seq1 = pF1KB8030.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KB8030/gi568815583f_43728097.tfa (gi568815583f:43728097_43966389), 238293 bp

>pF1KB8030 1686
>gi568815583f:43728097_43966389 (Chr15)

1-270  (100001-100270)   100% ->
271-360  (106965-107054)   100% ->
361-416  (108065-108120)   100% ->
417-540  (111509-111632)   100% ->
541-642  (114319-114420)   100% ->
643-686  (114532-114575)   100% ->
687-840  (115805-115958)   100% ->
841-999  (122991-123149)   100% ->
1000-1217  (128850-129067)   100% ->
1218-1370  (130575-130727)   100% ->
1371-1424  (133237-133290)   100% ->
1425-1686  (138032-138293)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCCCCAAATCCCTATCAGAAAAGAATTCTAACAATGAAGTGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCCCCAAATCCCTATCAGAAAAGAATTCTAACAATGAAGTGGCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGAAGACTAAAATAAAGAAAACTTGCAGAAGGATTATACCTCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAGAAGACTAAAATAAAGAAAACTTGCAGAAGGATTATACCTCCAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAAAACACATCTTCCAAGGCAGAATCCACGCTGCAAAATTCATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAAAACACATCTTCCAAGGCAGAATCCACGCTGCAAAATTCATCCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGTTCATACTGAAAGTAACAAGCTACAACCCAAGAGAACGGCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGTTCATACTGAAAGTAACAAGCTACAACCCAAGAGAACGGCAGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATGAATCTCAGTGTTGATGTGGAAAGTAGTCAGGATGGAGACAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATGAATCTCAGTGTTGATGTGGAAAGTAGTCAGGATGGAGACAGTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGATACCACACCATCCCTG         GATTTTTCGGGATTGTCACCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 AAGATACCACACCATCCCTGGTA...TAGGATTTTTCGGGATTGTCACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACGAAAGGAAGAGACTGAAGAACATATCAGAAAACGCAGACTTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106986 TACGAAAGGAAGAGACTGAAGAACATATCAGAAAACGCAGACTTTTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTCTTCAGTTGTCTGAG         TCTGCTGCAAGACTCCGTGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107036 TTCTCTTCAGTTGTCTGAGGTT...CAGTCTGCTGCAAGACTCCGTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGATAGAGAAGAGACAGCCTCCTAAATCCAAAAG         AAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108087 TGATAGAGAAGAGACAGCCTCCTAAATCCAAAAGGTA...TAGAAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTAAGAGAGAAAATGGGATTGGATGTAGAAGGTCAATGCGATTACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111516 CCTAAGAGAGAAAATGGGATTGGATGTAGAAGGTCAATGCGATTACTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTTGATCCTTCGGGAGTTTCATTACCAGCAGCTCCAACACCGCCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111566 AGTTGATCCTTCGGGAGTTTCATTACCAGCAGCTCCAACACCGCCGACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGTAGCAGATGAAACT         CCTTTGTTACCTCCTGGGCCTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111616 TAGTAGCAGATGAAACTGTA...CAGCCTTTGTTACCTCCTGGGCCTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAATGACTTCTGAAAATCAAGAAGACAACAATGAACGATTTAAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114343 GAAATGACTTCTGAAAATCAAGAAGACAACAATGAACGATTTAAAGGATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTGCACACATGGGCAGGAATGAGCAAG         CCAAGTAGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114393 TCTGCACACATGGGCAGGAATGAGCAAGGTA...CAGCCAAGTAGTAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACACTGAGAAGGGATTATCTAGCATTAAAAG         CTACAAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114545 ACACTGAGAAGGGATTATCTAGCATTAAAAGGTA...TAGCTACAAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATTTAAATGGCATGGTCATTAGTGAAGATACCGTTTACAAAGTTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115815 AATTTAAATGGCATGGTCATTAGTGAAGATACCGTTTACAAAGTTACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGCCCAATATTCTCTATGGCTCTCCATCCATCAGAAACTAGAACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115865 