seq1 = pF1KB8107.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KB8107/gi568815596r_86405807.tfa (gi568815596r:86405807_86663348), 257542 bp

>pF1KB8107 666
>gi568815596r:86405807_86663348 (Chr2)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-106  (121037-121097)   100% ->
107-286  (133952-134131)   100% ->
287-408  (152870-152991)   100% ->
409-523  (155756-155870)   100% ->
524-666  (157400-157542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTGTTTGGAAAGACCCAGGAGAAGCCGCCCAAAGAACTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGGGCTGTTTGGAAAGACCCAGGAGAAGCCGCCCAAAGAACTGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTCAATGAGTGGTCATTGAAGATAAGAAAGGAAATGAGAGTTGTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGTCAATGAGTGGTCATTGAAGATAAGAAAGGAAATGAGAGTTGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGGCAAATAAGGG         ATATCCAAAGAGAAGAAGAAAAAGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121083 ACAGGCAAATAAGGGGTA...TAGATATCCAAAGAGAAGAAGAAAAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAACGATCTGTGAAAGATGCTGCCAAGAAGGGCCAGAAGGATGTCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133978 AAACGATCTGTGAAAGATGCTGCCAAGAAGGGCCAGAAGGATGTCTGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTTCTGGCCAAGGAGATGATCAGGTCAAGGAAGGCTGTGAGCAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134028 AGTTCTGGCCAAGGAGATGATCAGGTCAAGGAAGGCTGTGAGCAAGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCATCCAAAGCACACATGAACTCAGTGCTCATGGGGATGAAGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134078 ATGCATCCAAAGCACACATGAACTCAGTGCTCATGGGGATGAAGAACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCG         CGGTCTTGCGAGTGGCTGGTTCCCTGCAGAAGAGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134128 CTCGGTA...CAGCGGTCTTGCGAGTGGCTGGTTCCCTGCAGAAGAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAAGTGATGAAGGCCATGCAAAGTCTTGTGAAGATTCCAGAGATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152907 AGAAGTGATGAAGGCCATGCAAAGTCTTGTGAAGATTCCAGAGATTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCACCATGAGGGAGTTGTCCAAAGAAATGATGAAG         GCTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 152957 CCACCATGAGGGAGTTGTCCAAAGAAATGATGAAGGTG...TAGGCTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCATAGAGGAGATGTTAGAGGACACTTTTGAAAGCATGGACGATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155762 ATCATAGAGGAGATGTTAGAGGACACTTTTGAAAGCATGGACGATCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAATGGAGGAAGAAGCAGAAATGGAAATTGACAGAATTCTCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155812 AGAAATGGAGGAAGAAGCAGAAATGGAAATTGACAGAATTCTCTTTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTACAGCAG         GGGCCTTGGGCAAAGCACCCAGTAAAGTGACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 155862 TTACAGCAGGTA...CAGGGGCCTTGGGCAAAGCACCCAGTAAAGTGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGCCCTTCCAGAGCCAGAACCTCCAGGAGCGATGGCTGCCTCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157432 GATGCCCTTCCAGAGCCAGAACCTCCAGGAGCGATGGCTGCCTCAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGGAGGAGGAGGAAGAGGCTCTGGAGGCCATGCAGTCCCGGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157482 TGAGGAGGAGGAGGAAGAGGCTCTGGAGGCCATGCAGTCCCGGCTGGCCA

    700     .    :
    656 CACTCCGCAGC
        |||||||||||
 157532 CACTCCGCAGC