seq1 = pF1KB8020.tfa, 2070 bp
seq2 = pF1KB8020/gi568815585r_27448338.tfa (gi568815585r:27448338_27681703), 233366 bp

>pF1KB8020 2070
>gi568815585r:27448338_27681703 (Chr13)

(complement)

1-407  (100001-100407)   100% ->
408-655  (112428-112675)   99% ->
656-855  (113865-114064)   100% ->
856-1224  (118923-119291)   100% ->
1225-1368  (121719-121862)   100% ->
1369-1546  (125291-125468)   100% ->
1547-1778  (128265-128496)   100% ->
1779-1937  (131213-131371)   100% ->
1938-2070  (133234-133366)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAACAACAAGTGATGAGATGGTGTCTGTGGAACAGACCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAACAACAAGTGATGAGATGGTGTCTGTGGAACAGACCTCCTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTCTAAACCCCCTGTGTTTTGAATGTGGCCAACAGCACTGGACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTCTAAACCCCCTGTGTTTTGAATGTGGCCAACAGCACTGGACAAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAACCATTTGTACAATTACCAGAATGAAGTGGATGATGACCTAGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAACCATTTGTACAATTACCAGAATGAAGTGGATGATGACCTAGTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATATTTGCCTTCAACCTCTGCTGCAGCCACTAGACACACCCTGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATATTTGCCTTCAACCTCTGCTGCAGCCACTAGACACACCCTGTGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACATTCTGCTACAAGTGCCTCAGAAACTTTTTACAAGAGAAAGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACATTCTGCTACAAGTGCCTCAGAAACTTTTTACAAGAGAAAGATTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCCGTTGGACCGGAAAAGACTTCATTTTAAGTTGTGCAAGAAGTCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCCGTTGGACCGGAAAAGACTTCATTTTAAGTTGTGCAAGAAGTCTAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTCTAGTTCATAAACTCCTAGACAAATTATTAGTTTTATGTCCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTCTAGTTCATAAACTCCTAGACAAATTATTAGTTTTATGTCCATTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCAGTGTGCAAAGATGTAATGCAACGTTGTGATCTGGAGGCACATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCAGTGTGCAAAGATGTAATGCAACGTTGTGATCTGGAGGCACATCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAAACAG         ATGTCCTGGAGCTTCTCATCGGAGAGTTGCCCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAAACAGGTA...TAGATGTCCTGGAGCTTCTCATCGGAGAGTTGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGAGAAGGAAAACTAGTAGAACTCAAGCAGAGATTGAGAATGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112462 GAGAGAAGGAAAACTAGTAGAACTCAAGCAGAGATTGAGAATGAAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCACTCTACTAGATCCTGCAGGTACCTTATCTCCAGAAGCAGACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112512 GCCCACTCTACTAGATCCTGCAGGTACCTTATCTCCAGAAGCAGACTGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGGGACAGGCGCAGTGCCTGTGGAGCGGCACTTGACATCAGCGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112562 TGGGGACAGGCGCAGTGCCTGTGGAGCGGCACTTGACATCAGCGTCTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCACATGGAGTGAGGAGCCTGGCCTTGACAACCCTGCCTTTGAGGAGAG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112612 TCCACATGGAGTGAGGAGCCTGGCCTTGACAACCCTGCCTTTGAGGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGCTGGAGCTGACA         CCACACAACAGCCACTTAGTTTACCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112662 CGCTGGAGCTGACAGTA...CAGCCACACAACAGCCACTTAGTTTACCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGGAGAAATCACCACGATTGAAATTCATCGGTCCAATCCTTACATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113892 AAGGAGAAATCACCACGATTGAAATTCATCGGTCCAATCCTTACATTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTAGGAATCAGCATTGTGGGTGGCAACGAAACACCTTTGATTAACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113942 TTAGGAATCAGCATTGTGGGTGGCAACGAAACACCTTTGATTAACATTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CATCCAGGAGGTCTATCGGGATGGGGTCATTGCCAGAGACGGGAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113992 CATCCAGGAGGTCTATCGGGATGGGGTCATTGCCAGAGACGGGAGACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTGCTGGAGACCAGATTCTTCAG         GTCAACAACTACAATATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114042 TTGCTGGAGACCAGATTCTTCAGGTA...TAGGTCAACAACTACAATATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AGCAATGTGTCCCATAACTATGCCCGAGCTGTCCTTTCCCAGCCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118941 AGCAATGTGTCCCATAACTATGCCCGAGCTGTCCTTTCCCAGCCCTGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CACACTGCATCTTACTGTGCTTCGAGAGAGGCGCTTTGGCAACCGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118991 CACACTGCATCTTACTGTGCTTCGAGAGAGGCGCTTTGGCAACCGAGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACAACCATTCTGATAGTAACTCTCCACGAGAAGAGATTTTCCAAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119041 