seq1 = pF1KB8205.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KB8205/gi568815587f_62513282.tfa (gi568815587f:62513282_62714836), 201555 bp

>pF1KB8205 1053
>gi568815587f:62513282_62714836 (Chr11)

1-590  (100001-100590)   99% ->
591-837  (100977-101223)   99% ->
838-1053  (101340-101555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGGTGTTGCCCCTGGTGCTGCCCCTGCAGCCCCGCATCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCGGTGTTGCCCCTGGTGCTGCCCCTGCAGCCCCGCATCCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCACAAGGGCTCTGGCTCCTCTCCTGGCTGCTGGCGCTGGCTGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCACAAGGGCTCTGGCTCCTCTCCTGGCTGCTGGCGCTGGCTGGTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCCTCCTCTGTAGTGGGCACCTCCTGGTCCAGCTAAGGCACCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCCTCCTCTGTAGTGGGCACCTCCTGGTCCAGCTAAGGCACCTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTCCTGGCTCCCTCCTGTCAGTTCCCTGTCCTGCCCCAGGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTTCCTGGCTCCCTCCTGTCAGTTCCCTGTCCTGCCCCAGGCTGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCAGCGGGCGCGGTGGCTCTGGGCACAGGACTAGTGGGTGTAGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCAGCGGGCGCGGTGGCTCTGGGCACAGGACTAGTGGGTGTAGGAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCGGGCAAGTCTGAATGCAGCTCTATACCCTCCCTGGCGAGGGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCGGGCAAGTCTGAATGCAGCTCTATACCCTCCCTGGCGAGGGGTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCCGCTGCTGGTGGCTGGCACGGCTGGTGGGGGGGGGCTCCTGGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCCGCTGCTGGTGGCTGGCACGGCTGGTGGGGGGGGGCTCCTGGTCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCCTCGGGCTAGCCCTGGCTTTGCCTGGGAGTCTGGATGAGGCGCTGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCCTCGGGCTAGCCCTGGCTTTGCCTGGGAGTCTGGATGAGGCGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGAGGGCCTGGTGACTGCCTTGGCTCACTACAAGGACACAGAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGAGGGCCTGGTGACTGCCTTGGCTCACTACAAGGACACAGAGGTGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGCACTGTCAGGCCAAAAGGCTGGTGGATGAGCTGCAACTGAGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGCACTGTCAGGCCAAAAGGCTGGTGGATGAGCTGCAACTGAGGTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCTGCGGGCGCCACGGGTACAAGGATTGGTTTGGGGTCCAGTGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCTGCGGGCGCCACGGGTACAAGGATTGGTTTGGGGTCCAGTGGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAGCCGTTACCTGGATCCCGGTGACCGGGATGTGGCTGA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100551 GCAGCCGTTACCTGGATCCCGGTGACCGGGATGTGGCTGAGTG...CAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGATCCAGAGCAATGTAGAAGGCCTATACCTGACTGATGGGGTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100978 CGGATCCAGAGCAATGTAGAAGGCCTATACCTGACTGATGGGGTCCCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTCCTGTTGCAACCCCCACTCACCCCGCCCTTGCCTGCAAAACCGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 101028 CTCCTGTTGCAACCCCCACTCACCCCGGCCTTGCCTGCAAAACCGTCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGACTCCTACGCCCACCCCCTGTTCGATCCCCGACAACCCAACCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101078 CAGACTCCTACGCCCACCCCCTGTTCGATCCCCGACAACCCAACCAAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTCTGGGCCCAAGGGTGCCATGAGGTGCTGCTGGAGCACTTGCAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 CTCTGGGCCCAAGGGTGCCATGAGGTGCTGCTGGAGCACTTGCAGGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCAGGCACACTGGGTAGCATGCTGGCTGTCACCTTCCTACTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101178 GGCAGGCACACTGGGTAGCATGCTGGCTGTCACCTTCCTACTGCAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838      GCTCTGGTGCTCCTTGGCCTGCGGTACCTGCAAACAGCACTGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 ..CAGGCTCTGGTGCTCCTTGGCCTGCGGTACCTGCAAACAGCACTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGGCTTGGAGGGGTCATTGATGCGGGAGGAGAGACCCAGGGCTATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101385 GGGCTTGGAGGGGTCATTGATGCGGGAGGAGAGACCCAGGGCTATCTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCCCAGTGGGCTGAAAGATATGCTGAAAACAGCATGGCTACAGGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 TCCCAGTGGGCTGAAAGATATGCTGAAAACAGCATGGCTACAGGGAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTGCCTGCAGGCCAGCACCTGAGGAGGCCCCACCAGGAGAAGCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101485 TTGCCTGCAGGCCAGCACCTGAGGAGGCCCCACCAGGAGAAGCACCTCCC

   1050     .    :    .    :
   1033 AAGGAGGATCTATCTGAGGCC
        |||||||||||||||||||||
 101535 AAGGAGGATCTATCTGAGGCC