seq1 = pF1KB8005.tfa, 2244 bp
seq2 = pF1KB8005/gi568815581r_64445851.tfa (gi568815581r:64445851_64761880), 316030 bp

>pF1KB8005 2244
>gi568815581r:64445851_64761880 (Chr17)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ==
92-200  (163391-163499)   100% ->
201-334  (168308-168441)   100% ->
335-400  (170732-170797)   98% ->
401-485  (175711-175795)   100% ->
486-569  (178337-178420)   100% ->
570-772  (180890-181092)   100% ->
773-857  (183305-183389)   100% ->
858-1016  (189925-190083)   100% ->
1017-1212  (198915-199110)   100% ->
1213-1316  (200278-200381)   100% ->
1317-1431  (204159-204273)   100% ->
1432-1610  (205883-206061)   100% ->
1611-1748  (206888-207025)   100% ->
1749-1869  (210177-210297)   100% ->
1870-2071  (214080-214281)   100% ->
2072-2147  (215543-215618)   100% ->
2148-2244  (215934-216030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTAACCCCGGAGGCCGGAGGAACGGGCCCGTCAAGCTGCGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTAACCCCGGAGGCCGGAGGAACGGGCCCGTCAAGCTGCGCCTGAC

     50 
     51 AG
        ||
 100051 AG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACTTCCTGATCCATTTGCTAAGGTGGTGGTTGATGGATCTGGGCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163391 GACTTCCTGATCCATTTGCTAAGGTGGTGGTTGATGGATCTGGGCAATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTCTACAGATACTGTGAAGAATACGCTTGATCCAAAGTGGAATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163441 CATTCTACAGATACTGTGAAGAATACGCTTGATCCAAAGTGGAATCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATGACCT         GTATATTGGAAAGTCTGATTCAGTTACGATCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 163491 TTATGACCTGTA...TAGGTATATTGGAAAGTCTGATTCAGTTACGATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTATGGAATCACAAGAAGATCCATAAGAAACAAGGTGCTGGATTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168340 GTGTATGGAATCACAAGAAGATCCATAAGAAACAAGGTGCTGGATTTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTTGTGTTCGTCTTCTTTCCAATGCCATCAACCGCCTCAAAGACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168390 GGTTGTGTTCGTCTTCTTTCCAATGCCATCAACCGCCTCAAAGACACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TT         ATCAGAGGTTGGATTTATGCAAACTTGGGCCAAATGACA
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 168440 TTGTG...TAGATCAGAGGTTGGATTTATGCAAACTCGGGCCAAATGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGATACAGTTAGAGGACAGATAGTAG         TAAGTCTTCAGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 170771 ATGATACAGTTAGAGGACAGATAGTAGGTA...TAGTAAGTCTTCAGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAGACCGAATAGGCACAGGAGGACAAGTTGTGGACTGCAGTCGTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175725 AGAGACCGAATAGGCACAGGAGGACAAGTTGTGGACTGCAGTCGTTTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATAACGATTTACCAGACGG         CTGGGAAGAAAGGAGAACCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 175775 TGATAACGATTTACCAGACGGGTA...AAGCTGGGAAGAAAGGAGAACCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTCTGGAAGAATCCAGTATCTAAACCATATAACAAGAACTACGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178357 CCTCTGGAAGAATCCAGTATCTAAACCATATAACAAGAACTACGCAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGCGCCCAACACG         ACCGGCATCCGAATATTCTAGCCCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 178407 GAGCGCCCAACACGGTA...TAGACCGGCATCCGAATATTCTAGCCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAGACCTCTTAGCTGCTTTGTTGATGAGAACACTCCAATTAGTGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180917 CAGACCTCTTAGCTGCTTTGTTGATGAGAACACTCCAATTAGTGGAACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGTGCAACATGTGGACAGTCTTCAGATCCCAGGCTGGCAGAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180967 ATGGTGCAACATGTGGACAGTCTTCAGATCCCAGGCTGGCAGAGAGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCAGGTCACAACGACATAGAAATTACATGAGCAGAACACATTTACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181017 GTCAGGTCACAACGACATAGAAATTACATGAGCAGAACACATTTACATAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCTCCAGACCTACCAGAAGGCTATG         AACAGAGGACAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 181067 TCCTCCAGACCTACCAGAAGGCTATGGTA...CAGAACAGAGGACAACGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AACAAGGCCAGGTGTATTTCTTACATACACAGACTGGTGTGAGCACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183320 AACAAGGCCAGGTGTATTTCTTACATACACAGACTGGTGTGAGCACATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CATGATCCAAGAGTGCCCAG         GGATCTTAGCAACATCAATTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 183370 CATGATCCAAGAGTGCCCAGGTA...CAGGGATCTTAGCAACATCAATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAAGAGCTTGGTCCATTGCCTCCTGGATGGGAGATCCGTAATACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189946 TGAAGAGCTTGGTCCATTGCCTCCTGGATGGGAGATCCGTAATACGGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGGCAGAGTTTATTTCGTTGACCATAACAACAGAACAACACAATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189996 CAGGCAGAGTTTATTTCGTTGACCATAACAACAGAACAACACAATTTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATCCTCGGCTGTCTGCTAACTTGCATTTAGTTTTAAA         TCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 190046 GATCCTCGGCTGTCTGCTAACTTGCATTTAGTTTTAAAGTA...TAGTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCAGAACCAATTGAAAGACCAACAGCAACAGCAAGTGGTATCGTTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198918 GCAGAACCAATTGAAAGACCAACAGCAACAGCAAGTGGTATCGTTATGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGATGACACAGAATGCCTGACAGTCCCAAGGTACAAGCGAGACCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198968 CTGATGACACAGAATGCCTGACAGTCCCAAGGTACAAGCGAGACCTGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGAAACTAAAAATTTTGCGGCAAGAACTTTCCCAACAACAGCCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199018 CAGAAACTAAAAATTTTGCGGCAAGAACTTTCCCAACAACAGCCTCAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGTCATTGCCGCATTGAGGTTTCCAGGGAAGAGATTTTTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 199068 AGGTCATTGCCGCATTGAGGTTTCCAGGGAAGAGATTTTTGAGGTA...C

