seq1 = pF1KB8219.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KB8219/gi568815586r_120096776.tfa (gi568815586r:120096776_120300783), 204008 bp

>pF1KB8219 951
>gi568815586r:120096776_120300783 (Chr12)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-230  (101299-101474)   100% ->
231-318  (101579-101666)   100% ->
319-465  (101784-101930)   100% ->
466-651  (102045-102230)   100% ->
652-792  (103322-103462)   100% ->
793-951  (103850-104008)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGGGAAGACAGGGCGACCTGGAAGTCCAACTACTTCCTTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGGGAAGACAGGGCGACCTGGAAGTCCAACTACTTCCTTAAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATC         CAACTATTGGATGATTATCCGAAATGTTTCATTGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCGTA...TAGCAACTATTGGATGATTATCCGAAATGTTTCATTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGCAGACAATGTGGGCTCCAAGCAGATGCAGCAGATCCGCATGTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 GAGCAGACAATGTGGGCTCCAAGCAGATGCAGCAGATCCGCATGTCCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCGGGAAGGCTGTGGTGCTGATGGGCAAGAACACCATGATGCGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101386 CGCGGGAAGGCTGTGGTGCTGATGGGCAAGAACACCATGATGCGCAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGAGGGCACCTGGAAAACAACCCAGCTCTGGAGAA         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101436 CATCCGAGGGCACCTGGAAAACAACCCAGCTCTGGAGAAGTC...CAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTGCCTCATATCCGGGGGAATGTGGGCTTTGTGTTCACCAAGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101581 TGCTGCCTCATATCCGGGGGAATGTGGGCTTTGTGTTCACCAAGGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCACTGAGATCAGGGACATGTTGCTGGCCAATAAG         GTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101631 CTCACTGAGATCAGGGACATGTTGCTGGCCAATAAGGTA...CAGGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTGCTGCCCGTGCTGGTGCCATTGCCCCATGTGAAGTCACTGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101789 AGCTGCTGCCCGTGCTGGTGCCATTGCCCCATGTGAAGTCACTGTGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCAGAACACTGGTCTCGGGCCCGAGAAGACCTCCTTTTTCCAGGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101839 CCCAGAACACTGGTCTCGGGCCCGAGAAGACCTCCTTTTTCCAGGCTTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTATCACCACTAAAATCTCCAGGGGCACCATTGAAATCCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101889 GGTATCACCACTAAAATCTCCAGGGGCACCATTGAAATCCTGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  AGTGATGTGCAGCTGATCAAGACTGGAGACAAAGTGGGAGCCAGCGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102044 GAGTGATGTGCAGCTGATCAAGACTGGAGACAAAGTGGGAGCCAGCGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCACGCTGCTGAACATGCTCAACATCTCCCCCTTCTCCTTTGGGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102094 CCACGCTGCTGAACATGCTCAACATCTCCCCCTTCTCCTTTGGGCTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCAGCAGGTGTTCGACAATGGCAGCATCTACAACCCTGAAGTGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102144 ATCCAGCAGGTGTTCGACAATGGCAGCATCTACAACCCTGAAGTGCTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATCACAGAGGAAACTCTGCATTCTCGCTTCCTGGAG         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102194 TATCACAGAGGAAACTCTGCATTCTCGCTTCCTGGAGGTA...CAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCGCAATGTTGCCAGTGTCTGTCTGCAGATTGGCTACCCAACTGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 TCCGCAATGTTGCCAGTGTCTGTCTGCAGATTGGCTACCCAACTGTTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCAGTACCCCATTCTATCATCAACGGGTACAAACGAGTCCTGGCCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103376 TCAGTACCCCATTCTATCATCAACGGGTACAAACGAGTCCTGGCCTTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGAGACGGATTACACCTTCCCACTTGCTGAAAAG         GTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103426 TGTGGAGACGGATTACACCTTCCCACTTGCTGAAAAGGTA...CAGGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCCTTCTTGGCTGATCCATCTGCCTTTGTGGCTGCTGCCCCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103854 AGGCCTTCTTGGCTGATCCATCTGCCTTTGTGGCTGCTGCCCCTGTGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGCCACCACAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCAGCCCCAGCTAAGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 GCTGCCACCACAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCAGCCCCAGCTAAGGTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCCAAGGAAGAGTCGGAGGAGTCGGACGAGGATATGGGATTTGGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 AGCCAAGGAAGAGTCGGAGGAGTCGGACGAGGATATGGGATTTGGTCTCT

   1000     .
    947 TTGAC
        |||||
 104004 TTGAC