seq1 = pF1KB8142.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB8142/gi568815579f_8151077.tfa (gi568815579f:8151077_8362106), 211030 bp

>pF1KB8142 1182
>gi568815579f:8151077_8362106 (Chr19)

1-173  (100001-100173)   100% ->
174-291  (103423-103540)   100% ->
292-410  (104531-104649)   100% ->
411-468  (104746-104803)   100% ->
469-519  (105160-105210)   100% ->
520-612  (105542-105634)   100% ->
613-741  (105873-106001)   99% ->
742-848  (106803-106909)   100% ->
849-1005  (110612-110768)   99% ->
1006-1182  (110854-111030)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCAGTTTCAACGAGTGGTTTTGGCAGGACAGGTTCTGGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCCAGTTTCAACGAGTGGTTTTGGCAGGACAGGTTCTGGTTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCAATGTCACGTGGACAGAGCTAGAAGACCGGGATGGCCGTGTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCAATGTCACGTGGACAGAGCTAGAAGACCGGGATGGCCGTGTCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCACCCCCAGGACTTGTTGGCAGCCCTGCCCCTGGCGCTGGTCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCACCCCCAGGACTTGTTGGCAGCCCTGCCCCTGGCGCTGGTCCTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATGCGCCTTGCCTTTGAGAG         ATTCATTGGCCTGCCCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100151 GCCATGCGCCTTGCCTTTGAGAGGTG...CAGATTCATTGGCCTGCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCCGGTGGCTGGGTGTGAGGGATCAGACCAGGAGGCAAGTGAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103441 GAGCCGGTGGCTGGGTGTGAGGGATCAGACCAGGAGGCAAGTGAAGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCCACGCTGGAGAAACACTTCCTCACGGAAGGGCACAGGCCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103491 ACGCCACGCTGGAGAAACACTTCCTCACGGAAGGGCACAGGCCCAAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          CCCCAGCTGTCTCTCCTGGCCGCCCAGTGTGGCCTCACGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103541 GTG...CAGCCCCAGCTGTCTCTCCTGGCCGCCCAGTGTGGCCTCACGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCAGACCCAGCGATGGTTCCGGAGACGCCGGAACCAGGATCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 GCAGCAGACCCAGCGATGGTTCCGGAGACGCCGGAACCAGGATCGACCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTGACCAAGAAGTTCTGTGAGGCCAG         CTGGAGGTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104622 AGCTGACCAAGAAGTTCTGTGAGGCCAGGTA...CAGCTGGAGGTTTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTACCTGTCCTCCTTCGTGGGCGGCCTCTCGGTCCTGTACCAC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104759 TTCTACCTGTCCTCCTTCGTGGGCGGCCTCTCGGTCCTGTACCACGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     GAGTCATGGCTGTGGGCACCAGTAATGTGCTGGGACAGGTACCCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104809 .CAGGAGTCATGGCTGTGGGCACCAGTAATGTGCTGGGACAGGTACCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCAG         ACTCTGAAGCCATCCCTGTACTGGTGGTACCTCTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105206 ACCAGGTG...CAGACTCTGAAGCCATCCCTGTACTGGTGGTACCTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGCTGGGTTTCTACCTCTCACTGCTAATCAGGCTGCCCTTTGATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105578 GAGCTGGGTTTCTACCTCTCACTGCTAATCAGGCTGCCCTTTGATGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGCAAG         GATTTCAAGGAGCAGGTGATACACCACTTCGTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105628 GCGCAAGGTG...CAGGATTTCAAGGAGCAGGTGATACACCACTTCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGTCATCCTGATGACCTTCTCCTACAGTGCCAACCTGCTGCGCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105907 CGGTCATCCTGATGACCTTCTCCTACAGTGCCAACCTGCTGCGCATTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTCTGGTGCTGCTGTTACATGATTCCTCTGACTACCTGCTGGAG     
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>..
 105957 TCTCTGGTGCTGCTGTTACACGATTCCTCTGACTACCTGCTGGAGGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     GCCTGTAAGATGGTCAACTACATGCAGTATCAGCAAGTGTGCGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106007 .CAGGCCTGTAAGATGGTCAACTACATGCAGTATCAGCAAGTGTGCGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCTCTTCCTCATCTTCTCCTTTGTCTTCTTCTACACCCGACTGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106849 CTCTCTTCCTCATCTTCTCCTTTGTCTTCTTCTACACCCGACTGGTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTCCCACCCA         GATCCTCTACACCATATACTACGAGTCCAT
        |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||| |||||||||||||||
 106899 TTTCCCACCCAGTG...TAGGATCCTCTACACCACATACTACGAGTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGCAACAGGGGCCCCTTCTTCGGCTACTACTTCTTCAACGGGCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110642 CAGCAACAGGGGCCCCTTCTTCGGCTACTACTTCTTCAACGGGCTTCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTTGCTGCAGCTGCTGCACGTGTTCTGGTCTTGCCTCATTCTGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110692 TGTTGCTGCAGCTGCTGCACGTGTTCTGGTCTTGCCTCATTCTGCGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCTATAGCTTCATGAAGAAGGGCCAG         ATGGAGAAGGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110742 CTCTATAGCTTCATGAAGAAGGGCCAGGTA...CAGATGGAGAAGGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCGTAGTGATGTAGAAGAATCAGACTCCAGTGAGGAGGTGGCGGCGGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 110868 TCGTAGTGATGTAGAAGAATCAGACTCCAGTGAGGAGGCGGCGGCGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGAACCTCTGCAGCTAAAGAACGGGGCAGCTGGAGGGCCCAGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110918 AGGAACCTCTGCAGCTAAAGAACGGGGCAGCTGGAGGGCCCAGGCCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCCACTGATGGCCCTCAGAGCCGGGTGGCCGGGCGTCTGACCAACAGGCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 110968 CCCACTGATGGCCCTCGGAGCCGGGTGGCCGGGCGTCTGACCAACAGGCA

   1250     .    :
   1170 CACAACAGCCACA
        |||||||||||||
 111018 CACAACAGCCACA