seq1 = pF1KB8171.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KB8171/gi568815595r_131435198.tfa (gi568815595r:131435198_132005443), 570246 bp

>pF1KB8171 1671
>gi568815595r:131435198_132005443 (Chr3)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-360  (281819-281998)   100% ->
361-432  (305464-305535)   100% ->
433-507  (308828-308902)   100% ->
508-591  (319486-319569)   100% ->
592-681  (335680-335769)   100% ->
682-780  (417862-417960)   100% ->
781-867  (423779-423865)   100% ->
868-927  (430314-430373)   100% ->
928-1061  (441095-441228)   100% ->
1062-1116  (449893-449947)   100% ->
1117-1168  (452953-453004)   100% ->
1169-1302  (455364-455497)   100% ->
1303-1539  (462651-462887)   100% ->
1540-1671  (470115-470246)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGATGAGCAACATTTATGAGTCCGCTGCCAACACACTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGATGAGCAACATTTATGAGTCCGCTGCCAACACACTGGGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTAACAGCCCCTGCCTGACCAAAGTTGAGCTGCGTGTGGCGTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTAACAGCCCCTGCCTGACCAAAGTTGAGCTGCGTGTGGCGTGCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATTTCTGACAGAGATGCCCTTTCCAAACCAGACCCCTGTGTCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATTTCTGACAGAGATGCCCTTTCCAAACCAGACCCCTGTGTCATCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGATGCAGTCTCATGGGCAGTGGTTTGAG         GTTGACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 AAGATGCAGTCTCATGGGCAGTGGTTTGAGGTA...CAGGTTGACAGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGGTGATTCGCACCTGCATAAACCCAGTGTACTCAAAACTGTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281830 TGAGGTGATTCGCACCTGCATAAACCCAGTGTACTCAAAACTGTTTACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGACTTTTACTTTGAGGAGGTGCAGCGCCTGCGGTTTGAAGTCCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281880 TGGACTTTTACTTTGAGGAGGTGCAGCGCCTGCGGTTTGAAGTCCATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCAGCAGCAACCACAATGGGCTGAAGGAGGCCGACTTCCTTGGTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281930 ATCAGCAGCAACCACAATGGGCTGAAGGAGGCCGACTTCCTTGGTGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGTGCACACTTGGCCAG         ATTGTTTCCCAGAGAAAGCTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 281980 GGAGTGCACACTTGGCCAGGTG...CAGATTGTTTCCCAGAGAAAGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAATCCTTGCTGAAGCATGGGAACACAGCAGGGAAATCTTCCATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305486 CCAAATCCTTGCTGAAGCATGGGAACACAGCAGGGAAATCTTCCATCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GTGATTGCTGAAGAATTATCTGGCAATGACGACTATGTTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305536 GTA...TAGGTGATTGCTGAAGAATTATCTGGCAATGACGACTATGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTTGCATTCAATGCACGGAAATTGGATGACAAG         GATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 308869 GCTTGCATTCAATGCACGGAAATTGGATGACAAGGTA...TAGGATTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAGTAAATCTGACCCATTTCTGGAAATTTTTCGTATGAATGATGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319493 TCAGTAAATCTGACCCATTTCTGGAAATTTTTCGTATGAATGATGATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCAGCAGCTGGTGCACCGAACTGAG         GTTGTGATGAATAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 319543 ACTCAGCAGCTGGTGCACCGAACTGAGGTA...CAGGTTGTGATGAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTAAGCCCAGCCTGGAAATCATTCAAAGTATCTGTAAATTCTCTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335694 CTTAAGCCCAGCCTGGAAATCATTCAAAGTATCTGTAAATTCTCTATGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCGGAGACCCAGACCGCCGGCTAAAG         TGCATAGTATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 335744 GCGGAGACCCAGACCGCCGGCTAAAGGTC...CAGTGCATAGTATGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGGACTCCAATGGCAAGCATGACTTCATTGGAGAATTCACCTCGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417877 TGGGACTCCAATGGCAAGCATGACTTCATTGGAGAATTCACCTCGACATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAGGAGATGAGAGGAGCAATGGAAGGGAAACAG         GTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 417927 CAAGGAGATGAGAGGAGCAATGGAAGGGAAACAGGTA...CAGGTGCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGAGTGCATCAATCCCAAGTACAAAGCCAAGAAGAAGAATTACAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423786 GGGAGTGCATCAATCCCAAGTACAAAGCCAAGAAGAAGAATTACAAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCAGGCACTGTGATTCTGAATCTGTGCAAG         ATTCACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 423836 TCAGGCACTGTGATTCTGAATCTGTGCAAGGTA...CAGATTCACAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCATTCTTTCTTGGACTACATCATGGGTGGCTGCCAAATCCAGTTTACA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 430325 GCATTCTTTCTTGGACTACATCATGGGTGGCTGCCAAATCCAGTTTACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928         GTAGCTATAGATTTCACTGCCTCAAACGGGGACCCCAGGAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 430375 TA...TAGGTAGCTATAGATTTCACTGCCTCAAACGGGGACCCCAGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCTGTTCCTTGCACTACATCCACCCTTACCAACCCAATGAGTATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441137 AGCTGTTCCTTGCACTACATCCACCCTTACCAACCCAATGAGTATCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCTTTGGTAGCTGTGGGGGAGATTTGCCAAGACTATGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 441187 AGCTTTGGTAGCTGTGGGGGAGATTTGCCAAGACTATGACAGGTA...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062  TGACAAAATGTTCCCTGCCTTTGGGTTTGGCGCCAGGATACCTCCAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449892 GTGACAAAATGTTCCCTGCCTTTGGGTTTGGCGCCAGGATACCTCCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACACG         GTCTCTCATGACTTTGCAATCAACTTTAATGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449942 TACACGGTG...TAGGTCTCTCATGACTTTGCAATCAACTTTAATGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAACCCAGAATGTGCAG         GAATTCAAGGAGTTGTGGAAGCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 452988 CAACCCAGAATGTGCAGGTA...CAGGAATTCAAGGAGTTGTGGAAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ATCAGAGCTGTCTTCCTAAGCTCCAACTCTACGGTCCCACCAACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455388 ATCAGAGCTGTCTTCCTAAGCTCCAACTCTACGGTCCCACCAACATTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCATCATCCAGAAGGTTGCCAAGTCAGCGTCAGAGGAAACTAACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455438 CCCATCATCCAGAAGGTTGCCAAGTCAGCGTCAGAGGAAACTAACACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGAGGCATCG         CAATACTTCATCCTGCTGATCCTGACAGATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 455488 GGAGGCATCGGTA...CAGCAATACTTCATCCTGCTGATCCTGACAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GTGTTATCACAGACATGGCCGACACCCGGGAGGCCATTGTCCATGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462682 GTGTTATCACAGACATGGCCGACACCCGGGAGGCCATTGTCCATGCCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CACCTCCCCATGTCAGTCATCATCGTGGGAGTAGGGAACGCTGACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462732 CACCTCCCCATGTCAGTCATCATCGTGGGAGTAGGGAACGCTGACTTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGACATGCAGATGCTGGACGGTGATGATGGGATTCTGAGGTCACCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462782 TGACATGCAGATGCTGGACGGTGATGATGGGATTCTGAGGTCACCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GAGAGCCTGTTCTTCGAGACATCGTCCAGTTCGTGCCCTTCAGGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462832 GAGAGCCTGTTCTTCGAGACATCGTCCAGTTCGTGCCCTTCAGGAACTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAACAC         GCATCTCCAGCTGCCCTGGCAAAGAGCGTGCTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462882 AAACACGTA...CAGGCATCTCCAGCTGCCCTGGCAAAGAGCGTGCTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGAAGTCCCAAACCAAGTTGTGGACTATTACAATGGCAAAGGAATTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 470150 TGAAGTCCCAAACCAAGTTGTGGACTATTACAATGGCAAAGGAATTAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1625 CAAAATGTTCATCAGAAATGTATGAATCTTCCAGAACACTAGCACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 470200 CAAAATGTTCATCAGAAATGTATGAATCTTCCAGAACACTAGCACCA