ACAACCATTCTGATAGTAACTCTCCACGAGAAGAGATTTTCCAAGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTTCATAAACGGGACTCTGGTGAACAGCTTGGCATTAAATTGGTGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119091 CTTCATAAACGGGACTCTGGTGAACAGCTTGGCATTAAATTGGTGCGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GACAGATGAGCCAGGGGTTTTTATTCTTGACCTGTTGGAAGGGGGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119141 GACAGATGAGCCAGGGGTTTTTATTCTTGACCTGTTGGAAGGGGGGTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTGCCCAGGACGGCAGGCTAAGCAGCAATGACCGAGTGCTGGCCATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119191 CTGCCCAGGACGGCAGGCTAAGCAGCAATGACCGAGTGCTGGCCATCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GGGCACGACCTGAAGTATGGAACTCCGGAGCTTGCTGCCCAGATTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119241 GGGCACGACCTGAAGTATGGAACTCCGGAGCTTGCTGCCCAGATTATTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 G         GCCAGTGGAGAGAGAGTGAATTTAACAATTGCTAGACCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119291 GGTA...CAGGCCAGTGGAGAGAGAGTGAATTTAACAATTGCTAGACCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GGAAACCCCAGCCTGGTAACACCATTAGAGAAGCAGGAAATCATAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121759 GGAAACCCCAGCCTGGTAACACCATTAGAGAAGCAGGAAATCATAGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AGCAGCCAGCACCACACACCACCACCGTATTATAGCAGACCAAGCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121809 AGCAGCCAGCACCACACACCACCACCGTATTATAGCAGACCAAGCTCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TAAG         GATCTTACTCAGTGTGTTACATGCCAAGAAAAACACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121859 TAAGGTG...TAGGATCTTACTCAGTGTGTTACATGCCAAGAAAAACACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTACTGTAAAGAAGGAACCACATGAATCCCTTGGCATGACCGTTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125328 TTACTGTAAAGAAGGAACCACATGAATCCCTTGGCATGACCGTTGCTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GGCAGGGGAAGTAAGAGTGGTGAGCTGCCCATCTTTGTGACCAGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125378 GGCAGGGGAAGTAAGAGTGGTGAGCTGCCCATCTTTGTGACCAGTGTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ACCCCATGGCTGCCTTGCACGAGATGGCAGAATAAAGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125428 ACCCCATGGCTGCCTTGCACGAGATGGCAGAATAAAGAGAGGTA...CAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GTGATGTGTTGCTAAATATCAACGGCATTGATTTGACCAATTTAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128265 GTGATGTGTTGCTAAATATCAACGGCATTGATTTGACCAATTTAAGTCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AGTGAGGCAGTTGCAATGCTGAAAGCCAGTGCCGCGTCCCCTGCTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128315 AGTGAGGCAGTTGCAATGCTGAAAGCCAGTGCCGCGTCCCCTGCTGTTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CCTTAAAGCACTTGAGGTCCAGATTGTTGAGGAGGCGACTCAGAACGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128365 CCTTAAAGCACTTGAGGTCCAGATTGTTGAGGAGGCGACTCAGAACGCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AGGAGCAGCCGAGTACTTTCAGCGAAAATGAGTATGATGCCAGTTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128415 AGGAGCAGCCGAGTACTTTCAGCGAAAATGAGTATGATGCCAGTTGGTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CCATCATGGGTCATGTGGCTTGGGCTTCCCAG         CACACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128465 CCATCATGGGTCATGTGGCTTGGGCTTCCCAGGTA...TAGCACACTTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TAGCTGCCACGATATAGTTTTACGAAGAAGTTACTTGGGAAGTTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131222 TAGCTGCCACGATATAGTTTTACGAAGAAGTTACTTGGGAAGTTGGGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TTAGTATCGTTGGTGGATATGAAGAGAACCACACCAATCAGCCTTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131272 TTAGTATCGTTGGTGGATATGAAGAGAACCACACCAATCAGCCTTTTTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 ATTAAAACTATTGTCTTGGGAACTCCTGCTTATTATGATGGAAGATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131322 ATTAAAACTATTGTCTTGGGAACTCCTGCTTATTATGATGGAAGATTAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938          GTGTGGTGACATGATTGTGGCCGTAAATGGGCTGTCAACCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131372 GTG...CAGGTGTGGTGACATGATTGTGGCCGTAAATGGGCTGTCAACCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 TGGGCATGAGCCACTCTGCACTAGTTCCCATGTTGAAGGAGCAGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133275 TGGGCATGAGCCACTCTGCACTAGTTCCCATGTTGAAGGAGCAGAGGAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 AAAGTCACTCTGACCGTTATTTGTTGGCCTGGCAGCCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133325 AAAGTCACTCTGACCGTTATTTGTTGGCCTGGCAGCCTTGTA