seq1 = pF1KB8113.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KB8113/gi568815597r_150866151.tfa (gi568815597r:150866151_151069090), 202940 bp

>pF1KB8113 1140
>gi568815597r:150866151_151069090 (Chr1)

(complement)

1-173  (100001-100173)   100% ->
174-291  (100579-100696)   100% ->
292-410  (100890-101008)   100% ->
411-468  (101214-101271)   100% ->
469-519  (101377-101427)   100% ->
520-612  (101607-101699)   100% ->
613-741  (101889-102017)   100% ->
742-848  (102229-102335)   100% ->
849-1002  (102462-102615)   100% ->
1003-1140  (102803-102940)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCAGACCTTGTATGATTACTTCTGGTGGGAACGTCTGTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCAGACCTTGTATGATTACTTCTGGTGGGAACGTCTGTGGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGAACTTGACCTGGGCCGATCTAGAAGACCGAGATGGACGTGTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGAACTTGACCTGGGCCGATCTAGAAGACCGAGATGGACGTGTCTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAAGCCTCAGATCTCTATATCACGCTGCCCCTGGCCTTGCTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAAGCCTCAGATCTCTATATCACGCTGCCCCTGGCCTTGCTCTTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGTTCGATACTTCTTTGAGCT         GTACGTGGCTACACCACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100151 ATCGTTCGATACTTCTTTGAGCTGTA...CAGGTACGTGGCTACACCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTGCCCTCTTGAACATAAAGGAGAAAACTCGGCTGCGGGCACCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 GGCTGCCCTCTTGAACATAAAGGAGAAAACTCGGCTGCGGGCACCTCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCCACCTTGGAACATTTCTACCTGACCAGTGGCAAGCAGCCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 ACGCCACCTTGGAACATTTCTACCTGACCAGTGGCAAGCAGCCCAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          GTGGAAGTAGAGCTTTTGTCCCGGCAGAGCGGGCTCTCTGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 GTA...CAGGTGGAAGTAGAGCTTTTGTCCCGGCAGAGCGGGCTCTCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGCCAGGTAGAGCGTTGGTTCCGTCGCCGCCGCAACCAGGACCGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100931 CCGCCAGGTAGAGCGTTGGTTCCGTCGCCGCCGCAACCAGGACCGGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCTCCTCAAGAAGTTCCGAGAAGCCAG         CTGGAGATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100981 GTCTCCTCAAGAAGTTCCGAGAAGCCAGGTG...CAGCTGGAGATTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTTACCTGATTGCCTTCATTGCCGGCATGGCCGTCATTGTGGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101227 TTTTACCTGATTGCCTTCATTGCCGGCATGGCCGTCATTGTGGATGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     AAACCCTGGTTCTATGACATGAAGAAAGTTTGGGAGGGATATCCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 .CAGAAACCCTGGTTCTATGACATGAAGAAAGTTTGGGAGGGATATCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACAG         AGCACTATCCCTTCCCAGTATTGGTACTACATGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101423 TACAGGTA...CAGAGCACTATCCCTTCCCAGTATTGGTACTACATGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAACTTTCCTTCTACTGGTCCCTGCTCTTCAGCATTGCCTCTGATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101643 GAACTTTCCTTCTACTGGTCCCTGCTCTTCAGCATTGCCTCTGATGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGAAAG         GATTTCAAGGAACAGATCATCCACCATGTGGCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101693 GCGAAAGGTG...CAGGATTTCAAGGAACAGATCATCCACCATGTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCATCATTCTCATCAGCTTTTCCTGGTTTGCCAATTACATCCGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101923 CCATCATTCTCATCAGCTTTTCCTGGTTTGCCAATTACATCCGAGCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTCTAATCATGGCTCTGCATGACTCTTCCGATTACCTGCTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101973 ACTCTAATCATGGCTCTGCATGACTCTTCCGATTACCTGCTGGAGGTC..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     TCAGCCAAGATGTTTAACTACGCGGGATGGAAGAACACCTGCAACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 .CAGTCAGCCAAGATGTTTAACTACGCGGGATGGAAGAACACCTGCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATCTTCATCGTCTTCGCCATTGTTTTTATCATCACCCGACTGGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102275 ACATCTTCATCGTCTTCGCCATTGTTTTTATCATCACCCGACTGGTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGCCCTTCTG         GATCCTGCATTGCACCCTGGTGTACCCACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102325 CTGCCCTTCTGGTG...CAGGATCCTGCATTGCACCCTGGTGTACCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAGCTCTATCCTGCCTTCTTTGGCTATTACTTCTTCAATTCCATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 GGAGCTCTATCCTGCCTTCTTTGGCTATTACTTCTTCAATTCCATGATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGTTCTACAGCTGCTGCATATCTTCTGGGCCTACCTCATTTTGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102542 GAGTTCTACAGCTGCTGCATATCTTCTGGGCCTACCTCATTTTGCGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCCACAAGTTCATAACTGGAAAG         CTGGTAGAAGATGAACG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102592 GCCCACAAGTTCATAACTGGAAAGGTG...CAGCTGGTAGAAGATGAACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGTGACCGGGAAGAAACAGAGAGCTCAGAGGGGGAGGAGGCTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102820 CAGTGACCGGGAAGAAACAGAGAGCTCAGAGGGGGAGGAGGCTGCAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGGGAGGAGCAAAGAGCCGGCCCCTAGCCAATGGCCACCCCATCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102870 GGGGAGGAGCAAAGAGCCGGCCCCTAGCCAATGGCCACCCCATCCTCAAT

   1200     .    :    .    :
   1120 AACAACCATCGTAAGAATGAC
        |||||||||||||||||||||
 102920 AACAACCATCGTAAGAATGAC