seq1 = pF1KB8144.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KB8144/gi568815591f_92347730.tfa (gi568815591f:92347730_92556559), 208830 bp

>pF1KB8144 807
>gi568815591f:92347730_92556559 (Chr7)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-375  (101023-101148)   100% ->
376-435  (102972-103031)   100% ->
436-619  (106773-106956)   100% ->
620-807  (108643-108830)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTGGGCCTGAAGCCCACCTGCAGCGTATGCAAGACCACGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTGGGCCTGAAGCCCACCTGCAGCGTATGCAAGACCACGTCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCATGTGGAAGAAGGGAGCGCAGGGGGAGATCCTCTGCCATCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCATGTGGAAGAAGGGAGCGCAGGGGGAGATCCTCTGCCATCATTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGCCGGGGCGGCGCGGGCAGCGGGGGCGCAGGCTCGGGGGCGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGCCGGGGCGGCGCGGGCAGCGGGGGCGCAGGCTCGGGGGCGGCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGACTGGGGGCAGCGGCGGCGGCGGCTTCGGCGCGGCGACCTTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGACTGGGGGCAGCGGCGGCGGCGGCTTCGGCGCGGCGACCTTCGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCTCCGCCACCCCTCCGCAGAGCAACGGGGGCGGGGGCGGCAAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 CACCTCCGCCACCCCTCCGCAGAGCAACGGGGGCGGGGGCGGCAAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         AGTAAGCAGGAAATTCACAGGAGGTCTGCTCGGCTCAGAAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TG...CAGAGTAAGCAGGAAATTCACAGGAGGTCTGCTCGGCTCAGAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTAAATACAAATCTGCTCCGGCTGCTGAAAAGAAAGTCTCCACCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 ACTAAATACAAATCTGCTCCGGCTGCTGAAAAGAAAGTCTCCACCAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAAGGGAGAAGACATATATTTAAATTGAAAAAT         CCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101115 AAAAGGGAGAAGACATATATTTAAATTGAAAAATGTA...TAGCCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGCTCCTGAGTCAGTTTCCACTATAATCACTGCAGAATCAATCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102979 AAGCTCCTGAGTCAGTTTCCACTATAATCACTGCAGAATCAATCTTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAG         GGAGTATATTACCAAATTGGTGATGTTGTTTCTGTGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103029 AAGGTA...CAGGGAGTATATTACCAAATTGGTGATGTTGTTTCTGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGAACAAGATGGAAAGCCCTACTATGCTCAAATCAGAGGTTTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106811 TGATGAACAAGATGGAAAGCCCTACTATGCTCAAATCAGAGGTTTTATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGACCAGTATTGCGAGAAGAGTGCAGCACTGACGTGGCTCATTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106861 AGGACCAGTATTGCGAGAAGAGTGCAGCACTGACGTGGCTCATTCCTACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCTCTAGCCCCAGAGACCAATTTGATCCCGCCTCCTATATCATAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106911 CTCTCTAGCCCCAGAGACCAATTTGATCCCGCCTCCTATATCATAGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620      GGCCAGAGGAAGATCTTCCAAGGAAGATGGAATACTTGGAATTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106961 ..CAGGGCCAGAGGAAGATCTTCCAAGGAAGATGGAATACTTGGAATTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTGTCATGCACCTTCTGAGTATTTCAAGTCACGGTCATCACCATTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108688 TTTGTCATGCACCTTCTGAGTATTTCAAGTCACGGTCATCACCATTTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACAGTTCCCACCAGACCAGAGAAGGGCTACATATGGACTCATGTTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108738 ACAGTTCCCACCAGACCAGAGAAGGGCTACATATGGACTCATGTTGGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACTCCTGCAATAACAATTAAGGAATCAGTTGCCAACCATTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108788 TACTCCTGCAATAACAATTAAGGAATCAGTTGCCAACCATTTG