seq1 = pF1KB7995.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KB7995/gi568815597r_222458663.tfa (gi568815597r:222458663_222688563), 229901 bp

>pF1KB7995 1350
>gi568815597r:222458663_222688563 (Chr1)

(complement)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-291  (104267-104436)   100% ->
292-405  (108692-108805)   100% ->
406-604  (110921-111119)   100% ->
605-735  (117899-118029)   100% ->
736-894  (118896-119054)   100% ->
895-961  (124439-124505)   100% ->
962-1085  (125268-125391)   100% ->
1086-1240  (127046-127200)   99% ->
1241-1350  (129792-129901)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGATTTCAGTGAAGAATTAAAAGGGCCTGTGACAGATGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGATTTCAGTGAAGAATTAAAAGGGCCTGTGACAGATGATGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGAAACATCTGTGCTCAGTGGTGCAGGAATGCATTTTCCTTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGGAAACATCTGTGCTCAGTGGTGCAGGAATGCATTTTCCTTGGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAACATACGTAGAAACTGTGG         CCATTGGAGGGAAAAGGAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 AAACATACGTAGAAACTGTGGGTA...TAGCCATTGGAGGGAAAAGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGATTTTGCTCAGACAACAAGTGCTTGTTTAAGTTTTATCCAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104287 AAGGATTTTGCTCAGACAACAAGTGCTTGTTTAAGTTTTATCCAAGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGCTGAAGCACCAATGGCAGCAAGCTGCAGAATACATGTACAGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104337 TCTGCTGAAGCACCAATGGCAGCAAGCTGCAGAATACATGTACAGTTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCAGACCTTGGAAGATTCAGATAGCTACAAAAGGCAGGCTGCACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104387 TTCAGACCTTGGAAGATTCAGATAGCTACAAAAGGCAGGCTGCACCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          ATTATTTGGAAGCTCGGAAGTGAAATTCTATTTTATCATCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104437 GTA...CAGATTATTTGGAAGCTCGGAAGTGAAATTCTATTTTATCATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAAGCAACATGGAGAGTTTCAATACTTTTGCTAACCGGATGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108733 CAAAAGCAACATGGAGAGTTTCAATACTTTTGCTAACCGGATGAAAAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGCGTCATGAATTATTTAAAG         ATCTCCTTACAACATGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108783 TTGGCGTCATGAATTATTTAAAGGTG...CAGATCTCCTTACAACATGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTATACCTTCTGCATCATGGAATGCTTAAAGATGCTAAGAGAAATCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 TTATACCTTCTGCATCATGGAATGCTTAAAGATGCTAAGAGAAATCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGGCAGAGACATGGAGACATGGTGAAAATACGTCTTCCCGGGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110989 TGAGGCAGAGACATGGAGACATGGTGAAAATACGTCTTCCCGGGAAATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAATCAACCTTATTCAGGCCTATAAAGGGCTTTTACAGTATTATACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111039 TAATCAACCTTATTCAGGCCTATAAAGGGCTTTTACAGTATTATACCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGAAAAGAAGATGGAATTGTCAAAGCTTG         ATAAGGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111089 TCTGAAAAGAAGATGGAATTGTCAAAGCTTGGTA...CAGATAAGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTATGCTTACAATGCAGTAGCCCAGGATGTGTTCAACCACAGCTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117909 TTATGCTTACAATGCAGTAGCCCAGGATGTGTTCAACCACAGCTGGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CATCTGCAAATATTTCTGCATTGATTAAAATTCCTGGAGTTTGGGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117959 CATCTGCAAATATTTCTGCATTGATTAAAATTCCTGGAGTTTGGGACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGTGAAGAGTTATGTAGAA         ATGCTGGAATTCTATGGGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 118009 TTTGTGAAGAGTTATGTAGAAGTA...TAGATGCTGGAATTCTATGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCGAGATGGAGCCCAAGAGGTACTCACCAATTATGCATATGATGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118916 TCGAGATGGAGCCCAAGAGGTACTCACCAATTATGCATATGATGAAAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCCATCAAATCCAAATGCCCATATCTACTTATACAACTTTCTAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118966 TTCCATCAAATCCAAATGCCCATATCTACTTATACAACTTTCTAAAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGAAGGCACCAAGATCAAAATTGATAAGTGTGCTTAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119016 CAGAAGGCACCAAGATCAAAATTGATAAGTGTGCTTAAGGTA...CAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTGTATCAGATTGTACCATCTCATAAATTGATGTTGGAATTCCATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124441 TTTGTATCAGATTGTACCATCTCATAAATTGATGTTGGAATTCCATACAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TACTTAGAAAATCAG         AAAAAGAAGAACACCGTAAACTGGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124491 TACTTAGAAAATCAGGTA...CAGAAAAAGAAGAACACCGTAAACTGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGGAGGTATTATTTGGAGTCTTAGATTTTGCCGGATGCACTAAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125294 TTGGAGGTATTATTTGGAGTCTTAGATTTTGCCGGATGCACTAAGAATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AACTGCTTGGAAATACTTGGCAAAATATCTGAAAAATATCTTAATGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125344 AACTGCTTGGAAATACTTGGCAAAATATCTGAAAAATATCTTAATGGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086        AAACCACCTTGCGTGGGTTCAAGAAGAGTGGAACTCCAGGAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125394 A...CAGAAACCACCTTGCGTGGGTTCAAGAAGAGTGGAACTCCAGGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACTGGTGGCCAGGGTTTCATTTCAGCTACTTTTGGGCAAAAAGTGATTG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127089 AACTGGTGGCCAGGCTTTCATTTCAGCTACTTTTGGGCAAAAAGTGATTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAGGAAGATACAGCTTTGGCCTGTGAGAAAGCTTTTGTGGCTGGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127139 GAAGGAAGATACAGCTTTGGCCTGTGAGAAAGCTTTTGTGGCTGGTTTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGTTAGGAAAAG         GTTGTAGATATTTCCGGTATATTTTAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 127189 TGTTAGGAAAAGGTA...TAGGTTGTAGATATTTCCGGTATATTTTAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAAGATCACCAAATCTTAGGGAAGAAAATTAAGCGGATGAAGAGATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129821 CAAGATCACCAAATCTTAGGGAAGAAAATTAAGCGGATGAAGAGATCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :
   1320 GAAAAAATACAGTATTGTAAATCCAAGACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 129871 GAAAAAATACAGTATTGTAAATCCAAGACTC