seq1 = pF1KB8001.tfa, 795 bp
seq2 = pF1KB8001/gi568815575f_48798510.tfa (gi568815575f:48798510_49003081), 204572 bp

>pF1KB8001 795
>gi568815575f:48798510_49003081 (ChrX)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-179  (102681-102792)   100% ->
180-292  (103421-103533)   100% ->
293-577  (103724-104008)   100% ->
578-641  (104223-104286)   100% ->
642-795  (104419-104572)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTGCCCGTTGCGCTGCAGACCCGCTTGGCCAAGAGAGGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTGCCCGTTGCGCTGCAGACCCGCTTGGCCAAGAGAGGCATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAACATCTGGAGCCTG         AACCAGAGGAAGAGATCATTGCCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAACATCTGGAGCCTGGTG...CAGAACCAGAGGAAGAGATCATTGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACTATGACGATGATCCTGTGGACTACGAGGCCACCAGGTTGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 AGGACTATGACGATGATCCTGTGGACTACGAGGCCACCAGGTTGGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTACCACCAAGCTGGTACAAGGTGTTCGACCCTTCCTG         CGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102755 CTACCACCAAGCTGGTACAAGGTGTTCGACCCTTCCTGGTG...CAGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCCCTTACTACTGGAATGCAGACACAGACCTTGTATCCTGGCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103424 GCTCCCTTACTACTGGAATGCAGACACAGACCTTGTATCCTGGCTCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACATGACCCCAACTCCGTGGTTACCAAATCGGCCAAGAAGCTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103474 CACATGACCCCAACTCCGTGGTTACCAAATCGGCCAAGAAGCTCAGAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTAATGCAG         ATGCTGAAGAAAAGTTGGACCGGAGCCATGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103524 AGTAATGCAGGTG...CAGATGCTGAAGAAAAGTTGGACCGGAGCCATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGTCGGACAGGGGCCATGACAAGTCGGACCGCAGCCATGAGAAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103755 CAAGTCGGACAGGGGCCATGACAAGTCGGACCGCAGCCATGAGAAACTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGGGGCCACGACAAGTCAGACCGGGGCCACGACAAGTCTGACAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103805 ACAGGGGCCACGACAAGTCAGACCGGGGCCACGACAAGTCTGACAGGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGAGAGCGTGGCTATGACAAGGTAGACAGAGAGAGAGAGCGAGACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103855 CGAGAGCGTGGCTATGACAAGGTAGACAGAGAGAGAGAGCGAGACAGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACGGGATCGGGACCGCGGGTATGACAAGGCAGACCGGGAAGAGGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103905 ACGGGATCGGGACCGCGGGTATGACAAGGCAGACCGGGAAGAGGGCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACGGCGCCACCATCGCCGGGAGGAGCTGGCTCCCTATCCCAAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103955 AACGGCGCCACCATCGCCGGGAGGAGCTGGCTCCCTATCCCAAGAGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGG         CAGTAAGCCGAAAGGATGAAGAGTTAGACCCCATGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104005 AAGGGTA...CAGCAGTAAGCCGAAAGGATGAAGAGTTAGACCCCATGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCTAGCTCATACTCAGACGCCCCCCG         GGGCACGTGGTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104260 CCCTAGCTCATACTCAGACGCCCCCCGGTA...CAGGGGCACGTGGTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGGACTCCCCAAGCGGAATGAGGCCAAGACTGGCGCTGACACCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104433 CAGGACTCCCCAAGCGGAATGAGGCCAAGACTGGCGCTGACACCACAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGGGCCCCTCTTCCAGCAGCGGCCGTATCCATCCCCAGGGGCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104483 GCTGGGCCCCTCTTCCAGCAGCGGCCGTATCCATCCCCAGGGGCTGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGGGCCAATGCAGAGGCCTCCCGAACCAAGCAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 CCGGGCCAATGCAGAGGCCTCCCGAACCAAGCAGCAGGAT