seq1 = pF1KB8118.tfa, 534 bp
seq2 = pF1KB8118/gi568815595f_101474216.tfa (gi568815595f:101474216_101692750), 218535 bp

>pF1KB8118 534
>gi568815595f:101474216_101692750 (Chr3)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-279  (105575-105789)   100% ->
280-354  (111222-111296)   100% ->
355-410  (116000-116055)   100% ->
411-534  (118412-118535)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGGGAAGGCGGGAGACGAGAAGCCTGAAAAGTCGCAGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGGGAAGGCGGGAGACGAGAAGCCTGAAAAGTCGCAGCGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGCCGCCGGAG         GACCTGAAGAAGAAGCAGAAAAACCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGCCGCCGGAGGTG...CAGGACCTGAAGAAGAAGCAGAAAAACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAAACTAAGACTGTTTCTTCCAGTAATGGAGGGGAAAGTTCCAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105602 TGAAAACTAAGACTGTTTCTTCCAGTAATGGAGGGGAAAGTTCCAGTCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCGCTGAGAAGCGATCAGCTGAAGAAGAAGCTGCCGACCTCCCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105652 AGCGCTGAGAAGCGATCAGCTGAAGAAGAAGCTGCCGACCTCCCAACAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTACAAAGATCTCCAAGTTTGGATTTGCCATAGGTAGTCAGACGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105702 GCCTACAAAGATCTCCAAGTTTGGATTTGCCATAGGTAGTCAGACGACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAAGCATCAGCCATATCCATCAAACTTGGATCAAGT         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105752 AGAAAGCATCAGCCATATCCATCAAACTTGGATCAAGTGTG...CAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAAAGAAACTGTTCCAACTCTTGCTCCAAAAACTCTTTCAGTAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111225 CCTAAAGAAACTGTTCCAACTCTTGCTCCAAAAACTCTTTCAGTAGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTTTTAATGAAGATGAAGAT         AGTGAACCAGAGGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111275 AGCTTTTAATGAAGATGAAGATGTA...TAGAGTGAACCAGAGGAAATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCAGAAGCAAAGATGAGGATGAAGAATATTGGAAG         GGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116019 CTCCAGAAGCAAAGATGAGGATGAAGAATATTGGAAGGTA...CAGGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACACCAACATCAGCTGGACCAAACTCCTTCAATAAAGGAAAGCATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118416 ACACCAACATCAGCTGGACCAAACTCCTTCAATAAAGGAAAGCATGGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCTGATAACCAGAAGCTGTGGGAGCGAAATATAAAATCTCATCTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118466 TTCTGATAACCAGAAGCTGTGGGAGCGAAATATAAAATCTCATCTTGGAA

    550     .    :    .    :
    515 ATGTCCATGACCAAGACAAT
        ||||||||||||||||||||
 118516 ATGTCCATGACCAAGACAAT