seq1 = pF1KB8116.tfa, 759 bp
seq2 = pF1KB8116/gi568815593f_140542956.tfa (gi568815593f:140542956_140745095), 202140 bp

>pF1KB8116 759
>gi568815593f:140542956_140745095 (Chr5)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-198  (100609-100720)   100% ->
199-385  (100825-101011)   100% ->
386-480  (101145-101239)   100% ->
481-648  (101618-101785)   100% ->
649-759  (102030-102140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTACAAATGTTGCAACCTGGCCCAAAGCTCAACCCTGGGGTCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTACAAATGTTGCAACCTGGCCCAAAGCTCAACCCTGGGGTCGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGTTTGCCTGGTGCCTTCATTACATCATCTGCAG         CCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 GGAGTTTGCCTGGTGCCTTCATTACATCATCTGCAGGTA...CAGCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGCAATCCTCTGCTCATTGGCCATGGGGCTCTGTCTACTCTGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100614 TCAGCAATCCTCTGCTCATTGGCCATGGGGCTCTGTCTACTCTGGGGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTGTTGGACTTGGCTGGGGCTGTCCAGAAAACCGAGGATGCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100664 CTGCTGTTGGACTTGGCTGGGGCTGTCCAGAAAACCGAGGATGCAGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCTG         CTGGCATGCCCCGTGCTTCGATGTCTAAGCAACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100714 GGAGCTGGTA...CAGCTGGCATGCCCCGTGCTTCGATGTCTAAGCAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTAACTGAGGCAGCAGTGGAGACTGTGGGAGGGCAAATGCAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 TGCTAACTGAGGCAGCAGTGGAGACTGTGGGAGGGCAAATGCAGCTCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAGCGTGTTGTGGCAGCCTTATTTATCCTTCTGCAGTTCTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 GATGAGCGTGTTGTGGCAGCCTTATTTATCCTTCTGCAGTTCTTTTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAACAGCCCAGTCTGCTCCCTGAGGGCCTTTGGCTCCTCAACAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 GAAACAGCCCAGTCTGCTCCCTGAGGGCCTTTGGCTCCTCAACAACCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTG         CAAACAGTCCTAGTTTCTGTACCTCCTTGCTCTCCCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 CTGGTA...CAGCAAACAGTCCTAGTTTCTGTACCTCCTTGCTCTCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATCTGATTGAGCCTCTCTTACAGCTGTTGCCAGTATCTAACGTGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101183 GATCTGATTGAGCCTCTCTTACAGCTGTTGCCAGTATCTAACGTGGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTAATG         GTGCTCACAGTTCTGTGCAATGTTGCAGAAAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101233 CGTAATGGTA...CAGGTGCTCACAGTTCTGTGCAATGTTGCAGAAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCCTGCTTACTGCCAGCGGCTGTGGCCAGGGCCCCTGCTTCCCGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 GTCCTGCTTACTGCCAGCGGCTGTGGCCAGGGCCCCTGCTTCCCGCCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGCACACACTAGCCTTTTCTGACACTGAAGTAGTAGGCCAGAGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 CTGCACACACTAGCCTTTTCTGACACTGAAGTAGTAGGCCAGAGTTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGCTGCATCTGCTGTTCCTGTATCAGCCAGAG         GCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101752 GCTGCTGCATCTGCTGTTCCTGTATCAGCCAGAGGTA...TAGGCTGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTCTTCCTGCAGCAGTCAGGGCTGCAAGCCCTGGAAAGGCATCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 AGGTCTTCCTGCAGCAGTCAGGGCTGCAAGCCCTGGAAAGGCATCAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGCCCAGCTCCAGGATCGTGTGTATGCTCTCCAGCAGACAGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 GAGGCCCAGCTCCAGGATCGTGTGTATGCTCTCCAGCAGACAGCTCTTCA

    800 
    756 AGGG
        ||||
 102137 AGGG