seq1 = pF1KB8140.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KB8140/gi568815595f_133705849.tfa (gi568815595f:133705849_133919763), 213915 bp

>pF1KB8140 813
>gi568815595f:133705849_133919763 (Chr3)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-249  (100761-100855)   100% ->
250-327  (101898-101975)   100% ->
328-410  (105269-105351)   100% ->
411-547  (109742-109878)   100% ->
548-602  (111030-111084)   100% ->
603-813  (113705-113915)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCGCGGACTCGCGCCGGGTGGCAGATGGCGGCGGTGCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCGCGGACTCGCGCCGGGTGGCAGATGGCGGCGGTGCCGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCTTCCAGCCCTACCTAGACACCTTGCGGCAGGAGCTGCAGCAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCTTCCAGCCCTACCTAGACACCTTGCGGCAGGAGCTGCAGCAGACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCAACGCTGTTGTCAGTAGTGGTGGCGGTTCTTGCGGTGCTGCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCAACGCTGTTGTCAGTAGTGGTGGCGGTTCTTGCGGTGCTGCTGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAG         TCTTCTGGAAGTTAATCCGGAGCAGAAGGAGCAGTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGGTA...CAGTCTTCTGGAAGTTAATCCGGAGCAGAAGGAGCAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGAGCTGTTCTTCTTGTTGGCCTTTGTGATTCCGGGAAAACGTTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100798 GAGAGCTGTTCTTCTTGTTGGCCTTTGTGATTCCGGGAAAACGTTGCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGTCAGG         TTGTTAACAGGCCTTTATAGAGACACTCAGACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 TTGTCAGGGTA...CAGTTGTTAACAGGCCTTTATAGAGACACTCAGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCATTACTGACAGCTGTGCTGTATACAGAGTCAACAATAACAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101931 TCCATTACTGACAGCTGTGCTGTATACAGAGTCAACAATAACAGGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     GGCAATAGTCTGACCTTGATTGACCTTCCCGGCCATGAGAGTTTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 .CAGGGCAATAGTCTGACCTTGATTGACCTTCCCGGCCATGAGAGTTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTTCAGTTCTTAGAGCGGTTTAAGTCTTCAGCCAG         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105315 GGCTTCAGTTCTTAGAGCGGTTTAAGTCTTCAGCCAGGTA...CAGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTGTGTTTGTTGTGGATAGTGCAGCATTCCAGCGAGAGGTGAAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109746 ATTGTGTTTGTTGTGGATAGTGCAGCATTCCAGCGAGAGGTGAAAGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTGAGTTTCTGTATCAAGTCCTCATTGACAGTATGGGTCTGAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109796 GGCTGAGTTTCTGTATCAAGTCCTCATTGACAGTATGGGTCTGAAGAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACCATCATTCTTAATAGCCTGCAATAAGCAAG         ATATTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109846 CACCATCATTCTTAATAGCCTGCAATAAGCAAGGTG...CAGATATTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGCAAAATCAGCAAAGTTAATTCAACAGCAGCTGGAGAAAGAACT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111038 ATGGCAAAATCAGCAAAGTTAATTCAACAGCAGCTGGAGAAAGAACTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603       CAACACCTTACGAGTTACCCGTTCTGCTGCCCCCAGCACACTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111088 ...CAGCAACACCTTACGAGTTACCCGTTCTGCTGCCCCCAGCACACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAGTTCCAGCACTGCCCCTGCTCAGCTGGGGAAGAAAGGCAAAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113749 ACAGTTCCAGCACTGCCCCTGCTCAGCTGGGGAAGAAAGGCAAAGAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAATTCTCACAGTTGCCCCTCAAAGTGGAGTTCCTGGAGTGCAGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113799 GAATTCTCACAGTTGCCCCTCAAAGTGGAGTTCCTGGAGTGCAGTGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGTGGAAGAGGGGACGTGGGCTCTGCTGACATCCAGGACTTGGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113849 GGGTGGAAGAGGGGACGTGGGCTCTGCTGACATCCAGGACTTGGAGAAAT

    850     .    :    .
    797 GGCTGGCTAAAATTGCC
        |||||||||||||||||
 113899 GGCTGGCTAAAATTGCC