seq1 = pF1KB8123.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KB8123/gi568815590f_50302208.tfa (gi568815590f:50302208_50892826), 590619 bp

>pF1KB8123 1551
>gi568815590f:50302208_50892826 (Chr8)

1-27  (92032-92058)   100% ->
28-162  (100003-100137)   100% ->
163-219  (136336-136392)   100% ->
220-277  (147461-147518)   100% ->
278-321  (148349-148392)   100% ->
322-363  (148481-148522)   100% ->
364-466  (200571-200673)   100% ->
467-549  (227970-228052)   100% ->
550-680  (234471-234601)   100% ->
681-810  (250843-250972)   100% ->
811-849  (288672-288710)   100% ->
850-966  (354702-354818)   100% ->
967-1038  (356385-356456)   100% ->
1039-1191  (402393-402545)   100% ->
1192-1284  (406679-406771)   100% ->
1285-1395  (449794-449904)   100% ->
1396-1551  (490464-490619)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTCAGAACCGCCTGTGAGGAG         ACAAAGACAGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  92032 ATGGATTTCAGAACCGCCTGTGAGGAGGTG...AAGACAAAGACAGGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTGTTTGCTGCAGGATGGTAACCAGGAGCCTTTCAAAGTGCGGCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TTGTTTGCTGCAGGATGGTAACCAGGAGCCTTTCAAAGTGCGGCTGCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCCAAAGACATTTTGATGATCCAGGAACAGGATGTGATATGTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 TAGCCAAAGACATTTTGATGATCCAGGAACAGGATGTGATATGTGTGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGAGCCTTTCTATTCTGGT         GAAAGAACGGTGACCATCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100117 GGTGAGCCTTTCTATTCTGGTGTA...CAGGAAAGAACGGTGACCATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGACAAACAGTAGGAGGATTTGGATTAAGCATAAAG         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 136356 AAGACAAACAGTAGGAGGATTTGGATTAAGCATAAAGGTA...CAGGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAGCAGAACATAACATTCCAGTTGTCGTTTCAAAAATCTCCAAGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147465 GAGCAGAACATAACATTCCAGTTGTCGTTTCAAAAATCTCCAAGGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAG         CGGAACTTTCAGGACTACTTTTTATTGGAGATGCAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147515 AGAGGTA...CAGCGGAACTTTCAGGACTACTTTTTATTGGAGATGCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCTACAG         ATAAATGGCATTAATGTGAGAAAATGTAGACATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148386 TCTACAGGTA...CAGATAAATGGCATTAATGTGAGAAAATGTAGACATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AAGAAGTG         GTTCAGGTTCTTCGGAATGCTGGAGAAGAAGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 148515 AAGAAGTGGTG...CAGGTTCAGGTTCTTCGGAATGCTGGAGAAGAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 ACTCTAACAGTGTCATTTTTAAAAAGAGCACCTGCTTTCCTCAAACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200604 ACTCTAACAGTGTCATTTTTAAAAAGAGCACCTGCTTTCCTCAAACTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 ATTGAATGAAGATTGTGCAT         GTGCTCCAAGTGACCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 200654 ATTGAATGAAGATTGTGCATGTA...CAGGTGCTCCAAGTGACCAGAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 GTGGCACCTCCTCTCCTCTCTGTGACAGTGGCTTACATCTCAACTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227991 GTGGCACCTCCTCTCCTCTCTGTGACAGTGGCTTACATCTCAACTACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCCAACAATACA         GACACATTATCATGCTCGTCGTGGCCGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 228041 CCCAACAATACAGTA...CAGGACACATTATCATGCTCGTCGTGGCCGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 GTCTCCAGGCTTGAGGTGGGAGAAGCGATGGTGCGACCTCAGACTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234500 GTCTCCAGGCTTGAGGTGGGAGAAGCGATGGTGCGACCTCAGACTGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CTCTACTTCATTCGCGCTTCTCTCAGTATGTGCCCGGCACAGATTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234550 CTCTACTTCATTCGCGCTTCTCTCAGTATGTGCCCGGCACAGATTTGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CG         