seq1 = pF1KB8192.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KB8192/gi568815585r_47977142.tfa (gi568815585r:47977142_48190405), 213264 bp

>pF1KB8192 672
>gi568815585r:47977142_48190405 (Chr13)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-225  (103954-104124)   100% ->
226-283  (106978-107035)   100% ->
284-370  (108675-108761)   100% ->
371-502  (110431-110562)   100% ->
503-672  (113095-113264)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCAATTTCAAGAAACCAAAAGTTGTTACAGGCTGGAGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCAATTTCAAGAAACCAAAAGTTGTTACAGGCTGGAGAGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAG         GTCCTGGAGTTGTTAATTCACCGAGATGGGGAATTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGTA...CAGGTCCTGGAGTTGTTAATTCACCGAGATGGGGAATTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAACTAATGAAATTGGCACTTAATCAGGGAAAAATTCATCATGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103991 AAGAACTAATGAAATTGGCACTTAATCAGGGAAAAATTCATCATGAAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGTTTTAGAAAAAGAAGTAGAGAAGAGAGACAGTGATATTCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104041 CAAGTTTTAGAAAAAGAAGTAGAGAAGAGAGACAGTGATATTCAGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAAAAACAGCTAAAGGAAGCAGAACAAATACTG         GCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104091 ACAAAAACAGCTAAAGGAAGCAGAACAAATACTGGTA...TAGGCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTTTACCAAGCGAAGGAGAAACTCAAGTCAATAGAAAAAGCAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106985 CTGTTTACCAAGCGAAGGAGAAACTCAAGTCAATAGAAAAAGCAAGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 G         GTGCTATCTCCTCTGAAGAAATAATTAAGTATGCACATAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107035 GGTT...CAGGTGCTATCTCCTCTGAAGAAATAATTAAGTATGCACATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATCAGTGCAAGTAATGCTGTATGTGCTCCACTGACCTGGGTTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108715 GATCAGTGCAAGTAATGCTGTATGTGCTCCACTGACCTGGGTTCCAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371       GGGACCCCCGGAGACCCTACCCAACTGATTTAGAGATGAGAAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108765 ...TAGGGGACCCCCGGAGACCCTACCCAACTGATTTAGAGATGAGAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGTTACTGGGTCAGATGAACAATCCTTCCACTAATGGCGTGAATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110475 GGGTTACTGGGTCAGATGAACAATCCTTCCACTAATGGCGTGAATGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTACCAGGAGATGCACTTGCAGCAGGAAGATTGCCAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110525 TTTACCAGGAGATGCACTTGCAGCAGGAAGATTGCCAGGTA...CAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCTTGCTCCACAGTATCCATGGCAGTCAAATGACATGTCGATGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113098 TCCTTGCTCCACAGTATCCATGGCAGTCAAATGACATGTCGATGAATATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTACCACCAAATCATAGTAGTGACTTTTTGTTGGAACCTCCTGGGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113148 TTACCACCAAATCATAGTAGTGACTTTTTGTTGGAACCTCCTGGGCATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAAGAAAATGAAGATGATGTAGAGATTATGTCAACGGACTCCTCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113198 TAAAGAAAATGAAGATGATGTAGAGATTATGTCAACGGACTCCTCAAGCA

    700     .    :    .
    656 GTAGTAGTGAGTCTGAT
        |||||||||||||||||
 113248 GTAGTAGTGAGTCTGAT