seq1 = pF1KB8127.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB8127/gi568815581f_42510108.tfa (gi568815581f:42510108_42766797), 256690 bp

>pF1KB8127 1353
>gi568815581f:42510108_42766797 (Chr17)

1-49  (149397-149445)   100% ->
50-162  (149727-149839)   99% ->
163-330  (150042-150209)   100% ->
331-399  (150532-150600)   100% ->
400-479  (152866-152945)   100% ->
480-606  (153270-153396)   100% ->
607-693  (155369-155455)   100% ->
694-843  (155571-155720)   100% ->
844-996  (155980-156132)   100% ->
997-1158  (156216-156377)   99% ->
1159-1353  (156496-156690)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCGGGAGATCATCACCCTGCAGCTGGGCCAGTGCGGCAACCAGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 149397 ATGCCCCGGGAGATCATCACCCTGCAGCTGGGCCAGTGCGGCAACCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         TTGGGTTCGAGTTCTGGAAACAGCTGTGCGCCGAGCATGGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149447 TG...CAGTTGGGTTCGAGTTCTGGAAACAGCTGTGCGCCGAGCATGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGCCCCGAGGGCATCGTGGAGGAGTTCGCCACCGAGGGCACTGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 149769 TCAGCCCCGAGGGCATCGTGGAGGAATTCGCCACCGAGGGCACTGACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGACGTCTTTTTCTACCAG         GCAGACGATGAGCACTACAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 149819 AAGGACGTCTTTTTCTACCAGGTG...CAGGCAGACGATGAGCACTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCCGGGCCGTGCTGCTGGACTTGGAACCCCGGGTGATCCACTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150062 CCCCCGGGCCGTGCTGCTGGACTTGGAACCCCGGGTGATCCACTCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAACTCCCCCTATGCCAAGCTCTACAACCCAGAGAACATCTACCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150112 TCAACTCCCCCTATGCCAAGCTCTACAACCCAGAGAACATCTACCTGTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACATGGAGGAGGAGCTGGCAACAACTGGGCCAGCGGATTCTCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 150162 GAACATGGAGGAGGAGCTGGCAACAACTGGGCCAGCGGATTCTCCCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GGTGAGAAAATTCATGAAGACATCTTTGACATCATAGACCGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150212 G...CAGGGTGAGAAAATTCATGAAGACATCTTTGACATCATAGACCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCAGATGGAAGTGACAGTTTGGAG         GGCTTCGTGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 150575 AAGCAGATGGAAGTGACAGTTTGGAGGTG...CAGGGCTTCGTGCTGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACTCCATCGCTGGGGGTACGGGTTCTGGCCTGGGCTCCTACCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152881 CACTCCATCGCTGGGGGTACGGGTTCTGGCCTGGGCTCCTACCTCCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCGACTGAATGACAG         GTACCCCAAGAAGCTAGTGCAGACTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 152931 GCGACTGAATGACAGGCA...CAGGTACCCCAAGAAGCTAGTGCAGACTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTCAGTGTTTCCCTACCAGGACGAGATGAGCGACGTAGTGGTTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153296 ATTCAGTGTTTCCCTACCAGGACGAGATGAGCGACGTAGTGGTTCAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACAATTCACTCCTGACACTCAAGAGGCTGACGCAGAACGCAGATTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153346 TACAATTCACTCCTGACACTCAAGAGGCTGACGCAGAACGCAGATTGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 G         GTGGTGCTGGACAACACAGCCCTGAACCGGATTGCCACAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153396 GGTG...CAGGTGGTGCTGGACAACACAGCCCTGAACCGGATTGCCACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCGCCTGCACATCCAGAACCCGTCCTTCTCCCAGATCAACCAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 155409 ACCGCCTGCACATCCAGAACCCGTCCTTCTCCCAGATCAACCAGCTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       GTGTCCACCATCATGTCGGCCAGCACCACCACCCTGCGCTACCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155459 ...CAGGTGTCCACCATCATGTCGGCCAGCACCACCACCCTGCGCTACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGGCTACATGAACAATGACCTCATCGGCCTCATCGCCTCGCTCATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155615 CGGCTACATGAACAATGACCTCATCGGCCTCATCGCCTCGCTCATTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCCACGGCTCCACTTCCTCATGACCGGCTACACCCCGCTCACTACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155665 CCCCACGGCTCCACTTCCTCATGACCGGCTACACCCCGCTCACTACAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGTCA         GTGGCCAGCGTGAGGAAGACCACGGTCCTGGATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155715 CAGTCAGTA...CAGGTGGCCAGCGTGAGGAAGACCACGGTCCTGGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATGAGGCGGCTGCTGCAGCCCAAGAACGTGATGGTGTCCACAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156015 CATGAGGCGGCTGCTGCAGCCCAAGAACGTGATGGTGTCCACAGGCCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCGCCAGACCAACCACTGCTACATCGCCATCCTCAACATCATCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156065 ACCGCCAGACCAACCACTGCTACATCGCCATCCTCAACATCATCCAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGGTGGACCCCACCCAG         GTCCACAAGAGCCTGCAGAGGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 156115 GAGGTGGACCCCACCCAGGTA...CAGGTCCACAAGAGCCTGCAGAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCGGGAACGGAAGTTGGCCAACTTCATCCCGTGGGGCCCCGCCAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156239 CCGGGAACGGAAGTTGGCCAACTTCATCCCGTGGGGCCCCGCCAGCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGTGGCCCTGTCGAGGAAGTCTCCCTACCTGCCCTCAGCCCACCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 156289 AGGTGGCCCTGTCGAGGAAGTCTCCCTACCTGCCCTCGGCCCACCGGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCGGGCTCATGATGGCCAACCACACCAGCATCTCCTCG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 156339 AGCGGGCTCATGATGGCCAACCACACCAGCATCTCCTCGGTG...CAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTTTGAAAGTTCCTGCCAGCAGTTTGACAAGCTGCGGAAGCGGGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156498 CTTTGAAAGTTCCTGCCAGCAGTTTGACAAGCTGCGGAAGCGGGATGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTCGAGCAGTTCCGTAAGGAGGACGTGTTCAAGGACAACTTTGATGAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 156548 TCCTCGAGCAGTTCCGTAAGGAGGACATGTTCAAGGACAACTTTGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATGGACAGGTCTAGGGAGGTTGTTCAGGAGCTCATTGATGAGTACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156598 ATGGACAGGTCTAGGGAGGTTGTTCAGGAGCTCATTGATGAGTACCATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCCACCCAGCCAGACTACATTTCCTGGGGCACCCAGGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156648 GGCCACCCAGCCAGACTACATTTCCTGGGGCACCCAGGAGCAG