seq1 = pF1KB8136.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KB8136/gi568815577f_46536952.tfa (gi568815577f:46536952_46763556), 173032 bp

>pF1KB8136 1299
>gi568815577f:46536952_46763556 (Chr21)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-144  (106584-106688)   99% ->
145-327  (107355-107537)   100% ->
328-489  (111507-111668)   100% ->
490-654  (112624-112788)   100% ->
655-830  (121794-121969)   100% ->
831-960  (123882-124011)   100% ->
961-1097  (124849-124985)   100% ->
1098-1269  (126432-126603)   100% ->
1270-1299  (127344-127373)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACATCAGGTGACTGTCCCAGAAGTGAATCGCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGCAACATCAGGTGACTGTCCCAGAAGTGAATCGCAGGTA...CAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAAGAGCCTGCTGAGTGCAGTGAGGCGGGTCTCCTGCAGGAGGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 106586 AGAAGAGCCTGCTGAGTGCAGTGAGGCCGGTCTCCTGCAGGAGGGAGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCAGAGGAGTTTGTGGCCATCGCGGACTACGCTGCCACCGATGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106636 AGCCAGAGGAGTTTGTGGCCATCGCGGACTACGCTGCCACCGATGAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAG         CTCAGTTTTTTGAGAGGAGAAAAAATTCTTATCCTGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106686 CAGGTA...CAGCTCAGTTTTTTGAGAGGAGAAAAAATTCTTATCCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAAACCACTGCAGATTGGTGGTGGGGTGAGCGTGCGGGCTGCTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107393 ACAAACCACTGCAGATTGGTGGTGGGGTGAGCGTGCGGGCTGCTGTGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATTCCGGCAAACCATGTGGGGAAGCACGTGGATGAGTACGACCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107443 ACATTCCGGCAAACCATGTGGGGAAGCACGTGGATGAGTACGACCCCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACACGTGGCAGGATGAAGAGTACTTCGGCAGCTATGGAACTCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107493 GACACGTGGCAGGATGAAGAGTACTTCGGCAGCTATGGAACTCTGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     AAACTCCACTTGGAGATGTTGGCAGACCAGCCACGAACAACTAAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107543 .CAGAAACTCCACTTGGAGATGTTGGCAGACCAGCCACGAACAACTAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCACAGTGTCATCCTGCAGAATAAAGAATCCCTGACGGATAAAGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111553 ACCACAGTGTCATCCTGCAGAATAAAGAATCCCTGACGGATAAAGTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGACGTGGGCTGTGGGACTGGGATCATCAGTCTCTTCTGTGCACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111603 CTGGACGTGGGCTGTGGGACTGGGATCATCAGTCTCTTCTGTGCACACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCGCGGCCTAGAGCG         GTGTACGCGGTGGAGGCCAGTGAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111653 TGCGCGGCCTAGAGCGGTG...CAGGTGTACGCGGTGGAGGCCAGTGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCACAGCACACGGGGCAGCTGGTCCTGCAGAACGGCTTTGCTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112649 TGGCACAGCACACGGGGCAGCTGGTCCTGCAGAACGGCTTTGCTGACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCACCGTGTACCAGCAGAAGGTGGAGGATGTGGTGCTGCCCGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112699 ATCACCGTGTACCAGCAGAAGGTGGAGGATGTGGTGCTGCCCGAGAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGACGTGCTGGTGTCTGAGTGGATGGGGACCTGCCTGCTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112749 GGACGTGCTGGTGTCTGAGTGGATGGGGACCTGCCTGCTGGTG...CAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAGTTCATGATCGAGTCCATCCTGTATGCCCGGGATGCCTGGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121795 TTGAGTTCATGATCGAGTCCATCCTGTATGCCCGGGATGCCTGGCTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGACGGGGTCATTTGGCCCACCATGGCTGCGTTGCACCTTGTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121845 GAGGACGGGGTCATTTGGCCCACCATGGCTGCGTTGCACCTTGTGCCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGTGCTGATAAGGATTATCGTAGCAAGGTGCTCTTCTGGGACAACGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121895 CAGTGCTGATAAGGATTATCGTAGCAAGGTGCTCTTCTGGGACAACGCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACGAGTTCAACCTCAGCGCTCTGAA         ATCTTTAGCAGTTAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121945 ACGAGTTCAACCTCAGCGCTCTGAAGTA...TAGATCTTTAGCAGTTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGTTTTTTTCAAAGCCCAAGTATAACCACATTTTGAAACCAGAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123898 GAGTTTTTTTCAAAGCCCAAGTATAACCACATTTTGAAACCAGAAGACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCTCTCTGAACCGTGCACTATATTGCAGTTGGACATGAGAACCGTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123948 TCTCTCTGAACCGTGCACTATATTGCAGTTGGACATGAGAACCGTGCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTTCTGATCTAGAG         ACCCTGAGGGGCGAGCTGCGCTTCGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123998 TTTCTGATCTAGAGGTG...CAGACCCTGAGGGGCGAGCTGCGCTTCGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCAGGAAGGCGGGGACCCTGCACGGCTTCACGGCCTGGTTTAGCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124876 ATCAGGAAGGCGGGGACCCTGCACGGCTTCACGGCCTGGTTTAGCGTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTCCAGAGCCTGCAGGAGGGGCAGCCGCCGCAGGTGCTCAGCACCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124926 CTTCCAGAGCCTGCAGGAGGGGCAGCCGCCGCAGGTGCTCAGCACCGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCTTCCACCC         CACCACACACTGGAAGCAGACGCTGTTCATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124976 CCTTCCACCCGTG...CAGCACCACACACTGGAAGCAGACGCTGTTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGACGACCCAGTCCCTGTCCATACAGGAGACGTGGTCACGGGTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126463 ATGGACGACCCAGTCCCTGTCCATACAGGAGACGTGGTCACGGGTTCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTGTTGCAGAGAAACCCAGTGTGGAGAAGGCACATGTCTGTGGCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126513 TGTGTTGCAGAGAAACCCAGTGTGGAGAAGGCACATGTCTGTGGCTCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCTGGGCTGTCACTTCCAGACAAGACCCCACATCTCAAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126563 GCTGGGCTGTCACTTCCAGACAAGACCCCACATCTCAAAAAGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :
   1270 GTTGGAGAAAAAGTCTTCCCCATCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 127344 GTTGGAGAAAAAGTCTTCCCCATCTGGAGA