seq1 = pF1KB8206.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KB8206/gi568815596f_87872656.tfa (gi568815596f:87872656_88073476), 200821 bp

>pF1KB8206 807
>gi568815596f:87872656_88073476 (Chr2)

1-418  (100001-100417)   98% <-
419-807  (100433-100821)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGGGCCAGCAGCGGGAACGGCAGCGAGGAGGCCTGGGGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGGGCCAGCAGCGGGAACGGCAGCGAGGAGGCCTGGGGGGCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGGCGCCGCAACAGCAGCTTCGAGAGCTGTGCCCAGGAGTGAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGGCGCCGCAACAGCAGCTTCGAGAGCTGTGCCCAGGAGTGAACAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCTACCTCTGTGAGAGTGGTCACTGCTGCGGGGAGACTGGCTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100101 AGCCCTACCTCTGTGAGAGTGGTCACTGCTGCAGGGAGACTGGCTGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTACTACTATGAGCTCTGGTGGTTCTGGCTGCTCTGGACTGTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTACTACTATGAGCTCTGGTGGTTCTGGCTGCTCTGGACTGTCCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTTTAGCTGCTGTTGCGCCTTCCGCCACCGACGAGCTAAACTCAGGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTTTAGCTGCTGTTGGGCCTTCCGCCACCGACGAGCTAAACTCAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAACAACAGCAGCGGCAGCGTGAAATCAACTTGTTGGCCTATCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAACAACAGCAGCGGCAGCGTGAAATCAACTTGTTGGCCTATCATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCATGCCATGGGGCTGGTCCTTTCCCTACCGGTTCACTGCTTGACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCATGCCATGGGGCTGGTCCTTTCCCTACCGGTTCACTGCTTGACCTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCCTCAGCACCTTCAAGCCCCCAGCCTACGAGGATGTGGTTCACCGCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCCTCAGCACCTTCAAGCCCCCAGCCTACGAGGATGTGGTTCACCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGGCACACCACCCCCC C         CTTATACTGTGGCCCCAGGCCG
        |||||||--||||||||-|<<<...<<<|||||||||| |||||||||||
 100401 CAGGCAC  CACCCCCCGCCCC...CGCCTTATACTGTCGCCCCAGGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 CCCCTTGACTGCTTCCAGTGAACAAACCTGCTGTTCCTCCTCATCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100455 CCCCTTGACTGCTTCCAGTGAACAAACCTGCTGTTCCTCCTCATCCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 GCCCTGCCCACTTTGAAGGAACAAATGTGGAAGGTGTTTCCTCCCACCAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100505 GCCCTGCCCATTTTGAAGGAACAAATGTGGAAGGTGTTTCCTCCCACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541 AGTGCCCCCCCCCATCAGGAGGGTGAGCCCGGGGCAGGGGTGACCCCTGC
        ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100555 AGTGCCCTCCCTCATCAGGAGGGTGAGCCTGGGGCAGGGGTGACCCCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 CTCCACACCCCCCTCCTGCCGCTATCGCCGTTTAACTGGCGACTCCGGTA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100605 CCCCACACCCCCCTCCTGCCGCTATCGCCGTTTAACTGGCGACTCCGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 TTGAGCTCTGCCCTTGTCCTGCCTCCGGTGAGGGTGAGCCAGTCAAGGAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100655 TTAAGCTCTGCCCTTGTCCTGCCTCCGGTGAGGGTGAGCCAGTCAAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 GTGAGGGTTAGTGCCACCCTGCCAGATCTGGAGGACTACTCCCCGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100705 GTGAGGGTTAGTGCCACCCTGCCAGATCTGGAGGACTACTCCCCGTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 ACTACCCCCAGAGTCTGTACCGCAGATCTTTCCCATGGGGCTGTCTTCCA
        ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100755 ACTGCCCCCAGATTCTGTACCGCAGGTCTTTCCCATGGGGCTGTCTTCCA

    800     .    :    .
    791 GTGAAGGGGACATCCCA
        |||||||||||||||||
 100805 GTGAAGGGGACATCCCA