seq1 = pF1KB8153.tfa, 1239 bp
seq2 = pF1KB8153/gi568815589f_96350280.tfa (gi568815589f:96350280_96590035), 239756 bp

>pF1KB8153 1239
>gi568815589f:96350280_96590035 (Chr9)

1-349  (100001-100349)   100% ->
350-512  (108100-108262)   100% ->
513-674  (115058-115219)   100% ->
675-743  (115431-115499)   100% ->
744-827  (120732-120815)   100% ->
828-999  (134183-134354)   100% ->
1000-1185  (137810-137995)   100% ->
1186-1239  (139703-139756)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGGCGCTCTGGGGAGTCCCGTGGCTGCCGCTGGCGCCGCGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGGCGCTCTGGGGAGTCCCGTGGCTGCCGCTGGCGCCGCGATGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAGTTTCGGCTGCGTGGTGGCCAACCGCTTCCATCAGCTGCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGAGTTTCGGCTGCGTGGTGGCCAACCGCTTCCATCAGCTGCTGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGTCGGACCCGTTCGACATCCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGTCGGACCCGTTCGACATCCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGGCGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAGCTGCAGCGCAAGAGGCGCGACGAGGCGGCGGCGGCGGCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCAGCTGCAGCGCAAGAGGCGCGACGAGGCGGCGGCGGCGGCCGGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGTCCCCGCGGCGGCAGGAGCCCAGCCGGGGCCTCGGGCCACAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGTCCCCGCGGCGGCAGGAGCCCAGCCGGGGCCTCGGGCCACAGAGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCGGGCGGCCGGAGGGAGTCGCAGAAGGAGCGCAAGAGCCTCCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCGGGCGGCCGGAGGGAGTCGCAGAAGGAGCGCAAGAGCCTCCCGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCGTCGCTCAGCGGCCCGATAGCCCCGGGGGCGGCCTGCAGGCGCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100301 CCCGTCGCTCAGCGGCCCGATAGCCCCGGGGGCGGCCTGCAGGCGCCGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350         GCCAGAAGCGGACTCCTAGAAGAGGGGAGCAGCAAGGATGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TA...TAGGCCAGAAGCGGACTCCTAGAAGAGGGGAGCAGCAAGGATGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGACAGCCGTGGGCCGGAGGGGATGCTCGAAAGAGCTGAGCGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108142 ATGACAGCCGTGGGCCGGAGGGGATGCTCGAAAGAGCTGAGCGGAGATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACAGGGAATACCGACCCTATGAGACAGAGAGGCAGGCAGACTTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108192 TACAGGGAATACCGACCCTATGAGACAGAGAGGCAGGCAGACTTCACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGAAGTTTCCAGATGAAAA         ACCAGGTGATAGGTTTGATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108242 TGAGAAGTTTCCAGATGAAAAGTA...TAGACCAGGTGATAGGTTTGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGACAGACCGTTGAGAGGACGTGGAGGCCCGAGAGGGGGTATGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115078 GAGACAGACCGTTGAGAGGACGTGGAGGCCCGAGAGGGGGTATGCGCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGAGGCAGAGGTGGCCCTGGGAACAGAGTTTTTGACGCTTTTGACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115128 AGAGGCAGAGGTGGCCCTGGGAACAGAGTTTTTGACGCTTTTGACCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGAAAGCGAGAATTTGAAAGATATGGTGGGAATGACAAAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115178 AGGAAAGCGAGAATTTGAAAGATATGGTGGGAATGACAAAATGTA...TA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    675  AGCAGTCAGAACTGAAGACAACATGGGTGGATGTGGAGTTCGAACCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115430 GAGCAGTCAGAACTGAAGACAACATGGGTGGATGTGGAGTTCGAACCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGATCGGGTAAAGATACCAG         TGATGTGGAGCCAACTGCACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115480 GGATCGGGTAAAGATACCAGGTA...CAGTGATGTGGAGCCAACTGCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATGGAGGAACCCACAGTGGTGGAGGAGTCCCAGGGCACCCCGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120753 GATGGAGGAACCCACAGTGGTGGAGGAGTCCCAGGGCACCCCGGAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTCTCCAGCCAA         AGTTCCTGAGTTGGAGGTAGAAGAAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120803 AGTCTCCAGCCAAGTA...TAGAGTTCCTGAGTTGGAGGTAGAAGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCCAAGTTCAAGAGATGACTTTAGATGAGTGGAAAAATCTTCAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134211 ACCCAAGTTCAAGAGATGACTTTAGATGAGTGGAAAAATCTTCAAGAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACCAGACCAAAGCCTGAGTTTAACATCCGGAAACCAGAATCCACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134261 GACCAGACCAAAGCCTGAGTTTAACATCCGGAAACCAGAATCCACTGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTCCAAAGCCGTGGTGATTCACAAGTCAAAATACAGAGATGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134311 CTTCCAAAGCCGTGGTGATTCACAAGTCAAAATACAGAGATGATGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000    ATGGTAAAAGATGACTATGAGGACGATTCCCATGTTTTCCGGAAACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137807 CAGATGGTAAAAGATGACTATGAGGACGATTCCCATGTTTTCCGGAAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CGCCAATGACATCACATCCCAGCTGGAGATTAATTTTGGTAACCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137857 CGCCAATGACATCACATCCCAGCTGGAGATTAATTTTGGTAACCTCCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTCCTGGGCGTGGAGCCAGAGGAGGCACCCGGGGAGGCCGGGGAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137907 GTCCTGGGCGTGGAGCCAGAGGAGGCACCCGGGGAGGCCGGGGAAGGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGGAGGGCAGAGAACTATGGACCCAGAGCAGAAGTGGTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 137957 AGGAGGGCAGAGAACTATGGACCCAGAGCAGAAGTGGTGGTA...TAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCAAGATGTTGCCCCCAACCCAGATGACCCGGAAGATTTCCCTGCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139705 GCAAGATGTTGCCCCCAACCCAGATGACCCGGAAGATTTCCCTGCGCTGT

   1300 
   1238 CT
        ||
 139755 CT