seq1 = pF1KB8177.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KB8177/gi568815597f_145725777.tfa (gi568815597f:145725777_145942417), 216641 bp

>pF1KB8177 1602
>gi568815597f:145725777_145942417 (Chr1)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-403  (100678-100933)   100% ->
404-589  (101044-101229)   100% ->
590-678  (102973-103061)   100% ->
679-783  (107484-107588)   100% ->
784-876  (107714-107806)   100% ->
877-957  (110718-110798)   100% ->
958-1009  (111039-111090)   100% ->
1010-1070  (111760-111820)   100% ->
1071-1221  (112280-112430)   100% ->
1222-1323  (114114-114215)   100% ->
1324-1373  (114340-114389)   100% ->
1374-1523  (115146-115295)   100% ->
1524-1602  (116563-116641)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCAAGCAGAAATTAAGCTCTGTTCTTTGTTGCTGCAAGAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCAAGCAGAAATTAAGCTCTGTTCTTTGTTGCTGCAAGAGCATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGAGATTGTAGAAAAAATTGGAGTCCATCTGATAAGAACCGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGAGATTGTAGAAAAAATTGGAGTCCATCTGATAAGAACCGGCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCACTAAGAGTAATTGCCCATGACACAGGAACATCACTGGATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 AGCCACTAAGAGTAATTGCCCATGACACAGGAACATCACTGGATCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GTGAAGAAAGCCCTGTGTGTCCTCGTCCAACATAACCTGGTGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...TAGGTGAAGAAAGCCCTGTGTGTCCTCGTCCAACATAACCTGGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATCAAGTGCACAAACGTGGTGTGGTGGAGTATGAAGCCCAGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100722 TTATCAAGTGCACAAACGTGGTGTGGTGGAGTATGAAGCCCAGTGCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGTATTGCGAATGCTTAGATATCCCCGGTACATCTATACTACCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100772 GGGTATTGCGAATGCTTAGATATCCCCGGTACATCTATACTACCAAAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTACAGTGACACTGGAGAGCTGATTGTTGAGGAGCTTCTGTTGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100822 CTGTACAGTGACACTGGAGAGCTGATTGTTGAGGAGCTTCTGTTGAACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAACTGACAATGTCAGCTGTTGTGAAGAAAGTGGCAGACCGGCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 CAAACTGACAATGTCAGCTGTTGTGAAGAAAGTGGCAGACCGGCTCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGACCATGGAGG         ATGGCAAGACCATGGACTATGCTGAAGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100922 AGACCATGGAGGGTC...CAGATGGCAAGACCATGGACTATGCTGAAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAAACACATTTGTGCGACTGGCAGACACACACTTTGTACAACGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101073 TCAAACACATTTGTGCGACTGGCAGACACACACTTTGTACAACGCTGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCGGTACCTACCACTGAGAATTCAGACCCTGGGCCACCACCACCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101123 TTCGGTACCTACCACTGAGAATTCAGACCCTGGGCCACCACCACCTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACACTTGTCATTAATGAAAAGGACATGTACCTGGTTCCTAAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101173 CCACACTTGTCATTAATGAAAAGGACATGTACCTGGTTCCTAAACTCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGATAG         GGAAAGGTAAAAGGAGGAGATCATCTGATGAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101223 TTGATAGGTA...CAGGGAAAGGTAAAAGGAGGAGATCATCTGATGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCTGCTGGGGAGCCCAAGGCCAAGAGACCAAAATATACTACAGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103007 TGCTGCTGGGGAGCCCAAGGCCAAGAGACCAAAATATACTACAGATAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGAG         CCCATTCCAGATGATGGGATTTATTGGCAGGCCAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 AGGAGGTA...CAGCCCATTCCAGATGATGGGATTTATTGGCAGGCCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTGACAGATTCCACCAACACTTCCGTGACCAAGCCATTGTGAGCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107520 