seq1 = pF1KB8120.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KB8120/gi568815596r_219274295.tfa (gi568815596r:219274295_219487794), 213500 bp

>pF1KB8120 1455
>gi568815596r:219274295_219487794 (Chr2)

(complement)

1-36  (100001-100036)   100% ->
37-130  (100632-100725)   100% ->
131-219  (100815-100903)   100% ->
220-333  (101017-101130)   100% ->
334-459  (101384-101509)   100% ->
460-590  (101697-101827)   100% ->
591-666  (102089-102164)   100% ->
667-774  (102264-102371)   100% ->
775-852  (103352-103429)   100% ->
853-936  (104581-104664)   100% ->
937-1097  (105656-105816)   100% ->
1098-1137  (106211-106250)   100% ->
1138-1239  (106359-106460)   100% ->
1240-1407  (112773-112940)   100% ->
1408-1455  (113453-113500)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGACACAGCCCCACGCGCGGGGCCATGCAG         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100001 ATGAGCGGACACAGCCCCACGCGCGGGGCCATGCAGGTA...TAGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATGAACGGTAAGGCCCGCAAAGAGGCGGTGCAGACTGCGGCTAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100637 CATGAACGGTAAGGCCCGCAAAGAGGCGGTGCAGACTGCGGCTAAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTCAAGTTCGTGAACCGGAGTCCCTCTCCTTTCCATG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100687 TCCTCAAGTTCGTGAACCGGAGTCCCTCTCCTTTCCATGGTA...CAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGGCTGAATGCCGCAACCGCCTTCTCCAGGCTGGCTTCAGTGAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100817 GTGGCTGAATGCCGCAACCGCCTTCTCCAGGCTGGCTTCAGTGAACTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGACTGAGAAATGGAATATTAAGCCCGAGAGCAAG         TACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100867 GGAGACTGAGAAATGGAATATTAAGCCCGAGAGCAAGGTA...CAGTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCATGACCAGGAACTCCTCCACCATCATAGCTTTTGCTGTAGGGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 TCATGACCAGGAACTCCTCCACCATCATAGCTTTTGCTGTAGGGGGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACGTTCCTGGCAATGGCTTCAGCCTCATCGGGGCCCACACGGACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101071 TACGTTCCTGGCAATGGCTTCAGCCTCATCGGGGCCCACACGGACAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGCCTCCGG         GTGAAACGTCGGTCTCGCCGCAGCCAGGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101121 CTGCCTCCGGGTA...CAGGTGAAACGTCGGTCTCGCCGCAGCCAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCTTCCAGCAAGTCGGTGTGGAGACCTATGGTGGTGGGATCTGGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101415 GCTTCCAGCAAGTCGGTGTGGAGACCTATGGTGGTGGGATCTGGAGCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGTTTGACCGTGACCTGACTCTGGCTGGACGCGTCATTGTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101465 TGGTTTGACCGTGACCTGACTCTGGCTGGACGCGTCATTGTCAAGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     TGCCCTACCTCAGGTCGGCTGGAGCAGCAGCTGGTGCACGTGGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 .CAGTGCCCTACCTCAGGTCGGCTGGAGCAGCAGCTGGTGCACGTGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCCCATTCTTCGCATCCCACACCTGGCCATCCATCTGCAGCGAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101743 GGCCCATTCTTCGCATCCCACACCTGGCCATCCATCTGCAGCGAAATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACGAGAACTTTGGGCCCAACACAGAGATGCATCT         AGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101793 AACGAGAACTTTGGGCCCAACACAGAGATGCATCTGTG...CAGAGTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATTCTTGCCACAGCCATCCAGGAGGAGCTGGAGAAGGGGACTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102095 CATTCTTGCCACAGCCATCCAGGAGGAGCTGGAGAAGGGGACTCCTGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGGGCCTCTCAATGCTGTG         GATGAGCGGCACCATTCGGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102145 CAGGGCCTCTCAATGCTGTGGTA...CAGGATGAGCGGCACCATTCGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTCATGTCCCTGCTCTGTGCCCATCTGGGGCTGAGCCCCAAGGACATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 CTCATGTCCCTGCTCTGTGCCCATCTGGGGCTGAGCCCCAAGGACATAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGATGGAGCTCTGCCTTGCAGACACCCAGCCTGCG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102335 GGAGATGGAGCTCTGCCTTGCAGACACCCAGCCTGCGGTG...TAGGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGGTGGTGCCTATGATGAGTTCATCTTTGCTCCTCGGCTGGACAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 TGGGTGGTGCCTATGATGAGTTCATCTTTGCTCCTCGGCTGGACAATCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CACAGCTGCTTCTGTGCCCTGCAG         GCCTTGATAGATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103406 CACAGCTGCTTCTGTGCCCTGCAGGTG...CAGGCCTTGATAGATTCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGCAGGCCCTGGCTCCCTGGCCACAGAGCCTCACGTGCGCATGGTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104598 TGCAGGCCCTGGCTCCCTGGCCACAGAGCCTCACGTGCGCATGGTCACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCTATGACAACGAAGAG         GTGGGGTCTGAGAGTGCACAGGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104648 TCTATGACAACGAAGAGGTA...CAGGTGGGGTCTGAGAGTGCACAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCACAGTCACTGCTGACAGAGCTGGTGCTGCGGCGGATCTCAGCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105680 GCACAGTCACTGCTGACAGAGCTGGTGCTGCGGCGGATCTCAGCCTCGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGCACCCGACAGCCTTCGAGGAAGCCATACCCAAGTCCTTCATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105730 CCAGCACCCGACAGCCTTCGAGGAAGCCATACCCAAGTCCTTCATGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCGCAGACATGGCCCATGCTGTGCATCCCAACTACCT         GGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105780 GCGCAGACATGGCCCATGCTGTGCATCCCAACTACCTGTG...CAGGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAGCATGAGGAGAACCACCGGCCTTTATTCCACAAG         GGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106215 AAGCATGAGGAGAACCACCGGCCTTTATTCCACAAGGTG...CAGGGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CGTGATCAAGGTGAACAGCAAGCAACGCTATGCTTCAAACGCGGTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106364 CGTGATCAAGGTGAACAGCAAGCAACGCTATGCTTCAAACGCGGTGTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGCCCTGATCCGAGAGGTGGCCAACAAAGTCAAGGTCCCCCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106414 AGGCCCTGATCCGAGAGGTGGCCAACAAAGTCAAGGTCCCCCTGCAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240       GATCTCATGGTCCGGAATGACACCCCCTGTGGAACCACCATTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106464 ...TAGGATCTCATGGTCCGGAATGACACCCCCTGTGGAACCACCATTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 ACCTATCTTGGCTTCTCGGCTGGGGCTGCGGGTGCTGGATTTAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112817 ACCTATCTTGGCTTCTCGGCTGGGGCTGCGGGTGCTGGATTTAGGCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCCAACTGGCCATGCACTCTATCCGGGAGATGGCCTGCACCACAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112867 CCCAACTGGCCATGCACTCTATCCGGGAGATGGCCTGCACCACAGGAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTCCAGACCCTCACCCTCTTCAAG         GGCTTCTTTGAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112917 CTCCAGACCCTCACCCTCTTCAAGGTA...TAGGGCTTCTTTGAGCTGTT

   1550     .    :    .    :    .    :
   1425 CCCTTCTCTAAGCCATAATCTCTTAGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 113470 CCCTTCTCTAAGCCATAATCTCTTAGTGGAT