GCAGAATGCCTTTCAAGTCATTGCTGTGGATGGGGTCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234600 CGGTG...CAGGCAGAATGCCTTTCAAGTCATTGCTGTGGATGGGGTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CACTGGGATTATTCAGTGCCTCTCTGCTGAAGACTGCGTTGACTGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250882 CACTGGGATTATTCAGTGCCTCTCTGCTGAAGACTGCGTTGACTGGCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAGCAATAGCAACTAACATTTCAAATCTCACAAAGCACAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 250932 AAGCAATAGCAACTAACATTTCAAATCTCACAAAGCACAATGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 ATTAAAAAAATCAACAGAAACTTTCCTGTAAACCAGCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 288672 ATTAAAAAAATCAACAGAAACTTTCCTGTAAACCAGCAGGTA...CAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 TGTCTACATGGGCTGGTGTGAAGCCCGGGAGCAAGACCCCCTCCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354704 TGTCTACATGGGCTGGTGTGAAGCCCGGGAGCAAGACCCCCTCCAGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GAGTGTACTCCCCGACCTTCCTGGCCCTGAGGGGCTCATGTCTCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354754 GAGTGTACTCCCCGACCTTCCTGGCCCTGAGGGGCTCATGTCTCTACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TTTCTGGCACCTCCA         GTGACCACCTGGGACTGGACGAGAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 354804 TTTCTGGCACCTCCAGTA...AAGGTGACCACCTGGGACTGGACGAGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 AGAGAAAACATTCTCAGTTTATGAGATTATGTGCAAGATCCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 356411 AGAGAAAACATTCTCAGTTTATGAGATTATGTGCAAGATCCTCAAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039      GACAGTGACCTGCTGGACCGACGGAAACAGTGCTTCACCGTGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 356461 ..CAGGACAGTGACCTGCTGGACCGACGGAAACAGTGCTTCACCGTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 TCTGAGTCTGGGGAGGACCTGTACTTCTCAGTGGAGCTGGAAAGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402438 TCTGAGTCTGGGGAGGACCTGTACTTCTCAGTGGAGCTGGAAAGTGACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CGCCCAGTGGGAAAGAGCCTTCCAGACAGCAACCTTTCTAGAAGTAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402488 CGCCCAGTGGGAAAGAGCCTTCCAGACAGCAACCTTTCTAGAAGTAGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GGATACAG         TGCAAGACCTATGCATGTGTGCTAGAAAGTCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 402538 GGATACAGGTG...TAGTGCAAGACCTATGCATGTGTGCTAGAAAGTCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CTAATGGGACTCACAATTGATTTCAGCACAGGATTTATCTGCTTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 406712 CTAATGGGACTCACAATTGATTTCAGCACAGGATTTATCTGCTTTGATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGCAACAAAG         GCTGTCCTTTGGAGGTATAAATTCTCTCAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 406762 TGCAACAAAGGTA...TAGGCTGTCCTTTGGAGGTATAAATTCTCTCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 TTAAAGGTTCTTCAGATGATGGCAAGAGCAAAATCAAATTTTTGTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449825 TTAAAGGTTCTTCAGATGATGGCAAGAGCAAAATCAAATTTTTGTTTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AATCCAGATACTAAACAGATTGAAGCAAAG         GAGTTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 449875 AATCCAGATACTAAACAGATTGAAGCAAAGGTA...CAGGAGTTGGAATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 TTCTAATTTATTTGCTGTTCTTCACTGCATTCATTCCTTCTTTGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 490475 TTCTAATTTATTTGCTGTTCTTCACTGCATTCATTCCTTCTTTGCTGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 AGGTAGCTTGTTTGGACCCTCTATTTTTAGGCAATCAAGCTACTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 490525 AGGTAGCTTGTTTGGACCCTCTATTTTTAGGCAATCAAGCTACTGCTTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1507 ACTGCTGCCAGCTCTGCTACCACGAGCAAAGCAAAGTATACAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 490575 ACTGCTGCCAGCTCTGCTACCACGAGCAAAGCAAAGTATACAACT