seq1 = pF1KB8102.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KB8102/gi568815585f_113206484.tfa (gi568815585f:113206484_113422418), 215935 bp

>pF1KB8102 1251
>gi568815585f:113206484_113422418 (Chr13)

1-61  (90952-91012)   100% ->
62-183  (100002-100123)   100% ->
184-403  (103160-103379)   100% ->
404-562  (104226-104384)   99% ->
563-750  (112986-113173)   100% ->
751-876  (113862-113987)   100% ->
877-943  (114921-114987)   100% ->
944-1114  (115074-115244)   100% ->
1115-1251  (115799-115935)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCCCGGCAGCGCCCGGCGACCCCTGCTGCTGCTACTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90952 ATGGCGGCCCCCGGCAGCGCCCGGCGACCCCTGCTGCTGCTACTGCTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTCG         GCCTCATGCATTGTGCGTCAGCAGCAATGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  91002 GCTGCTGCTCGGTG...CAGGCCTCATGCATTGTGCGTCAGCAGCAATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTATGGTGAAAAATGGCAACGGGACCGCGTGCATAATGGCCAACTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100032 TTATGGTGAAAAATGGCAACGGGACCGCGTGCATAATGGCCAACTTCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCCTTCTCAGTGAACTACGACACCAAGAGTGGCCCTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100082 GCTGCCTTCTCAGTGAACTACGACACCAAGAGTGGCCCTAAGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  AACATGACCTTTGACCTGCCATCAGATGCCACAGTGGTGCTCAACCGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103159 GAACATGACCTTTGACCTGCCATCAGATGCCACAGTGGTGCTCAACCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCCTGTGGAAAAGAGAACACTTCTGACCCCAGTCTCGTGATTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103209 GCTCCTGTGGAAAAGAGAACACTTCTGACCCCAGTCTCGTGATTGCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAAGAGGACATACACTCACTCTCAATTTCACGAGAAATGCAACACGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103259 GGAAGAGGACATACACTCACTCTCAATTTCACGAGAAATGCAACACGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCGTCCAGCTCATGAGTTTTGTTTATAACTTGTCAGACACACACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103309 CAGCGTCCAGCTCATGAGTTTTGTTTATAACTTGTCAGACACACACCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCCAATGCGAGCTCCAAAG         AAATCAAGACTGTGGAATCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103359 TCCCCAATGCGAGCTCCAAAGGTA...TAGAAATCAAGACTGTGGAATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAACTGACATCAGGGCAGATATAGATAAAAAATACAGATGTGTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104246 ATAACTGACATCAGGGCAGATATAGATAAAAAATACAGATGTGTTAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACCCAGGTCCACATGAACAACGTGACCGTAACGCTCCATGATGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104296 CACCCAGGTCCACATGAACAACGTGACCGTAACGCTCCATGATGCCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCAGGCGTACCTTTCCAACAGCAGCTTCAGCAGGGGAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>||
 104346 TCCAGGCGTACCTTTCCAACAGCAGCTTCAGCCGGGGAGGTA...CAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACGCTGTGAACAAGACAGGCCTTCCCCAACCACAGCGCCCCCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112988 ACACGCTGTGAACAAGACAGGCCTTCCCCAACCACAGCGCCCCCTGCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCCAGCCCCTCGCCCTCACCCGTGCCCAAGAGCCCCTCTGTGGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113038 ACCCAGCCCCTCGCCCTCACCCGTGCCCAAGAGCCCCTCTGTGGACAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAACGTGAGCGGCACCAACGGGACCTGCCTGCTGGCCAGCATGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113088 ACAACGTGAGCGGCACCAACGGGACCTGCCTGCTGGCCAGCATGGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGCTGAACCTCACCTATGAGAGGAAGGACAACACG         ACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113138 CAGCTGAACCTCACCTATGAGAGGAAGGACAACACGGTA...CAGACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACAAGGCTTCTCAACATCAACCCCAACAAGACCTCGGCCAGCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113867 GACAAGGCTTCTCAACATCAACCCCAACAAGACCTCGGCCAGCGGGAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGGCGCCCACCTGGTGACTCTGGAGCTGCACAGCGAGGGCACCACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113917 GCGGCGCCCACCTGGTGACTCTGGAGCTGCACAGCGAGGGCACCACCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCTCTTCCAGTTCGGGATG         AATGCAAGTTCTAGCCGGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113967 CTGCTCTTCCAGTTCGGGATGGTG...AAGAATGCAAGTTCTAGCCGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTCCTACAAGGAATCCAGTTGAATACAATTCTTCCTGACGCCAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114941 TTTCCTACAAGGAATCCAGTTGAATACAATTCTTCCTGACGCCAGAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944       ACCCTGCCTTTAAAGCTGCCAACGGCTCCCTGCGAGCGCTGCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114991 ...CAGACCCTGCCTTTAAAGCTGCCAACGGCTCCCTGCGAGCGCTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCACAGTCGGCAATTCCTACAAGTGCAACGCGGAGGAGCACGTCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115118 GCCACAGTCGGCAATTCCTACAAGTGCAACGCGGAGGAGCACGTCCGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACGAAGGCGTTTTCAGTCAATATATTCAAAGTGTGGGTCCAGGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115168 CACGAAGGCGTTTTCAGTCAATATATTCAAAGTGTGGGTCCAGGCTTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGTGGAAGGTGGCCAGTTTGGCTCTG         TGGAGGAGTGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115218 AGGTGGAAGGTGGCCAGTTTGGCTCTGGTG...CAGTGGAGGAGTGTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGGACGAGAACAGCATGCTGATCCCCATCGCTGTGGGTGGTGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115813 CTGGACGAGAACAGCATGCTGATCCCCATCGCTGTGGGTGGTGCCCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGGGCTGGTCCTCATCGTCCTCATCGCCTACCTCGTCGGCAGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115863 GGGGCTGGTCCTCATCGTCCTCATCGCCTACCTCGTCGGCAGGAAGAGGA

   1300     .    :    .    :
   1229 GTCACGCAGGCTACCAGACTATC
        |||||||||||||||||||||||
 115913 GTCACGCAGGCTACCAGACTATC