seq1 = pF1KB8004.tfa, 2112 bp
seq2 = pF1KB8004/gi568815578f_45839000.tfa (gi568815578f:45839000_46047752), 208753 bp

>pF1KB8004 2112
>gi568815578f:45839000_46047752 (Chr20)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-249  (100216-100340)   100% ->
250-387  (101476-101613)   100% ->
388-518  (101810-101940)   100% ->
519-673  (102054-102208)   100% ->
674-821  (104098-104245)   100% ->
822-905  (104341-104424)   100% ->
906-1005  (104667-104766)   100% ->
1006-1168  (105869-106031)   99% ->
1169-1341  (106712-106884)   100% ->
1342-1428  (107030-107116)   100% ->
1429-1613  (107201-107385)   100% ->
1614-1707  (108074-108167)   100% ->
1708-1883  (108264-108439)   100% ->
1884-2112  (108525-108753)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAATGAGAATCACGGCAGCCCCCGGGAGGAAGCGTCCCTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAATGAGAATCACGGCAGCCCCCGGGAGGAAGCGTCCCTGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACTCCCCAGGTACCTCCAATCAGAGCCAGCCCTGTTCTCCAAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACTCCCCAGGTACCTCCAATCAGAGCCAGCCCTGTTCTCCAAAGCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCGCCTGGTTCAGGACCTCCCAG         AGGAGCTGGTGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 TCCGCCTGGTTCAGGACCTCCCAGGTA...CAGAGGAGCTGGTGCATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTGGGAGAAGTGCTGGAGCCGGAGGGAGAATCGTCCCTACTACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100233 GGCTGGGAGAAGTGCTGGAGCCGGAGGGAGAATCGTCCCTACTACTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGATTCACCAACCAGTCCCTGTGGGAGATGCCCGTGCTGGGGCAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100283 CCGATTCACCAACCAGTCCCTGTGGGAGATGCCCGTGCTGGGGCAGCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGATT         TCGGACCCTTTGGGGCTGAATGCGACCCCACTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100333 ATGTGATTGTG...CAGTCGGACCCTTTGGGGCTGAATGCGACCCCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCCAAGACTCAAGCTTGGTGGAAACTCCCCCGGCTGAGAACAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 CCCCAAGACTCAAGCTTGGTGGAAACTCCCCCGGCTGAGAACAAGCCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGCGGCAGCTCTCGGAAGAGCAGCCAAGCGGCAATGGTGTGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 AAAGCGGCAGCTCTCGGAAGAGCAGCCAAGCGGCAATGGTGTGAAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAG         ATTGAAATCCCAGTGACACCCACAGGCCAGTCGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 CCAAGGTG...CAGATTGAAATCCCAGTGACACCCACAGGCCAGTCGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAGCTCCCCCAGTATCCCAGGAACCCCAACGCTGAAGATGTGGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 CCCAGCTCCCCCAGTATCCCAGGAACCCCAACGCTGAAGATGTGGGGTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCCCCTGAAGATAAACAGCAGGCAGCTCTCCTACGACCCACTGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101896 GTCCCCTGAAGATAAACAGCAGGCAGCTCTCCTACGACCCACTGAGTG..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519     GGTCTACTGGGACCTGGACATCCAGACCAATGCTGTCATCAAGCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101946 .AAGGGTCTACTGGGACCTGGACATCCAGACCAATGCTGTCATCAAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGGGGCCTTCAGAGGTGCTGCCCCCGCATCCCGAAGTGGAACTGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102100 CGGGGGCCTTCAGAGGTGCTGCCCCCGCATCCCGAAGTGGAACTGCTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCTCAGCTCATCCTGAAGCTTCGGCAGCACTATCGGGAGCTGTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102150 CTCTCAGCTCATCCTGAAGCTTCGGCAGCACTATCGGGAGCTGTGCCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCGAGAGG         GCATTGAGCCTCCACGGGAGTCTTTCAACCGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102200 AGCGAGAGGGTA...CAGGCATTGAGCCTCCACGGGAGTCTTTCAACCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGATGCTGGAGCGCAAGGTGGTAGACAAAGGATCTGACCCCCTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 TGGATGCTGGAGCGCAAGGTGGTAGACAAAGGATCTGACCCCCTGTTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCAACTGTGAACCAGTCGTGTCACCTTCCATGTTTCGTGAAATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 CAGCAACTGTGAACCAGTCGTGTCACCTTCCATGTTTCGTGAAATCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACGACATTCCTATCAG         GTTATCCCGAATCAAGTTCCGGGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104230 ACGACATTCCTATCAGGTA...CAGGTTATCCCGAATCAAGTTCCGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGCCAAGCGCCTGCTCTTTAAATATGCGGAGGCCGCCAGGCGGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104366 GAAGCCAAGCGCCTGCTCTTTAAATATGCGGAGGCCGCCAGGCGGCTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGTCCAG         GAGTGCATCCCCTGACAGTAGGAAGGTGGTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104416 CGAGTCCAGGTT...CAGGAGTGCATCCCCTGACAGTAGGAAGGTGGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATGGAATGTGGAAGACACCTTTAGCTGGCTTCGGAAGGACCACTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104699 