seq1 = pF1KB8138.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KB8138/gi568815581f_44249165.tfa (gi568815581f:44249165_44452795), 203631 bp

>pF1KB8138 1779
>gi568815581f:44249165_44452795 (Chr17)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-264  (100262-100387)   100% ->
265-349  (100503-100587)   100% ->
350-462  (101064-101176)   100% ->
463-598  (101278-101413)   100% ->
599-708  (101527-101636)   100% ->
709-835  (101873-101999)   100% ->
836-933  (102199-102296)   100% ->
934-1179  (102386-102631)   100% ->
1180-1413  (102851-103084)   100% ->
1414-1644  (103177-103407)   100% ->
1645-1779  (103497-103631)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGACCCTGGTGAGCTGGGTGGCCTTAACAGCAGGGCTGGTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGACCCTGGTGAGCTGGGTGGCCTTAACAGCAGGGCTGGTGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACGCGGTGCCCAGATGGTCAGTTCTGCCCTGTGGCCTGCTGCCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACGCGGTGCCCAGATGGTCAGTTCTGCCCTGTGGCCTGCTGCCTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGAGGAGCCAGCTACAGCTGCTGCCGTCCCCTTCTG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CCGGAGGAGCCAGCTACAGCTGCTGCCGTCCCCTTCTGGTG...TAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATGGCCCACAACACTGAGCAGGCATCTGGGTGGCCCCTGCCAGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100265 AAATGGCCCACAACACTGAGCAGGCATCTGGGTGGCCCCTGCCAGGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCACTGCTCTGCCGGCCACTCCTGCATCTTTACCGTCTCAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100315 TGCCCACTGCTCTGCCGGCCACTCCTGCATCTTTACCGTCTCAGGGACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGTTGCTGCCCCTTCCCAGAG         GCCGTGGCATGCGGGGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100365 CCAGTTGCTGCCCCTTCCCAGAGGTG...CAGGCCGTGGCATGCGGGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCATCACTGCTGCCCACGGGGCTTCCACTGCAGTGCAGACGGGCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 GGCCATCACTGCTGCCCACGGGGCTTCCACTGCAGTGCAGACGGGCGATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCTTCCAAAGATCAG         GTAACAACTCCGTGGGTGCCATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100571 CTGCTTCCAAAGATCAGGTG...CAGGTAACAACTCCGTGGGTGCCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGCCCTGATAGTCAGTTCGAATGCCCGGACTTCTCCACGTGCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101088 AGTGCCCTGATAGTCAGTTCGAATGCCCGGACTTCTCCACGTGCTGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGTCGATGGCTCCTGGGGGTGCTGCCCCATGCCCCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101138 ATGGTCGATGGCTCCTGGGGGTGCTGCCCCATGCCCCAGGTA...CAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCCTGCTGTGAAGACAGGGTGCACTGCTGTCCGCACGGTGCCTTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 TTCCTGCTGTGAAGACAGGGTGCACTGCTGTCCGCACGGTGCCTTCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCTGGTTCACACCCGCTGCATCACACCCACGGGCACCCACCCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 ACCTGGTTCACACCCGCTGCATCACACCCACGGGCACCCACCCCCTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGAAGCTCCCTGCCCAGAGGACTAACAGGGCAG         TGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101380 AAGAAGCTCCCTGCCCAGAGGACTAACAGGGCAGGTG...CAGTGGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCCAGCTCGGTCATGTGTCCGGACGCACGGTCCCGGTGCCCTGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101534 GTCCAGCTCGGTCATGTGTCCGGACGCACGGTCCCGGTGCCCTGATGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTACCTGCTGTGAGCTGCCCAGTGGGAAGTATGGCTGCTGCCCAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101584 CTACCTGCTGTGAGCTGCCCAGTGGGAAGTATGGCTGCTGCCCAATGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAC         GCCACCTGCTGCTCCGATCACCTGCACTGCTGCCCCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101634 AACGTG...CAGGCCACCTGCTGCTCCGATCACCTGCACTGCTGCCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACACTGTGTGTGACCTGATCCAGAGTAAGTGCCTCTCCAAGGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101911 AGACACTGTGTGTGACCTGATCCAGAGTAAGTGCCTCTCCAAGGAGAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTACCACGGACCTCCTCACTAAGCTGCCTGCGCACACAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101961 