seq1 = pF1KB8219.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KB8219/gi568815596f_38381851.tfa (gi568815596f:38381851_38582801), 200951 bp

>pF1KB8219 951
>gi568815596f:38381851_38582801 (Chr2)

1-951  (100001-100951)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGGGAAGACAGGGCGACCTGGAAGTCCAACTACTTCCTTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGGGAAGACAGGGCGACCTGGAAGTCCAACTACTTCCTTAAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCAACTATTGGATGATTATCCGAAATGTTTCATTGTGGGAGCAGACA
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
 100051 CATCCAACTATTGGATGATTATCCAAAATGTTTCATCGTGGGAGCAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTGGGCTCCAAGCAGATGCAGCAGATCCGCATGTCCCTTCGCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTGGGCTCCAAGCAGATGCAGCAGATCCGCATGTCCCTTCGCGGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G CTGTGGTGCTGATGGGCAAGAACACCATGATGCGCAAGGCCATCCGAG
        |-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTC GTGGTGCTGATGGGCAAGAACACCATGATGCGCAAGGCCATCCGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 GGCACCTGGAAAACAACCCAGCTCTGGAGAAACTGCTGCCTCATATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100200 GGCACCTGGAAAACAACCCAGCTCTGGAGAAACTGCTGCCTCATATCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 GGGAATGTGGGCTTTGTGTTCACCAAGGAGGACCTCACTGAGATCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 GGGAATGTGGGCTTTGTGTTCACCAAGGAGGACCTCACTGAGATCAGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CATGTTGCTGGCCAATAAGGTGCCAGCTGCTGCCCGTGCTGGTGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 CATGTTGCTGGCCAATAAGGTGCCAGCTGCTGCCCGTGCTGGTGCCATTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 CCCCATGTGAAGTCACTGTGCCAGCCCAGAACACTGGTCTCGGGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 CCCCATGTGAAGTCACTGTGCCAGCCCAGAACACTGGTCTCGGGCCCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 AAGACCTCCTTTTTCCAGGCTTTAGGTATCACCACTAAAATCTCCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 AAGACCTCCTTTTTCCAGGCTTTAGGTATCACCACTAAAATCTCCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CACCATTGAAATCCTGAGTGATGTGCAGCTGATCAAGACTGGAGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CACCATTGAAATCCTGAGTGATGTGCAGCTGATCAAGACTGGAGACAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TGGGAGCCAGCGAAGCCACGCTGCTGAACATGCTCAACATCTCCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 TGGGAGCCAGCGAAGCCACGCTGCTGAACATGCTCAACATCTCCCCCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 TCCTTTGGGCTGGTCATCCAGCAGGTGTTCGACAATGGCAGCATCTACAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100550 TCCTTTGGGCTGGTCATCCAGCAGGTATTCGACAATGGCAGCATCTACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CCCTGAAGTGCTTGATATCACAGAGGAAACTCTGCATTCTCGCTTCCTGG
        |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 CCCTGAAGTGCTTGATAAAACAGAGGAAACTCTGCATTCTCGCTTCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 AGGGTGTCCGCAATGTTGCCAGTGTCTGTCTGCAGATTGGCTACCCAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100650 AGGGTGTCCGCAATGTTGCCAGTGTCTGTCTGCAGACTGGCTACCCAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GTTGCATCAGTACCCCATTCTATCATCAACGGGTACAAACGAGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 GTTGCATCAGTACCCCATTCTATCATCAACGGGTACAAACGAGTCCTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 CTTGTCTGTGGAGACGGATTACACCTTCCCACTTGCTGAAAAGGTCAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100750 CTTGTCTGTGGAGACGGATTACACCTTCCCACTTGCTGAAAATGTCAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 CCTTCTTGGCTGATCCATCTGCCTTTGTGGCTGCTGCCCCTGTGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 CCTTCTTGGCTGATCCATCTGCCTTTGTGGCTGCTGCCCCTGTGGCTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 GCCACCACAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCAGCCCCAGCTAAGGTTGAAGC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 GACACCACAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCAGCCCCAGCTAAGGTTGAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 CAAGGAAGAGTCGGAGGAGTCGGACGAGGATATGGGATTTGGTCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100900 CAAGGAAGAGTCGGAGGAGTCGGACGAGGATATGGGATTTGGTCTCTTTG

    950 
    950 AC
        ||
 100950 AC