AATGGAATGTGGAAGACACCTTTAGCTGGCTTCGGAAGGACCACTCAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCCAAGGAGGACTACATG         GATCGCCTGGAGCATCTGCGGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104749 TCCAAGGAGGACTACATGGTG...TAGGATCGCCTGGAGCATCTGCGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACAGTGTGGCCCCCACGTCTCGGCCGCAGCCAAGGACTCCGTGGAAGGCA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 GCAGTGTGGCCCCCACGTCTCGGCCGCAGCCAAGGACTCCGTGGAAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTGCAGTAAGATCTACCACATCTCCCTGGAGTACGTCAAACGGATCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 TCTGCAGTAAGATCTACCACATCTCCCTGGAGTACGTCAAACGGATCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGAAGCACCTTGCCATCCTCAAGGAAAACAACATCTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105992 GAGAAGCACCTTGCCATCCTCAAGGAAAACAACATCTCAGGTA...CAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAGGTGGAGGCCCCTGAGGTGGAGCCCCGCCTAGTGTACTGCTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106713 GGAGGTGGAGGCCCCTGAGGTGGAGCCCCGCCTAGTGTACTGCTACCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCGGCTGGCTGTGTCTGCACCGCCCATGCCCAGCGTGGAGATGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106763 TCCGGCTGGCTGTGTCTGCACCGCCCATGCCCAGCGTGGAGATGCACATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGAACAACGTGGTCTGCATCCGGTATAAGGGAGAGATGGTCAAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106813 GAGAACAACGTGGTCTGCATCCGGTATAAGGGAGAGATGGTCAAGGTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCGCAACTACTTCAGCAAGCTG         TGGCTCCTTTACCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106863 CCGCAACTACTTCAGCAAGCTGGTA...CAGTGGCTCCTTTACCGCTACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCTGCATTGATGACTCTGCCTTTGAGAGGTTCCTGCCCCGGGTCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107049 GCTGCATTGATGACTCTGCCTTTGAGAGGTTCCTGCCCCGGGTCTGGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTTCTCCGACGGTACCAG         ATGATGTTCGGCGTGGGCCTCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107099 CTTCTCCGACGGTACCAGGTA...CAGATGATGTTCGGCGTGGGCCTCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGAGGGGACTGGCCTGCAGGGATCGCTGCCTGTGCATGTCTTTGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107224 CGAGGGGACTGGCCTGCAGGGATCGCTGCCTGTGCATGTCTTTGAGGCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCACCGACTCTTTGGCGTCAGCTTCGAGTGCTTCGCCTCACCCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107274 TCCACCGACTCTTTGGCGTCAGCTTCGAGTGCTTCGCCTCACCCCTCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGCTACTTCCGCCAGTACTGTTCTGCCTTCCCCGACACAGACGGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107324 TGCTACTTCCGCCAGTACTGTTCTGCCTTCCCCGACACAGACGGCTACTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGGCTCCCGCGG         GCCCTGCCTAGACTTTGCTCCACTGAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107374 TGGCTCCCGCGGGTG...CAGGCCCTGCCTAGACTTTGCTCCACTGAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GTTCATTTGAGGCCAACCCTCCCTTCTGCGAGGAGCTCATGGATGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108103 GTTCATTTGAGGCCAACCCTCCCTTCTGCGAGGAGCTCATGGATGCCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTCTCTCACTTTGAG         AGACTGCTTGAGAGCTCACCGGAGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108153 GTCTCTCACTTTGAGGTG...CAGAGACTGCTTGAGAGCTCACCGGAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTGTCCTTCATCGTGTTCATCCCTGAGTGGCGGGAACCCCCAACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108290 CCTGTCCTTCATCGTGTTCATCCCTGAGTGGCGGGAACCCCCAACACCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CGCTCACCCGCATGGAGCAGAGCCGCTTCAAACGCCACCAGTTGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108340 CGCTCACCCGCATGGAGCAGAGCCGCTTCAAACGCCACCAGTTGATCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCTGCCTTTGAGCATGAGTACCGCAGTGGCTCCCAGCACATCTGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108390 CCTGCCTTTGAGCATGAGTACCGCAGTGGCTCCCAGCACATCTGCAAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884          GGAGGAAATGCACTACAAGGCCGTCCACAACACGGCTGTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108440 GTG...CAGGGAGGAAATGCACTACAAGGCCGTCCACAACACGGCTGTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TCTTCCTACAGAACGACCCTGGCTTTGCCAAGTGGGCGCCGACGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108566 TCTTCCTACAGAACGACCCTGGCTTTGCCAAGTGGGCGCCGACGCCTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CGGCTGCAGGAGCTGAGTGCTGCCTACCGGCAGTCAGGCCGCAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108616 CGGCTGCAGGAGCTGAGTGCTGCCTACCGGCAGTCAGGCCGCAGCCACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CTCTGGTTCTTCCTCATCGTCCTCCTCGGAGGCCAAGGACCGGGACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108666 CTCTGGTTCTTCCTCATCGTCCTCCTCGGAGGCCAAGGACCGGGACTCGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2075 GCCGTGAGCAGGGTCCTAGCCGCGAGCCTCACCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108716 GCCGTGAGCAGGGTCCTAGCCGCGAGCCTCACCCCACT