seq1 = pF1KB8106.tfa, 531 bp
seq2 = pF1KB8106/gi568815586f_54240546.tfa (gi568815586f:54240546_54450520), 209975 bp

>pF1KB8106 531
>gi568815586f:54240546_54450520 (Chr12)

1-18  (84619-84636)   100% ->
19-87  (100002-100070)   100% ->
88-169  (101661-101742)   100% ->
170-261  (102680-102771)   100% ->
262-317  (104915-104970)   100% ->
318-395  (107222-107299)   100% ->
396-447  (107455-107506)   100% ->
448-486  (109075-109113)   100% ->
487-531  (109931-109975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCTGATTTTG         GAACCTTCCCTGTATACTGTCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  84619 ATGGAGGCGCTGATTTTGGTA...CAGGAACCTTCCCTGTATACTGTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCCATCCTGATTCTGGACAATGATGGAGATCGACTTTTTGCCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100025 AGCCATCCTGATTCTGGACAATGATGGAGATCGACTTTTTGCCAAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      TACTATGACGACACCTACCCCAGTGTCAAGGAGCAAAAGGCCTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 ..CAGTACTATGACGACACCTACCCCAGTGTCAAGGAGCAAAAGGCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGAAGAACATTTTCAACAAGACCCATCGGACTGACA         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101706 GAGAAGAACATTTTCAACAAGACCCATCGGACTGACAGTA...CAGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AATTGCCCTCTTGGAAGGCCTGACAGTGGTATACAAAAGCAGTATAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102684 AATTGCCCTCTTGGAAGGCCTGACAGTGGTATACAAAAGCAGTATAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCTATTTCTATGTGATTGGCAGCTCCTATGAAAATGAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102734 TCTATTTCTATGTGATTGGCAGCTCCTATGAAAATGAGGTG...CAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATGCTTATGGCTGTTCTGAACTGTCTCTTCGACTCATTGAGCCAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104918 ATGCTTATGGCTGTTCTGAACTGTCTCTTCGACTCATTGAGCCAGATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAG         GAAAAATGTAGAAAAGCGAGCACTGCTGGAGAACATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104968 GAGGTG...CAGGAAAAATGTAGAAAAGCGAGCACTGCTGGAGAACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGGGGCTGTTCTTGGCTGTGGATGAAATTGTAGATGGAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107260 AGGGGCTGTTCTTGGCTGTGGATGAAATTGTAGATGGAGGGTA...CAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GTGATCCTAGAGAGTGATCCCCAGCAGGTGGTACACCGGGTGGCATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107456 GTGATCCTAGAGAGTGATCCCCAGCAGGTGGTACACCGGGTGGCATTAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 G         GGTGAAGATGTCCCCCTTACGGAGCAGACCGTGTCTCAG 
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107506 GGTA...TAGGGTGAAGATGTCCCCCTTACGGAGCAGACCGTGTCTCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487         GTGCTGCAGTCAGCCAAAGAACAGATCAAGTGGTCACTCCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109115 TA...CAGGTGCTGCAGTCAGCCAAAGAACAGATCAAGTGGTCACTCCTT

    600 
    529 CGG
        |||
 109973 CGG