGGCCCTGGACATCGAGATCGCCACCTACAGGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCTAGAGGGCGAGGAGAACCG         GATCACCATTCCCGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104230 TGCTAGAGGGCGAGGAGAACCGGTG...CAGGATCACCATTCCCGTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCTTCTCCAACCTGCAGATTCGAG         AAACCAGCCTGGACAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104848 ACCTTCTCCAACCTGCAGATTCGAGGTC...CAGAAACCAGCCTGGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAGTCTGTGTCAGAAGGCCACCTCAAGAGGAACATCGTGGTGAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107354 CAAGTCTGTGTCAGAAGGCCACCTCAAGAGGAACATCGTGGTGAAGACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGAGATGCGGGATGGAGAG         GTCATTAAGGAGTCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107404 TGGAGATGCGGGATGGAGAGGTA...CAGGTCATTAAGGAGTCCAAGCAG

   1350     .    :    .
   1279 GAGCACAAGGATGTGATG
        ||||||||||||||||||
 108120 GAGCACAAGGATGTGATG