CTACCACGGACCTCCTCACTAAGCTGCCTGCGCACACAGGTA...CAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGGATGTGAAATGTGACATGGAGGTGAGCTGCCCAGATGGCTATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 GGGGATGTGAAATGTGACATGGAGGTGAGCTGCCCAGATGGCTATACCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGCCGTCTACAGTCGGGGGCCTGGGGCTGCTGCCCTTTTACCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102251 CTGCCGTCTACAGTCGGGGGCCTGGGGCTGCTGCCCTTTTACCCAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934      GCTGTGTGCTGTGAGGACCACATACACTGCTGTCCCGCGGGGTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 ..TAGGCTGTGTGCTGTGAGGACCACATACACTGCTGTCCCGCGGGGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACGTGTGACACGCAGAAGGGTACCTGTGAACAGGGGCCCCACCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102431 ACGTGTGACACGCAGAAGGGTACCTGTGAACAGGGGCCCCACCAGGTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTGGATGGAGAAGGCCCCAGCTCACCTCAGCCTGCCAGACCCACAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 CTGGATGGAGAAGGCCCCAGCTCACCTCAGCCTGCCAGACCCACAAGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAAGAGAGATGTCCCCTGTGATAATGTCAGCAGCTGTCCCTCCTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 TGAAGAGAGATGTCCCCTGTGATAATGTCAGCAGCTGTCCCTCCTCCGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCTGCTGCCAACTCACGTCTGGGGAGTGGGGCTGCTGTCCAATCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102581 ACCTGCTGCCAACTCACGTCTGGGGAGTGGGGCTGCTGTCCAATCCCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 G         GCTGTCTGCTGCTCGGACCACCAGCACTGCTGCCCCCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 GGTA...CAGGCTGTCTGCTGCTCGGACCACCAGCACTGCTGCCCCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCTACACGTGTGTAGCTGAGGGGCAGTGTCAGCGAGGAAGCGAGATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102891 GCTACACGTGTGTAGCTGAGGGGCAGTGTCAGCGAGGAAGCGAGATCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTGGACTGGAGAAGATGCCTGCCCGCCGGGCTTCCTTATCCCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102941 GCTGGACTGGAGAAGATGCCTGCCCGCCGGGCTTCCTTATCCCACCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGACATCGGCTGTGACCAGCACACCAGCTGCCCGGTGGGGCAGACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102991 AGACATCGGCTGTGACCAGCACACCAGCTGCCCGGTGGGGCAGACCTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCCCGAGCCTGGGTGGGAGCTGGGCCTGCTGCCAGTTGCCCCAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103041 GCCCGAGCCTGGGTGGGAGCTGGGCCTGCTGCCAGTTGCCCCATGTG...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414    GCTGTGTGCTGCGAGGATCGCCAGCACTGCTGCCCGGCTGGCTACAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 CAGGCTGTGTGCTGCGAGGATCGCCAGCACTGCTGCCCGGCTGGCTACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CTGCAACGTGAAGGCTCGATCCTGCGAGAAGGAAGTGGTCTCTGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103224 CTGCAACGTGAAGGCTCGATCCTGCGAGAAGGAAGTGGTCTCTGCCCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTGCCACCTTCCTGGCCCGTAGCCCTCACGTGGGTGTGAAGGACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103274 CTGCCACCTTCCTGGCCCGTAGCCCTCACGTGGGTGTGAAGGACGTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGTGGGGAAGGACACTTCTGCCATGATAACCAGACCTGCTGCCGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103324 TGTGGGGAAGGACACTTCTGCCATGATAACCAGACCTGCTGCCGAGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCGACAGGGCTGGGCCTGCTGTCCCTACCGCCAG         GGCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103374 CCGACAGGGCTGGGCCTGCTGTCCCTACCGCCAGGTC...CAGGGCGTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GTTGTGCTGATCGGCGCCACTGCTGTCCTGCTGGCTTCCGCTGCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103504 GTTGTGCTGATCGGCGCCACTGCTGTCCTGCTGGCTTCCGCTGCGCAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGGGGTACCAAGTGTTTGCGCAGGGAGGCCCCGCGCTGGGACGCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103554 AGGGGTACCAAGTGTTTGCGCAGGGAGGCCCCGCGCTGGGACGCCCCTTT

   1850     .    :    .    :    .
   1752 GAGGGACCCAGCCTTGAGACAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 103604 GAGGGACCCAGCCTTGAGACAGCTGCTG