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1213   GAATCATATCGACAGGTCATGAAAATGAGACCAAAAGATCTCTGGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200276 AGGAATCATATCGACAGGTCATGAAAATGAGACCAAAAGATCTCTGGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGATTAATGATAAAATTTCGTGGAGAAGAAGGCCTTGACTATGGAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200326 CGATTAATGATAAAATTTCGTGGAGAAGAAGGCCTTGACTATGGAGGCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCAG         GGAATGGTTGTATCTCTTGTCACATGAAATGTTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200376 TGCCAGGTA...TAGGGAATGGTTGTATCTCTTGTCACATGAAATGTTGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATCCATACTATGGCCTCTTCCAGTATTCAAGAGATGATATTTATACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204194 ATCCATACTATGGCCTCTTCCAGTATTCAAGAGATGATATTTATACATTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGATCAATCCTGATTCTGCAGTTAATCCG         GAACATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 204244 CAGATCAATCCTGATTCTGCAGTTAATCCGGTA...CAGGAACATTTATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTATTTCCACTTTGTTGGACGAATAATGGGAATGGCTGTGTTTCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205894 CTATTTCCACTTTGTTGGACGAATAATGGGAATGGCTGTGTTTCATGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATTATATTGATGGTGGTTTCACATTGCCTTTTTATAAGCAATTGCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205944 ATTATATTGATGGTGGTTTCACATTGCCTTTTTATAAGCAATTGCTTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGTCAATTACCTTGGATGACATGGAGTTAGTAGATCCGGATCTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205994 AAGTCAATTACCTTGGATGACATGGAGTTAGTAGATCCGGATCTTCACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAGTTTAGTGTGGATACT         TGAGAATGATATTACAGGTGTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 206044 CAGTTTAGTGTGGATACTGTA...CAGTGAGAATGATATTACAGGTGTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGACCATACCTTCTGTGTTGAACATAATGCATATGGTGAAATTATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206911 TGGACCATACCTTCTGTGTTGAACATAATGCATATGGTGAAATTATTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CATGAACTTAAACCAAATGGCAAAAGTATCCCTGTTAATGAAGAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206961 CATGAACTTAAACCAAATGGCAAAAGTATCCCTGTTAATGAAGAAAATAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AAAAGAATATGTCAG         GCTCTATGTGAACTGGAGATTTTTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 207011 AAAAGAATATGTCAGGTA...CAGGCTCTATGTGAACTGGAGATTTTTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GAGGCATTGAGGCTCAATTCTTGGCTCTGCAGAAAGGATTTAATGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210203 GAGGCATTGAGGCTCAATTCTTGGCTCTGCAGAAAGGATTTAATGAAGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ATTCCACAACATCTGCTGAAGACATTTGATGAGAAGGAGTTAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 210253 ATTCCACAACATCTGCTGAAGACATTTGATGAGAAGGAGTTAGAGGTT..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870     CTCATTATTTGTGGACTTGGAAAGATAGATGTTAATGACTGGAAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210303 .CAGCTCATTATTTGTGGACTTGGAAAGATAGATGTTAATGACTGGAAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TAAACACCCGGTTAAAACACTGTACACCAGACAGCAACATTGTCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214126 TAAACACCCGGTTAAAACACTGTACACCAGACAGCAACATTGTCAAATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TTCTGGAAAGCTGTGGAGTTTTTTGATGAAGAGCGACGAGCAAGATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214176 TTCTGGAAAGCTGTGGAGTTTTTTGATGAAGAGCGACGAGCAAGATTGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCAGTTTGTGACAGGATCCTCTCGAGTGCCTCTGCAGGGCTTCAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214226 TCAGTTTGTGACAGGATCCTCTCGAGTGCCTCTGCAGGGCTTCAAAGCAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TGCAAG         GTGCTGCAGGCCCGAGACTCTTTACCATACACCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214276 TGCAAGGTA...CAGGTGCTGCAGGCCCGAGACTCTTTACCATACACCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 ATTGATGCCTGCACTAACAACCTGCCGAAAGCCCACACTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 215578 ATTGATGCCTGCACTAACAACCTGCCGAAAGCCCACACTTGGTA...CAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTTCAATCGAATAGACATTCCACCCTATGAAAGCTATGAAAAGCTATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215934 CTTCAATCGAATAGACATTCCACCCTATGAAAGCTATGAAAAGCTATATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2198 AAAAGCTGCTAACAGCCATTGAAGAAACATGTGGATTTGCTGTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215984 AAAAGCTGCTAACAGCCATTGAAGAAACATGTGGATTTGCTGTGGAA