AGGCCCAATATTCTCTATGGCTCTCCATCCATCAGAAACTAGAACTTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAGCAGTTGGGGCCAAATTTGGGCAAGTTGGACTTTGTGATTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115915 TAGCAGTTGGGGCCAAATTTGGGCAAGTTGGACTTTGTGATTTGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841    ACCCAGCAACCTAAAGAAGATGGAGTTTATGTTTTTCATCCCCATAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122988 CAGACCCAGCAACCTAAAGAAGATGGAGTTTATGTTTTTCATCCCCATAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGCCAGTTAGCTGTCTTTACTTCTCACCCGCCAATCCGGCCCACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123038 TCAGCCAGTTAGCTGTCTTTACTTCTCACCCGCCAATCCGGCCCACATAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTCACTGAGCTATGATGGCACGTTACGCTGTGGGGATTTTTCCAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123088 TGTCACTGAGCTATGATGGCACGTTACGCTGTGGGGATTTTTCCAGGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTTTTGAAGAG         GTGTATAGAAATGAAAGAAGTAGCTTTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123138 ATTTTTGAAGAGGTA...TAGGTGTATAGAAATGAAAGAAGTAGCTTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCCTTCGACTTCTTGGCAGAAGATGCCTCCACTTTAATAGTAGGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128879 CTCCTTCGACTTCTTGGCAGAAGATGCCTCCACTTTAATAGTAGGACACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGGATGGAAATATGTCACTGGTGGATAGACGGACACCTGGAACTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128929 GGGATGGAAATATGTCACTGGTGGATAGACGGACACCTGGAACTTCTTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGAAACTTACCAGTTCTTCTATGGGAAAAATAAGAACTGTTCATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128979 GAGAAACTTACCAGTTCTTCTATGGGAAAAATAAGAACTGTTCATGTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCAGTGCATAGACAGTATTTTATCACTGCCGGATTGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129029 CCCAGTGCATAGACAGTATTTTATCACTGCCGGATTGAGGTA...CAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATACTCATATTTATGATGCAAGGCGATTGAATTCCAGGAGAAGTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130577 ATACTCATATTTATGATGCAAGGCGATTGAATTCCAGGAGAAGTCAGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGATTTCTTTGACTGAACATACAAAGAGCATTGCTTCCGCCTATTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130627 TTGATTTCTTTGACTGAACATACAAAGAGCATTGCTTCCGCCTATTTTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACCTCTTACTGGTAACAGAGTGGTGACCACATGTGCTGATTGTAATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130677 ACCTCTTACTGGTAACAGAGTGGTGACCACATGTGCTGATTGTAATCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 G         AATTTTTGACAGCAGCTGTATATCTTCTAAGATTCCGCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130727 GGTA...CAGAATTTTTGACAGCAGCTGTATATCTTCTAAGATTCCGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTCACCACCATCAG         GCACAACACTTTCACTGGGCGATGGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 133277 CTCACCACCATCAGGTA...TAGGCACAACACTTTCACTGGGCGATGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GACCAGGTTCCAAGCCATGTGGGATCCTAAACAAGAAGACTGTGTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138059 GACCAGGTTCCAAGCCATGTGGGATCCTAAACAAGAAGACTGTGTCATAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTGGCAGCATGGCCCATCCACGACGGGTAGAAATCTTCCATGAGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138109 TTGGCAGCATGGCCCATCCACGACGGGTAGAAATCTTCCATGAGACAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGAGGGTGCATTCGTTTGGTGGAGAATACCTTGTCTCTGTGTGTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138159 AAGAGGGTGCATTCGTTTGGTGGAGAATACCTTGTCTCTGTGTGTTCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAATGCCATGCACCCAACTCGGTATATTTTGGCTGGAGGTAATTCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138209 CAATGCCATGCACCCAACTCGGTATATTTTGGCTGGAGGTAATTCCAGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1652 GGAAGATACATGTTTTTATGAATGAAAAAAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138259 GGAAGATACATGTTTTTATGAATGAAAAAAGCTGC