seq1 = pF1KB8210.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB8210/gi568815597r_169069445.tfa (gi568815597r:169069445_169424501), 355057 bp

>pF1KB8210 1128
>gi568815597r:169069445_169424501 (Chr1)

(complement)

1-111  (100000-100109)   99% ->
112-278  (101219-101385)   100% ->
279-389  (114422-114532)   100% ->
390-440  (121307-121357)   100% ->
441-648  (125739-125946)   100% ->
649-754  (137094-137199)   100% ->
755-819  (186815-186879)   100% ->
820-888  (189303-189371)   100% ->
889-990  (193683-193784)   100% ->
991-1104  (254948-255059)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCATAGTGAAAGATTCGTTTTCATTGCAGAGTGGTATGATCCAAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GAATCATAGTGAAAGATTCGTTTTCATTGCAGAGTGGTATGATCCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTTCACTTCTTCGACGTTATGAGCTTTTATTTTACCCAGGGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGCTTCACTTCTTCGACGTTATGAGCTTTTATTTTACCCAGGGGATGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTTGAAATG         CATGATGTAAAGAATCATCGCACCTTTTTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 CTGTTGAAATGGTA...TAGCATGATGTAAAGAATCATCGCACCTTTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCGGACCAAATATGATAACCTGCACTTGGAAGATTTATTTATAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101249 AAGCGGACCAAATATGATAACCTGCACTTGGAAGATTTATTTATAGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAGTGAATGTCTTTTCTCGACAACTGGTATTAATTGACTATGGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 CAAAGTGAATGTCTTTTCTCGACAACTGGTATTAATTGACTATGGGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATATACAGCTCGCCAGCTGGGCAGTAGGAAAGAAAA         AACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101349 AATATACAGCTCGCCAGCTGGGCAGTAGGAAAGAAAAGTA...TAGAACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAGCCCTAATTAAACCAGATGCAATATCAAAGGCTGGAGAAATAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114426 CTAGCCCTAATTAAACCAGATGCAATATCAAAGGCTGGAGAAATAATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATAATAAACAAAGCTGGATTTACTATAACCAAACTCAAAATGATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114476 AATAATAAACAAAGCTGGATTTACTATAACCAAACTCAAAATGATGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTCAAG         GAAAGAAGCATTGGATTTTCATGTAGATCACCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114526 TTTCAAGGTA...TAGGAAAGAAGCATTGGATTTTCATGTAGATCACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAAGACCCTTTTTCAA         TGAGCTGATCCAGTTTATTACAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121341 TCAAGACCCTTTTTCAAGTA...TAGTGAGCTGATCCAGTTTATTACAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTCCTATTATTGCCATGGAGATTTTAAGAGATGATGCTATATGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125763 TGGTCCTATTATTGCCATGGAGATTTTAAGAGATGATGCTATATGTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAAAAGACTGCTGGGACCTGCAAACTCTGGAGTGGCACGCACAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125813 GGAAAAGACTGCTGGGACCTGCAAACTCTGGAGTGGCACGCACAGATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTGAAAGCATTAGAGCCCTCTTTGGAACAGATGGCATAAGAAATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125863 TCTGAAAGCATTAGAGCCCTCTTTGGAACAGATGGCATAAGAAATGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCATGGCCCTGATTCTTTTGCTTCTGCGGCCAGA         GAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125913 GCATGGCCCTGATTCTTTTGCTTCTGCGGCCAGAGTA...TAGGAAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTTGTTTTTTCCTTCAAGTGGAGGTTGTGGGCCGGCAAACACTGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137101 AGTTGTTTTTTCCTTCAAGTGGAGGTTGTGGGCCGGCAAACACTGCTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTACTAATTGTACCTGTTGCATTGTTAAACCCCATGCTGTCAGTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137151 TTTACTAATTGTACCTGTTGCATTGTTAAACCCCATGCTGTCAGTGAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755         GACTGTTGGGAAAGATCCTGATGGCTATCCGAGATGCAGGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137201 TA...CAGGACTGTTGGGAAAGATCCTGATGGCTATCCGAGATGCAGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGAAATCTCAGCTATGCAGATG         TTCAATATGGATCGGGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 186857 TTGAAATCTCAGCTATGCAGATGGTA...TAGTTCAATATGGATCGGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATGTTGAGGAATTCTATGAAGTTTATAAAGGAGTAGTGACCGAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189321 AATGTTGAGGAATTCTATGAAGTTTATAAAGGAGTAGTGACCGAATATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 T         GACATGGTGACAGAAATGTATTCTGGCCCTTGTGTAGCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189371 TGTA...TAGGACATGGTGACAGAAATGTATTCTGGCCCTTGTGTAGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGAGATTCAACAGAATAATGCTACAAAGACATTTCGAGAATTTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193723 TGGAGATTCAACAGAATAATGCTACAAAGACATTTCGAGAATTTTGTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGCTGATCCT         GAAATTGCCCGGCATTTACGCCCTGGAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 193773 CCTGCTGATCCTGTA...TAGGAAATTGCCCGGCATTTACGCCCTGGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCTCAGAGCAATCTTTGGTAAAACTAAGATCCAGAATGCTGTTCACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254977 TCTCAGAGCAATCTTTGGTAAAACTAAGATCCAGAATGCTGTTCACTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1070 CTGATCTGCCAGAGGATGGCCTATTAGAGGTTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||--||
 255027 CTGATCTGCCAGAGGATGGCCTATTAGAGGT  AA