seq1 = pF1KB7994.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KB7994/gi568815591r_35102433.tfa (gi568815591r:35102433_35353620), 251188 bp

>pF1KB7994 1341
>gi568815591r:35102433_35353620 (Chr7)

(complement)

1-127  (100001-100127)   99% ->
128-380  (103418-103670)   100% ->
381-545  (104780-104944)   100% ->
546-654  (108564-108672)   100% ->
655-813  (112584-112742)   100% ->
814-890  (122041-122117)   100% ->
891-1003  (149039-149151)   100% ->
1004-1341  (150851-151188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCACGGCGTCCCCCAAGCCCCAACTCTCCTCCCGGGCCAACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100001 ATGGAGTTCACGGCGTCCCCCAAGCCCCAACTCTCCTCTCGGGCCAACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTCCATTGCCGCGCTCATGTCGAGCGGCGGCTCTAAGGAGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTCCATTGCCGCGCTCATGTCGAGCGGCGGCTCTAAGGAGAAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACGGAGAACACAATCAAACCCCTGG         AGCAATTTGTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 CGACGGAGAACACAATCAAACCCCTGGGTA...CAGAGCAATTTGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGTCGTCCTGTGCCCAGCCCCTGGGTGAGCTGACCAGCCTGGATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 AAGTCGTCCTGTGCCCAGCCCCTGGGTGAGCTGACCAGCCTGGATGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGGAGTTTGGTGGAGGCAGTGGCAGCAGCCCGTCCTCCTCCTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103482 TGGGGAGTTTGGTGGAGGCAGTGGCAGCAGCCCGTCCTCCTCCTCTCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACTGAGCCACTGATCCCCACCACCCCCATCATCCCCAGTGAGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103532 GCACTGAGCCACTGATCCCCACCACCCCCATCATCCCCAGTGAGGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAAAATTGCCTGCAGCCTGGAGACCAAGGAGCTTTGGGACAAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 GCCAAAATTGCCTGCAGCCTGGAGACCAAGGAGCTTTGGGACAAATTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAGCTGGGCACCGAGATGATCATCACCAAGTCGGGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103632 TGAGCTGGGCACCGAGATGATCATCACCAAGTCGGGCAGGTA...CAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGATGTTTCCAACCATCCGGGTGTCCTTTTCGGGGGTGGATCCTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104782 GGATGTTTCCAACCATCCGGGTGTCCTTTTCGGGGGTGGATCCTGAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGTACATAGTCCTGATGGACATCGTCCCTGTGGACAACAAGAGGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104832 AAGTACATAGTCCTGATGGACATCGTCCCTGTGGACAACAAGAGGTACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACGCCTACCACCGGTCCTCCTGGCTGGTGGCTGGCAAGGCCGACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104882 CTACGCCTACCACCGGTCCTCCTGGCTGGTGGCTGGCAAGGCCGACCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGTTGCCAGCCAG         GCTCTATGTGCATCCAGATTCTCCTTTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104932 CGTTGCCAGCCAGGTT...TAGGCTCTATGTGCATCCAGATTCTCCTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCGGTGAGCAACTACTCAAACAGATGGTGTCTTTTGAAAAGGTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108592 ACCGGTGAGCAACTACTCAAACAGATGGTGTCTTTTGAAAAGGTGAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACCAACAATGAACTGGATCAACATGGCCAT         ATAATTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108642 CACCAACAATGAACTGGATCAACATGGCCATGTA...TAGATAATTTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTCAATGCATAAGTACCAGCCAAGGGTGCACATCATTAAGAAGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112594 ACTCAATGCATAAGTACCAGCCAAGGGTGCACATCATTAAGAAGAAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACACAGCCTCATTGCTCAACCTGAAGTCTGAAGAATTTAGAACTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112644 CACACAGCCTCATTGCTCAACCTGAAGTCTGAAGAATTTAGAACTTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTTCCAGAAACAGTTTTTACGGCAGTCACTGCCTACCAGAATCAACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112694 CTTTCCAGAAACAGTTTTTACGGCAGTCACTGCCTACCAGAATCAACTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814         ATAACGAAGCTGAAAATAGATAGCAATCCTTTTGCCAAAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112744 TG...CAGATAACGAAGCTGAAAATAGATAGCAATCCTTTTGCCAAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCCGGGATTCCTCCAGGCTCACTGACATTGAGAG         GGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122083 TTCCGGGATTCCTCCAGGCTCACTGACATTGAGAGGTA...TAGGGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTGGAGAGCCTGATTCAAAAGCATTCCTATGCACGCTCACCCATCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149045 TGTGGAGAGCCTGATTCAAAAGCATTCCTATGCACGCTCACCCATCCGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTACGGAGGAGAAGAAGATGTCTTGGGGGATGAGAGTCAGACAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149095 CCTACGGAGGAGAAGAAGATGTCTTGGGGGATGAGAGTCAGACAACCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATCGAG         GGTCAGCCTTTACAACATCTGATAATTTGTCTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149145 AATCGAGGTA...CAGGGTCAGCCTTTACAACATCTGATAATTTGTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGCTCCTGGGTATCATCTTCTTCCAGTTTTCCTGGGTTTCAGCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150885 CAGCTCCTGGGTATCATCTTCTTCCAGTTTTCCTGGGTTTCAGCACCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGTCCCTGACTGCTCTTGGCACCAGCACAGCATCCATAGCAACACCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150935 AGTCCCTGACTGCTCTTGGCACCAGCACAGCATCCATAGCAACACCCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCTCACCCCATCCAGGGTTCTCTGCCACCATATAGCCGACTGGGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150985 CCTCACCCCATCCAGGGTTCTCTGCCACCATATAGCCGACTGGGAATGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCTGACACCATCGGCCATTGCCAGCTCCATGCAAGGGAGTGGCCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151035 TCTGACACCATCGGCCATTGCCAGCTCCATGCAAGGGAGTGGCCCCACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCCCTTCATTCCACATGCCGCGATACCATCACTATTTTCAGCAGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151085 TCCCTTCATTCCACATGCCGCGATACCATCACTATTTTCAGCAGGGGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TATGCTGCCATTCAAGGACTACGCCATTCCTCTGCTGTGATGACGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151135 TATGCTGCCATTCAAGGACTACGCCATTCCTCTGCTGTGATGACGCCATT

   1400 
   1338 TGTA
        ||||
 151185 TGTA