seq1 = pF1KB8156.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KB8156/gi568815578r_17842360.tfa (gi568815578r:17842360_18068425), 226066 bp

>pF1KB8156 1212
>gi568815578r:17842360_18068425 (Chr20)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-156  (111389-111493)   100% ->
157-267  (112951-113061)   100% ->
268-389  (114309-114430)   100% ->
390-513  (115716-115839)   100% ->
514-609  (116831-116926)   100% ->
610-715  (118030-118135)   100% ->
716-791  (118219-118294)   100% ->
792-831  (119323-119362)   100% ->
832-918  (119450-119536)   100% ->
919-1078  (120781-120940)   100% ->
1079-1164  (125231-125316)   100% ->
1165-1212  (126019-126066)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGTTCCCGAGTTGCTGCAGCAGCAGGAGGAGGACCGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGGTTCCCGAGTTGCTGCAGCAGCAGGAGGAGGACCGCAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         CTGAGATCTGTATCTGTGGACCTGAATGTTGATCCCTCGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTG...CAGCTGAGATCTGTATCTGTGGACCTGAATGTTGATCCCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAGATTGACATACCTGATGCGCTCAGTGAGAGAGACAAAGTCAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111429 TTCAGATTGACATACCTGATGCGCTCAGTGAGAGAGACAAAGTCAAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGTGCACACAAAG         ACCACACTGCCCACGTTTCAGAGCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111479 ACAGTGCACACAAAGGTA...CAGACCACACTGCCCACGTTTCAGAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGTTTTCTGTTACAAGGCAACATGAAGACTTTGTGTGGCTACATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112977 AGAGTTTTCTGTTACAAGGCAACATGAAGACTTTGTGTGGCTACATGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTTATTGAAACAACAGACTATGCTGGGCTTATT         ATTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113027 CTCTTATTGAAACAACAGACTATGCTGGGCTTATTGTG...CAGATTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTGCTCCTACGAAGCCCGACTTTGATGGTCCTCGAGAGAAGATGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114315 CCTGCTCCTACGAAGCCCGACTTTGATGGTCCTCGAGAGAAGATGCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGGGAGAAGGTGAAGGGTCTATGACCAAAGAAGAATTTGCCAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114365 ACTGGGAGAAGGTGAAGGGTCTATGACCAAAGAAGAATTTGCCAAGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACAAGAACTGGAAGC         TGAGTATCTCGCTGTGTTTAAGAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114415 AACAAGAACTGGAAGCGTA...CAGTGAGTATCTCGCTGTGTTTAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGTGTCCTCCCATGAAGTCTTTCTTCAGCGGCTTTCTTCTCACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115741 ACTGTGTCCTCCCATGAAGTCTTTCTTCAGCGGCTTTCTTCTCACCCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTCAGTAAAGATCGCAACTTTCATGTTTTCCTGGAATATGATCAGGAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115791 TCTCAGTAAAGATCGCAACTTTCATGTTTTCCTGGAATATGATCAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514         CTAAGTGTTAGGCGGAAAAATACTAAAGAGATGTTTGGTGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115841 TA...TAGCTAAGTGTTAGGCGGAAAAATACTAAAGAGATGTTTGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCTTCAAAAGTGTGGTGAAAAGTGCTGATGAAGTCCTTTTTACTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116873 TTCTTCAAAAGTGTGGTGAAAAGTGCTGATGAAGTCCTTTTTACTGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAG         GAGGTAGATGACTTCTTTGAGCAAGAGAAGAACTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116923 TAAGGTA...TAGGAGGTAGATGACTTCTTTGAGCAAGAGAAGAACTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTATTAACTATTACAATAGGATCAAAGATTCTTGTGTGAAAGCTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118067 TTATTAACTATTACAATAGGATCAAAGATTCTTGTGTGAAAGCTGACAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGACCAGATCTCATAAAA         ATGTTGCCGATGACTATATCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118117 ATGACCAGATCTCATAAAAGTA...CAGATGTTGCCGATGACTATATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CACCGCAGCCTGCTTACATAGCCTGGCTTTAGAAGAGCCCACAGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118241 CACCGCAGCCTGCTTACATAGCCTGGCTTTAGAAGAGCCCACAGTCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAA         GTACCTATTGAAGGTTGCTGAGCTATTTGAAAAACTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118291 AAAAGTA...CAGGTACCTATTGAAGGTTGCTGAGCTATTTGAAAAACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGG         AAAGTAGAGGGTCGAGTTTCATCAGATGAAGATTTGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119360 AGGGTA...TAGAAAGTAGAGGGTCGAGTTTCATCAGATGAAGATTTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTAACAGAGCTCCTCCGATACTACATGCTCAACATTGAAGCTGCTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119488 GCTAACAGAGCTCCTCCGATACTACATGCTCAACATTGAAGCTGCTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919         GATCTCTTATACAGACGCACCAAAGCCCTCATTGACTATGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119538 TA...CAGGATCTCTTATACAGACGCACCAAAGCCCTCATTGACTATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AACTCAAACAAAGCTCTGGATAAGGCCCGGTTAAAGAGCAAAGACGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120823 AACTCAAACAAAGCTCTGGATAAGGCCCGGTTAAAGAGCAAAGACGTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTTGGCTGAGGCACACCAGCAGGAGTGCTGCCAGAAATTTGAACAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120873 GTTGGCTGAGGCACACCAGCAGGAGTGCTGCCAGAAATTTGAACAACTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCGAATCTGCAAAAGAAG         AACTGATAAATTTCAAACGGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120923 CCGAATCTGCAAAAGAAGGTT...TAGAACTGATAAATTTCAAACGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AGAGTGGCAGCATTTAGAAAGAATCTAATTGAAATGTCTGAACTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125254 AGAGTGGCAGCATTTAGAAAGAATCTAATTGAAATGTCTGAACTGGAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAAACATGCCAGG         AACAATGTCTCCCTTTTGCAGAGCTGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125304 AAAACATGCCAGGGTA...CAGAACAATGTCTCCCTTTTGCAGAGCTGTA

   1300     .    :    .    :
   1193 TTGACTTGTTCAAGAATAAC
        ||||||||||||||||||||
 126047 TTGACTTGTTCAAGAATAAC