CTTGACAGATTCCACCAACACTTCCGTGACCAAGCCATTGTGAGCGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCTAACAGGATGGACCAG         ACAAGCAGCGAGATTGTGCGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107570 TGCTAACAGGATGGACCAGGTA...CAGACAAGCAGCGAGATTGTGCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCATGCTCCGAATGAGTGAGATTACCACTTCCTCTAGTGCTCCCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107736 CCATGCTCCGAATGAGTGAGATTACCACTTCCTCTAGTGCTCCCTTCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGCCATTGTCTTCCAATGAG         ATCTTCAGATCCCTACCTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107786 CAGCCATTGTCTTCCAATGAGGTG...TAGATCTTCAGATCCCTACCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGCTATAACATCTCTAAGCAAGTTCTTGATCAGTATCTCACTCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110738 TGGCTATAACATCTCTAAGCAAGTTCTTGATCAGTATCTCACTCTGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGATGATCCA         CTAGAGTTTGTTGGAAAGTCTGGCGACAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110788 CAGATGATCCAGTA...TAGCTAGAGTTTGTTGGAAAGTCTGGCGACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGTGGAGGAATGTATGTCATCA         ACCTCCATAAGGCATTAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111069 GGTGGAGGAATGTATGTCATCAGTA...AAGACCTCCATAAGGCATTAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATCCCTAGCCACAGCCACTCTGGAGTCCGTCGTACAGGAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111779 ATCCCTAGCCACAGCCACTCTGGAGTCCGTCGTACAGGAGAGGTA...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1071  ATTTGGGTCTCGCTGTGCTAGAATATTCCGTCTAGTTTTGCAGAAGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112279 GATTTGGGTCTCGCTGTGCTAGAATATTCCGTCTAGTTTTGCAGAAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CACATAGAGCAGAAGCAAGTGGAAGACTTTGCAATGATTCCTGCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112329 CACATAGAGCAGAAGCAAGTGGAAGACTTTGCAATGATTCCTGCAAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCAAAGGATATGCTATATAAGATGCTCTCAGAAAATTTCATGTCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112379 GGCAAAGGATATGCTATATAAGATGCTCTCAGAAAATTTCATGTCACTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AG         GAAATTCCCAAAACACCAGACCATGCCCCATCCAGGACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112429 AGGTA...TAGGAAATTCCCAAAACACCAGACCATGCCCCATCCAGGACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCTATTTATATACTGTGAACATCCTGTCAGCTGCCCGAATGTTGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114153 TTCTATTTATATACTGTGAACATCCTGTCAGCTGCCCGAATGTTGTTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAGGTGCTACAAG         AGCATAGCCAACTTGATAGAAAGGAGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114203 CAGGTGCTACAAGGTA...CAGAGCATAGCCAACTTGATAGAAAGGAGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AATTTGAAACCAAAGAGAATAA         GCGTCTACTAGAAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114368 AATTTGAAACCAAAGAGAATAAGTA...CAGGCGTCTACTAGAAAAATCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGAGGGTAGAAGCCATCATTGCATCTATGCAGGCTACTGGTGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115165 CAGAGGGTAGAAGCCATCATTGCATCTATGCAGGCTACTGGTGCAGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGCACAGTTACAAGAAATAGAGGAGATGATCACAGCTCCTGAACGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115215 AGCACAGTTACAAGAAATAGAGGAGATGATCACAGCTCCTGAACGTCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGCTAGAGACCCTGAAACGTAATGTCAACAA         GTTGGATGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115265 AGCTAGAGACCCTGAAACGTAATGTCAACAAGTA...CAGGTTGGATGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGTGAGATCCAGGTGGACGAAACCATCTTCCTGCTGGAGTCTTACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116573 AGTGAGATCCAGGTGGACGAAACCATCTTCCTGCTGGAGTCTTACATTGA

   1700     .    :    .
   1584 GTGCACCATGAAGAGACAG
        |||||||||||||||||||
 116623 GTGCACCATGAAGAGACAG