seq1 = pF1KB8146.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KB8146/gi568815597r_29094025.tfa (gi568815597r:29094025_29330906), 236882 bp

>pF1KB8146 1119
>gi568815597r:29094025_29330906 (Chr1)

(complement)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-274  (114222-114319)   100% ->
275-406  (114771-114902)   99% ->
407-550  (124002-124145)   100% ->
551-653  (127674-127776)   99% ->
654-756  (128862-128964)   100% ->
757-830  (130318-130391)   100% ->
831-891  (134649-134709)   100% ->
892-964  (134894-134966)   100% ->
965-1119  (136728-136882)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGTCTGCAGTACCCTGTGGCGGGTGCGAACCCCCGCCCGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGTCTGCAGTACCCTGTGGCGGGTGCGAACCCCCGCCCGGCAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGGGCTGCTCCCAGCTTCTGGCTGTCACGGACCTGCCGCCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGGGCTGCTCCCAGCTTCTGGCTGTCACGGACCTGCCGCCTCCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCGCATCCGCCGAGCCTGCCCGGGTCCGGGCGCTTGTCTATGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCCGCATCCGCCGAGCCTGCCCGGGTCCGGGCGCTTGTCTATGGGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACGGGGATCCAGCCAAGGTCGTCGA         ACTCAAGAACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 CACGGGGATCCAGCCAAGGTCGTCGAGTA...TAGACTCAAGAACCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTAGCTGCTGTGAGAGGATCAGATGTCCGTGTGAAGATGCTGGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114237 GCTAGCTGCTGTGAGAGGATCAGATGTCCGTGTGAAGATGCTGGCGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTATCAATCCATCTGACATAAATATGATCCAAG         GAAACTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114287 CTATCAATCCATCTGACATAAATATGATCCAAGGTA...CAGGAAACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGACTCCTTCCTGAACTGCCTGCTGTTGGAGGGAACGAAGGTGTTGCACA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114779 GGATTCCTTCCTGAACTGCCTGCTGTTGGAGGGAACGAAGGTGTTGCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGGTAGCGGTGGGCAGCAATGTGACCGGGCTGAAGCCAGGAGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114829 GGTGGTAGCGGTGGGCAGCAATGTGACCGGGCTGAAGCCAGGAGACTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGATTCCAGCAAATGCTGGTTTAG         GAACCTGGCGGACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114879 TGATTCCAGCAAATGCTGGTTTAGGTG...CAGGAACCTGGCGGACCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGTGTTCAGCGAGGAAGCACTGATCCAAGTTCCGAGTGACATCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124019 GCTGTGTTCAGCGAGGAAGCACTGATCCAAGTTCCGAGTGACATCCCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGAGCGCTGCCACCCTGGGTGTCAATCCCTGCACAGCCTACAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124069 TCAGAGCGCTGCCACCCTGGGTGTCAATCCCTGCACAGCCTACAGGATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGATGGACTTCGAGCAACTGCAGCCAG         GGGATTCTGTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 124119 TGATGGACTTCGAGCAACTGCAGCCAGGTA...CAGGGGATTCTGTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGAATGCATCCAACAGCGGAGTGGGGCAAGCGGTCATCCAGATCGCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 127688 CAGAATGCATCCAACAGCGGAGTGGGGCAAGCAGTCATCCAGATCGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCCCTGGGCCTAAGAACCATCAATGTGGTCCGAGACAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127738 AGCCCTGGGCCTAAGAACCATCAATGTGGTCCGAGACAGGTG...CAGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGATATCCAGAAGCTGAGTGACAGACTGAAGAGTCTGGGGGCTGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128864 CTGATATCCAGAAGCTGAGTGACAGACTGAAGAGTCTGGGGGCTGAGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCATCACAGAAGAGGAGCTAAGAAGGCCCGAAATGAAAAACTTCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128914 GTCATCACAGAAGAGGAGCTAAGAAGGCCCGAAATGAAAAACTTCTTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 G         GACATGCCCCAGCCACGGCTTGCTCTCAACTGTGTTGGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128964 GGTA...CAGGACATGCCCCAGCCACGGCTTGCTCTCAACTGTGTTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGAAAAGCTCCACAGAGCTGCTGCGGCAGTTAGC         GCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 130358 GGAAAAGCTCCACAGAGCTGCTGCGGCAGTTAGCGTA...CAGGCGTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGAACCATGGTAACCTATGGGGGGATGGCCAAGCAGCCCGTCGTAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134656 GGAACCATGGTAACCTATGGGGGGATGGCCAAGCAGCCCGTCGTAGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTG         AGCCTGCTCATTTTTAAGGATCTCAAACTTCGAGGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134706 TGTGGTA...CAGAGCCTGCTCATTTTTAAGGATCTCAAACTTCGAGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTTGGTTGTCCCAGTGGAAGAAGGATCACAGTCCAG         ACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 134931 TTTGGTTGTCCCAGTGGAAGAAGGATCACAGTCCAGGTG...CAGACCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCAAGGAGCTGATCCTCACACTGTGCGATCTCATCCGCCGAGGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136733 TTCAAGGAGCTGATCCTCACACTGTGCGATCTCATCCGCCGAGGCCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CACAGCCCCTGCCTGCTCCCAGGTCCCGCTGCAGGACTACCAGTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136783 CACAGCCCCTGCCTGCTCCCAGGTCCCGCTGCAGGACTACCAGTCTGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGAAGCCTCCATGAAGCCCTTCATATCTTCAAAGCAGATTCTCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136833 TGGAAGCCTCCATGAAGCCCTTCATATCTTCAAAGCAGATTCTCACCATG