seq1 = pF1KB8179.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KB8179/gi568815593f_178038120.tfa (gi568815593f:178038120_178248029), 209910 bp

>pF1KB8179 1302
>gi568815593f:178038120_178248029 (Chr5)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-549  (104464-104873)   100% ->
550-650  (105508-105608)   100% ->
651-817  (105823-105989)   100% ->
818-983  (107995-108160)   100% ->
984-1086  (109414-109516)   100% ->
1087-1241  (109610-109764)   100% ->
1242-1302  (109850-109910)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGTGTGCGTGCGTGGAGAGAGAGCTGGACAAGGTCCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAGTGTGCGTGCGTGGAGAGAGAGCTGGACAAGGTCCTGCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCCTGACCTACGGGCAGCACTGTGAGCGGAGCCTGGAGGAGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCCTGACCTACGGGCAGCACTGTGAGCGGAGCCTGGAGGAGCTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTACGTGGGCCAGCTGCGGGCTGAGCTGGCCAGCGCAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 ACTACGTGGGCCAGCTGCGGGCTGAGCTGGCCAGCGCAGGTG...CAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCCAGGGGACCCCTCTCTCAGCCACCCTCTCTCTGGTGATGTCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 CTCCAGGGGACCCCTCTCTCAGCCACCCTCTCTCTGGTGATGTCACAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCCGGAAGATCAAAGATACGGTGCAGAAACTGGCTTCGGACCATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 CTGCCGGAAGATCAAAGATACGGTGCAGAAACTGGCTTCGGACCATAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATTCACAGCAGTGTATCCCGAGTGGGCAAAGCCATTGACAGGGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104566 ACATTCACAGCAGTGTATCCCGAGTGGGCAAAGCCATTGACAGGGTGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGTGGCCGGCTCCAGGCGTGGGGTGGGAGCACCCTGAAGCTGGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104616 ACGTGGCCGGCTCCAGGCGTGGGGTGGGAGCACCCTGAAGCTGGGATGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGGACTCGAAGGAGAGCCAGCAAGAGTGCCCGCATCACCAGGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104666 CAAGGACTCGAAGGAGAGCCAGCAAGAGTGCCCGCATCACCAGGCCCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCTCCTCCTTCGTCAGAACTTCGACTCTGAGATCTGTGGTGTTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104716 CTCTCCTCCTTCGTCAGAACTTCGACTCTGAGATCTGTGGTGTTGTGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGCGGTGTGGGACGCGCGGGAACAGCAGCAGCAGATCCTGCAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 GATGCGGTGTGGGACGCGCGGGAACAGCAGCAGCAGATCCTGCAGATGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCGTGGAACACCTGTATCAGCAGGGCATGCTCAGCGTGGCCGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 CATCGTGGAACACCTGTATCAGCAGGGCATGCTCAGCGTGGCCGAGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGTGCCAG         GAATCAACGCTGAATGTGGACTTGGATTTCAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104866 TGTGCCAGGTA...TAGGAATCAACGCTGAATGTGGACTTGGATTTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGCCTTTCCTAGAGTTGAATCGAATCCTGGAAGCCCTGCACGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105541 CAGCCTTTCCTAGAGTTGAATCGAATCCTGGAAGCCCTGCACGAACAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGGGTCCTGCGTTGGA         ATGGGCCGTCTCCCACAGGCAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105591 CCTGGGTCCTGCGTTGGAGTA...CAGATGGGCCGTCTCCCACAGGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCTGCTGGAACTCAACAGCTCCCTGGAGTTCAAGCTGCACCGACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105846 GCCTGCTGGAACTCAACAGCTCCCTGGAGTTCAAGCTGCACCGACTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCATCCGCCTCTTGGCAGGAGGCCCCGCGAAGCAGCTGGAGGCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105896 TTCATCCGCCTCTTGGCAGGAGGCCCCGCGAAGCAGCTGGAGGCCCTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTATGCTCGGCACTTCCAGCCCTTTGCTCGGCTGCACCAGCGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105946 CTATGCTCGGCACTTCCAGCCCTTTGCTCGGCTGCACCAGCGGGGTG...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818    AGATCCAGGTGATGATGGGCAGCCTGGTGTACCTGCGGCTGGGCTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107992 TAGAGATCCAGGTGATGATGGGCAGCCTGGTGTACCTGCGGCTGGGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGAAGTCACCCTACTGCCACCTGCTGGACAGCAGCCACTGGGCAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108042 GAGAAGTCACCCTACTGCCACCTGCTGGACAGCAGCCACTGGGCAGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTGTGAGACCTTTACCCGGGACGCCTGTTCCCTGCTGGGGCTTTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108092 CTGTGAGACCTTTACCCGGGACGCCTGTTCCCTGCTGGGGCTTTCTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGTCCCCCCTTAGCGTCAG         CTTTGCCTCTGGCTGTGTGGCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108142 AGTCCCCCCTTAGCGTCAGGTA...CAGCTTTGCCTCTGGCTGTGTGGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGCCTGTGTTGATGAACATCAAGGCTGTGATTGAGCAGCGGCAGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109436 CTGCCTGTGTTGATGAACATCAAGGCTGTGATTGAGCAGCGGCAGTGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGGGGTCTGGAATCACAAGGACGAGTTACCG         ATTGAGATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109486 TGGGGTCTGGAATCACAAGGACGAGTTACCGGTG...CAGATTGAGATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AACTAGGCATGAAGTGCTGGTACCACTCCGTGTTCGCTTGCCCCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109620 AACTAGGCATGAAGTGCTGGTACCACTCCGTGTTCGCTTGCCCCATCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CGCCAGCAGACGTCAGATTCCAACCCTCCCATCAAGCTCATCTGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109670 CGCCAGCAGACGTCAGATTCCAACCCTCCCATCAAGCTCATCTGTGGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGTTATCTCCCGAGATGCACTCAATAAGCTCATTAATGGAGGAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109720 TGTTATCTCCCGAGATGCACTCAATAAGCTCATTAATGGAGGAAAGTA..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242     GCTGAAGTGTCCCTACTGTCCCATGGAGCAGAACCCGGCAGATGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109770 .CAGGCTGAAGTGTCCCTACTGTCCCATGGAGCAGAACCCGGCAGATGGG

   1350     .    :    .
   1288 AAACGCATCATATTC
        |||||||||||||||
 109896 AAACGCATCATATTC