seq1 = pF1KB8124.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KB8124/gi568815582f_75547883.tfa (gi568815582f:75547883_75756608), 208726 bp

>pF1KB8124 1197
>gi568815582f:75547883_75756608 (Chr16)

1-670  (100001-100670)   100% ->
671-795  (106391-106515)   100% ->
796-1197  (108325-108726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGCGATGGATTTGGGCAAAGACCCCAACGGGCCCACCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGGCGATGGATTTGGGCAAAGACCCCAACGGGCCCACCCATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGACTCTGTTCGTGAGGGACGACGGCAGCTCCATGTCCTTCTACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGACTCTGTTCGTGAGGGACGACGGCAGCTCCATGTCCTTCTACGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCCAGCCCGGCCAAGCGTCGGCTGTCGACGCTCATCCTGCACGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCCAGCCCGGCCAAGCGTCGGCTGTCGACGCTCATCCTGCACGGCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCACCGTGTGCCGAGTGCAGGAGCCCGGGGCCGTGCTGCTGGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCACCGTGTGCCGAGTGCAGGAGCCCGGGGCCGTGCTGCTGGCCCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGGGAGGCGCTGGCCGAGGCCTCGGGTGATTTCATCTCCACGCAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGGGAGGCGCTGGCCGAGGCCTCGGGTGATTTCATCTCCACGCAGTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGGACTGCGTGGAGCGCAACGAGAGGCTGGAGCTGGAGGCCTATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGGACTGCGTGGAGCGCAACGAGAGGCTGGAGCTGGAGGCCTATCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGCCCCGCCTCGGCGGCGGACACCGGCTCGGAAGCAAAGCCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGCCCCGCCTCGGCGGCGGACACCGGCTCGGAAGCAAAGCCCGGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGCCGAGGGCGCCGCGGAGCCGGAGCCGCAGCGGCACGCCGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGCCGAGGGCGCCGCGGAGCCGGAGCCGCAGCGGCACGCCGGGCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGCCTTCACGGATGCGGACGACGTAGCCATCCTTACCTACGTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGCCTTCACGGATGCGGACGACGTAGCCATCCTTACCTACGTGAAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATGCCCGCTCGCCCAGCTCCGTCACCGGTAACGCCTTGTGGAAAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATGCCCGCTCGCCCAGCTCCGTCACCGGTAACGCCTTGTGGAAAGCGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGAAGAGCTCGCTCACGCAGCACTCGTGGCAGTCCCTGAAGGACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGAAGAGCTCGCTCACGCAGCACTCGTGGCAGTCCCTGAAGGACCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTCAAGCACCTGCGGGGCCAGGAGCATAAGTACCTGCTGGGGGACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCTCAAGCACCTGCGGGGCCAGGAGCATAAGTACCTGCTGGGGGACGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCGGTGAGCCCCTCCTCCCAGAAGCTCAAGCGGAAGGCGGAGGAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCGGTGAGCCCCTCCTCCCAGAAGCTCAAGCGGAAGGCGGAGGAGGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAGGCCGCGGATAGCGGGG         AACCACAGAATAAGAGAACTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100651 GGAGGCCGCGGATAGCGGGGGTG...CAGAACCACAGAATAAGAGAACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGATTTGCCTGAAGAAGAGTATGTGAAGGAAGAAATCCAGGAGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106412 CAGATTTGCCTGAAGAAGAGTATGTGAAGGAAGAAATCCAGGAGAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAAGCAGTCAAAAAGATGCTTGTGGAAGCCACCCGGGAGTTTGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106462 GAAGCAGTCAAAAAGATGCTTGTGGAAGCCACCCGGGAGTTTGAGGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGTG         GTGGATGAGAGCCCTCCTGATTTTGAAATACATATAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106512 TGTGGTA...TAGGTGGATGAGAGCCCTCCTGATTTTGAAATACATATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTATGTGTGATGATGATCCACCCACACCTGAGGAAGACTCAGAAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108362 CTATGTGTGATGATGATCCACCCACACCTGAGGAAGACTCAGAAACACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTGATGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGTTTCTCAACCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108412 CCTGATGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGTTTCTCAACCAGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGGAGCTGCCATTAAGATCATTCGGCAGTTAATGGAGAAGTTTAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108462 GGGAGCTGCCATTAAGATCATTCGGCAGTTAATGGAGAAGTTTAACTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATCTATCAACAGTTACACAGGCCTTCCTAAAAAATAGTGGTGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108512 ATCTATCAACAGTTACACAGGCCTTCCTAAAAAATAGTGGTGAGCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCTACTTCCGCCTTCTTAGCGTCTGGTCAGAGAGCTGATGGATATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108562 GCTACTTCCGCCTTCTTAGCGTCTGGTCAGAGAGCTGATGGATATCCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TTGGTCCCGACAAGATGACATAGATTTGCAAAAAGATGATGAGGATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108612 TTGGTCCCGACAAGATGACATAGATTTGCAAAAAGATGATGAGGATACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GAGAGGCATTGGTCAAAAAATTTGGTGCTCAGAATGTAGCTCGGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108662 GAGAGGCATTGGTCAAAAAATTTGGTGCTCAGAATGTAGCTCGGAGGATT

   1200     .    :    .
   1183 GAATTTCGAAAGAAA
        |||||||||||||||
 108712 GAATTTCGAAAGAAA