seq1 = pF1KB8131.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KB8131/gi568815585f_97334471.tfa (gi568815585f:97334471_97564439), 229969 bp

>pF1KB8131 549
>gi568815585f:97334471_97564439 (Chr13)

1-314  (100001-100314)   100% ->
315-549  (129735-129969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGGGTAGGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGGGTAGGCAAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCTGACCGTGCAGTTCGTGACCGGCACCTTCATCGAGAAATACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCTGACCGTGCAGTTCGTGACCGGCACCTTCATCGAGAAATACGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCATCGAGGACTTCTACCGCAAGGAGATCGAGGTGGATTCGTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCATCGAGGACTTCTACCGCAAGGAGATCGAGGTGGATTCGTCGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGTGCTGGAGATCCTGGACACGGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGTGCTGGAGATCCTGGACACGGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTCGTCTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTCGTCTACAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGTCAACCAGCAGAGCTTCCAGGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGTCAACCAGCAGAGCTTCCAGGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCGCGTGAAGCG         GTATGAGAAAGTGCCAGTCATCTTGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCGCGTGAAGCGGTG...TAGGTATGAGAAAGTGCCAGTCATCTTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGGAACAAAGTGGACCTGGAAAGTGAGAGAGAAGTATCGTCCAGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129762 TGGGAACAAAGTGGACCTGGAAAGTGAGAGAGAAGTATCGTCCAGCGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGAGCCCTTGCTGAAGAGTGGGGCTGCCCCTTTATGGAAACTTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129812 GCAGAGCCCTTGCTGAAGAGTGGGGCTGCCCCTTTATGGAAACTTCCGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGAGTAAAACAATGGTGGACGAACTCTTTGCAGAAATTGTGAGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129862 AAGAGTAAAACAATGGTGGACGAACTCTTTGCAGAAATTGTGAGGCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAACTATGCTGCTCAGCCTGACAAAGATGACCCATGCTGTTCTGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129912 GAACTATGCTGCTCAGCCTGACAAAGATGACCCATGCTGTTCTGCATGTA

    550     .
    542 ACATACAA
        ||||||||
 129962 ACATACAA