seq1 = pF1KB8145.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB8145/gi568815581f_75567373.tfa (gi568815581f:75567373_75806518), 239146 bp

>pF1KB8145 924
>gi568815581f:75567373_75806518 (Chr17)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-216  (101144-101253)   100% ->
217-264  (104444-104491)   100% ->
265-307  (126068-126110)   100% ->
308-396  (132411-132499)   100% ->
397-488  (135108-135199)   100% ->
489-549  (135939-135999)   100% ->
550-601  (136436-136487)   100% ->
602-660  (137384-137442)   100% ->
661-745  (138636-138720)   100% ->
746-924  (138968-139146)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGAAGAAGAATGTTCTGTCGTCTCTCGCAGTTTACGCGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGAAGAAGAATGTTCTGTCGTCTCTCGCAGTTTACGCGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAGAGCCCGAGTCTGATGGCGAGGCTGGAATCGAGGCGGTGGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAGAGCCCGAGTCTGATGGCGAGGCTGGAATCGAGGCGGTGGGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCTG         AGGAGAAAGGCGGATTGGTATCTGATGCCTATGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCTGGTA...CAGAGGAGAAAGGCGGATTGGTATCTGATGCCTATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGATGACTTTTCTCGTCTAGGGGGTGATGAAGATGGTTATGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 GAGGATGACTTTTCTCGTCTAGGGGGTGATGAAGATGGTTATGAAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGATGAGAACAGTAGACAGTCG         GAAGATGACGATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101229 AGAAGATGAGAACAGTAGACAGTCGGTA...TAGGAAGATGACGATTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGACTGAAAAACCTGAGGCTGATGACCCAAAG         GATAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104460 AGACTGAAAAACCTGAGGCTGATGACCCAAAGGTA...CAGGATAATACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGCAGAAAAGCGAGACCCCCAGGAACTCGTGG         CCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126077 GAAGCAGAAAAGCGAGACCCCCAGGAACTCGTGGGTG...CAGCCTCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTCTGAAAGAGTTCGGAACATGTCGCCTGATGAAATCAAGATCCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132418 TTCTGAAAGAGTTCGGAACATGTCGCCTGATGAAATCAAGATCCCGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AACCCCCTGGCAGATGTTCAAATCACTTGCAA         GACAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132468 AACCCCCTGGCAGATGTTCAAATCACTTGCAAGTA...CAGGACAAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGAAGCTTTATGAACGAAAGATAAAGGAGGGAATGGATATGAACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135117 CAGAAGCTTTATGAACGAAAGATAAAGGAGGGAATGGATATGAACTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TATCCAAAGGAAGAAAGAATTTCGGAACCCTAG         CATCTACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135167 TATCCAAAGGAAGAAAGAATTTCGGAACCCTAGGTA...CAGCATCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGAAGCTGATCCAGTTCTGTGCCATTGACGAGCTTGGCACCAACTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135947 AGAAGCTGATCCAGTTCTGTGCCATTGACGAGCTTGGCACCAACTACCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAG         GATATGTTTGATCCCCATGGCTGGTCTGAGGACTCCTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135997 AAGGTG...CAGGATATGTTTGATCCCCATGGCTGGTCTGAGGACTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTATGAGGCATTAG         CCAAGGCCCAGAAAATTGAGATGGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 136474 CTATGAGGCATTAGGTA...TAGCCAAGGCCCAGAAAATTGAGATGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AATTGGAAAAGGCCAAAAAGGAGCGAACAAAA         ATTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 137411 AATTGGAAAAGGCCAAAAAGGAGCGAACAAAAGTA...CAGATTGAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GTGACGGGCACCAAAAAAGGCACCACGACCAACGCCACGTCCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138645 GTGACGGGCACCAAAAAAGGCACCACGACCAACGCCACGTCCACCACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TACCACTGCCAGCACAGCTGTTGCAG         ATGCTCAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 138695 TACCACTGCCAGCACAGCTGTTGCAGGTA...CAGATGCTCAGAAGAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AGAGCAAGTGGGATTCGGCTATCCCAGTGACAACGATAGCCCAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138983 AGAGCAAGTGGGATTCGGCTATCCCAGTGACAACGATAGCCCAGCCCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 ATCCTCACCACCACAGCCACCCTGCCAGCTGTTGTCACGGTCACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139033 ATCCTCACCACCACAGCCACCCTGCCAGCTGTTGTCACGGTCACCACCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGCCAGCGGCTCCAAGACCACCGTCATCTCTGCTGTGGGCACCATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139083 CGCCAGCGGCTCCAAGACCACCGTCATCTCTGCTGTGGGCACCATTGTGA

   1000     .    :
    911 AGAAGGCCAAGCAG
        ||||||||||||||
 139133 AGAAGGCCAAGCAG