seq1 = pF1KB8150.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KB8150/gi568815596f_44101200.tfa (gi568815596f:44101200_44330715), 229516 bp

>pF1KB8150 1437
>gi568815596f:44101200_44330715 (Chr2)

1-846  (100001-100846)   100% ->
847-964  (108011-108128)   100% ->
965-1076  (116768-116879)   100% ->
1077-1134  (117281-117338)   100% ->
1135-1437  (129214-129516)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCATTTTTGGATAAACCCAAAACTGAAAAACATAATGCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCATTTTTGGATAAACCCAAAACTGAAAAACATAATGCTCATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGGGAATGGTTTACGTTATGGCCTGAGCAGCATGCAAGGATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTGGGAATGGTTTACGTTATGGCCTGAGCAGCATGCAAGGATGGAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAAATGGAAGATGCACACACAGCTGTTGTAGGTATTCCTCACGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAAATGGAAGATGCACACACAGCTGTTGTAGGTATTCCTCACGGCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGACTGGTCATTTTTTGCAGTTTATGATGGTCATGCTGGATCCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAGACTGGTCATTTTTTGCAGTTTATGATGGTCATGCTGGATCCCGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCAAATTACTGCTCAACACATTTATTAGAACACATCACTACTAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCAAATTACTGCTCAACACATTTATTAGAACACATCACTACTAACGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTTAGGGCAGCTGGAAAATCAGGATCTGCTCTTGAGCTTTCAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTTAGGGCAGCTGGAAAATCAGGATCTGCTCTTGAGCTTTCAGTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATGTTAAGAATGGTATCAGAACTGGATTTTTGAAAATTGATGAATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATGTTAAGAATGGTATCAGAACTGGATTTTTGAAAATTGATGAATACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGTAACTTTTCAGACCTCAGAAACGGGATGGACAGGAGTGGTTCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGTAACTTTTCAGACCTCAGAAACGGGATGGACAGGAGTGGTTCAACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTGGGAGTTATGATTTCACCTAAGCATATCTACTTTATCAACTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTGGGAGTTATGATTTCACCTAAGCATATCTACTTTATCAACTGTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATTCACGTGCTGTTCTGTATAGGAATGGACAAGTCTGCTTTTCTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATTCACGTGCTGTTCTGTATAGGAATGGACAAGTCTGCTTTTCTACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGATCACAAACCTTGCAATCCAAGGGAAAAGGAGCGAATCCAAAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGATCACAAACCTTGCAATCCAAGGGAAAAGGAGCGAATCCAAAATGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAGGCAGCGTGATGATACAACGTGTTAATGGTTCATTAGCAGTATCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAGGCAGCGTGATGATACAACGTGTTAATGGTTCATTAGCAGTATCTCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTCTGGGGGACTATGATTACAAGTGTGTTGATGGCAAGGGCCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTCTGGGGGACTATGATTACAAGTGTGTTGATGGCAAGGGCCCAACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACAACTTGTTTCTCCAGAGCCTGAGGTTTATGAAATTTTAAGAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACAACTTGTTTCTCCAGAGCCTGAGGTTTATGAAATTTTAAGAGCAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGATGAATTTATCATCTTGGCTTGTGATGGGATCTGGGATGTTATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGATGAATTTATCATCTTGGCTTGTGATGGGATCTGGGATGTTATGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATGAGGAGCTCTGTGAATATGTTAAATCTAGGCTTGAGGTATCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AATGAGGAGCTCTGTGAATATGTTAAATCTAGGCTTGAGGTATCTGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGGAAAATGTGTGCAATTGGGTAGTGGACACTTGTTTACACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100801 CCTGGAAAATGTGTGCAATTGGGTAGTGGACACTTGTTTACACAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847      GGAAGTCGAGATAACATGAGTATTGTACTAGTTTGCTTTTCAAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ..CAGGGAAGTCGAGATAACATGAGTATTGTACTAGTTTGCTTTTCAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTCCCAAGGTCTCAGATGAAGCGGTGAAAAAAGATTCAGAGTTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108056 GCTCCCAAGGTCTCAGATGAAGCGGTGAAAAAAGATTCAGAGTTGGATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCACTTGGAATCACGGGTTGAAG         AGATTATGGAGAAGTCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108106 GCACTTGGAATCACGGGTTGAAGGTA...CAGAGATTATGGAGAAGTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCGAGGAAGGAATGCCTGATCTTGCCCATGTCATGCGCATCTTGTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116786 GCGAGGAAGGAATGCCTGATCTTGCCCATGTCATGCGCATCTTGTCTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GAAAATATCCCAAATTTGCCTCCTGGGGGAGGTCTTGCTGGCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116836 GAAAATATCCCAAATTTGCCTCCTGGGGGAGGTCTTGCTGGCAAGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077    GCGTAATGTTATTGAAGCTGTTTATAGTAGACTGAATCCACATAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117278 TAGGCGTAATGTTATTGAAGCTGTTTATAGTAGACTGAATCCACATAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAAGTGATGGG         GCCTCCGATGAAGCAGAGGAAAGTGGATCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117328 AAAGTGATGGGGTA...AAGGCCTCCGATGAAGCAGAGGAAAGTGGATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGGGAAAATTGGTGGAAGCTCTCAGGCAAATGAGAATTAATCATAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129244 CAGGGAAAATTGGTGGAAGCTCTCAGGCAAATGAGAATTAATCATAGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAACTACCGACAACTTCTGGAGGAGATGCTGACTAGTTACAGGCTAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129294 AAACTACCGACAACTTCTGGAGGAGATGCTGACTAGTTACAGGCTAGCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAGTAGAGGGAGAAGAAAGCCCTGCTGAACCAGCTGCCACAGCTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129344 AAGTAGAGGGAGAAGAAAGCCCTGCTGAACCAGCTGCCACAGCTACTTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TCGAACAGTGATGCTGGAAACCCAGTGACAATGCAGGAAAGCCATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129394 TCGAACAGTGATGCTGGAAACCCAGTGACAATGCAGGAAAGCCATACTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ATCAGAAAGTGGTCTTGCTGAATTAGACAGCTCTAATGAAGATGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129444 ATCAGAAAGTGGTCTTGCTGAATTAGACAGCTCTAATGAAGATGCAGGGA

   1450     .    :    .    :
   1415 CAAAGATGAGTGGTGAAAAAATA
        |||||||||||||||||||||||
 129494 CAAAGATGAGTGGTGAAAAAATA