seq1 = pF1KB7987.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KB7987/gi568815594r_1112243.tfa (gi568815594r:1112243_1348955), 236713 bp

>pF1KB7987 1323
>gi568815594r:1112243_1348955 (Chr4)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-195  (110619-110773)   100% ->
196-340  (120613-120757)   100% ->
341-547  (123390-123596)   100% ->
548-762  (132751-132965)   100% ->
763-893  (134483-134613)   100% ->
894-1021  (135351-135478)   100% ->
1022-1139  (135926-136043)   100% ->
1140-1323  (136530-136713)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGCTCGCACTTGCTCAACAAGGGCCTGCCGCTTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGGCAGCTCGCACTTGCTCAACAAGGGCCTGCCGCTTGGTA...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGTCCGACCTCCGATCATGAACGGGCCCCTGCACCCGCGGCCCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110620 CGTCCGACCTCCGATCATGAACGGGCCCCTGCACCCGCGGCCCCTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTGCTGGATGGCCGGGACTGCACAGTGGAGATGCCCATCCTGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110670 CATTGCTGGATGGCCGGGACTGCACAGTGGAGATGCCCATCCTGAAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGCCACTGTGGCCTTCTGCGACGCGCAGTCCACGCAGGAGATCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110720 GTGGCCACTGTGGCCTTCTGCGACGCGCAGTCCACGCAGGAGATCCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAG         GTCCTGAACGAGGCTGTGGGGGCCCTGATGTACCACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110770 GAAGGTA...CAGGTCCTGAACGAGGCTGTGGGGGCCCTGATGTACCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCACTCTCACCAGGGAGGACCTGGAGAAGTTCAAAGCCCTCCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120650 CCATCACTCTCACCAGGGAGGACCTGGAGAAGTTCAAAGCCCTCCGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGTCCGGATTGGCAGTGGTTTTGACAACATCGACATCAAGTCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120700 ATCGTCCGGATTGGCAGTGGTTTTGACAACATCGACATCAAGTCGGCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGATTTAG         GCATTGCCGTCTGCAACGTGCCCGCGGCGTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120750 GGATTTAGGTA...CAGGCATTGCCGTCTGCAACGTGCCCGCGGCGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGAGGAGACGGCCGACTCGACGCTGTGCCACATCCTGAACCTGTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123423 TGGAGGAGACGGCCGACTCGACGCTGTGCCACATCCTGAACCTGTACCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGGCCACCTGGCTGCACCAGGCGCTGCGGGAGGGCACACGAGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123473 CGGGCCACCTGGCTGCACCAGGCGCTGCGGGAGGGCACACGAGTCCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTCGAGCAGATCCGCGAGGTGGCGTCCGGCGCTGCCAGGATCCGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123523 CGTCGAGCAGATCCGCGAGGTGGCGTCCGGCGCTGCCAGGATCCGCGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGACCTTGGGCATCATCGGACTTG         GTCGCGTGGGGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123573 AGACCTTGGGCATCATCGGACTTGGTG...CAGGTCGCGTGGGGCAGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGCGCTGCGGGCCAAGGCCTTCGGCTTCAACGTGCTCTTCTACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132768 GTGGCGCTGCGGGCCAAGGCCTTCGGCTTCAACGTGCTCTTCTACGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTACTTGTCGGATGGCGTGGAGCGGGCGCTGGGGCTGCAGCGTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132818 TTACTTGTCGGATGGCGTGGAGCGGGCGCTGGGGCTGCAGCGTGTCAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCTGCAGGACCTGCTCTTCCACAGCGACTGCGTGACCCTGCACTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132868 CCCTGCAGGACCTGCTCTTCCACAGCGACTGCGTGACCCTGCACTGCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCAACGAGCACAACCACCACCTCATCAACGACTTCACCGTCAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132918 CTCAACGAGCACAACCACCACCTCATCAACGACTTCACCGTCAAGCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763        ATGAGACAAGGGGCCTTCCTGGTGAACACAGCCCGGGGTGGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132968 G...TAGATGAGACAAGGGGCCTTCCTGGTGAACACAGCCCGGGGTGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGTGGATGAGAAGGCGCTGGCCCAGGCCCTGAAGGAGGGCCGGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134526 TGGTGGATGAGAAGGCGCTGGCCCAGGCCCTGAAGGAGGGCCGGATCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCGCGGCCCTGGATGTGCACGAGTCGGAACCCTTCAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134576 GGCGCGGCCCTGGATGTGCACGAGTCGGAACCCTTCAGGTG...CAGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAGCCAGGGCCCTCTGAAGGATGCACCCAACCTCATCTGCACCCCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135354 TAGCCAGGGCCCTCTGAAGGATGCACCCAACCTCATCTGCACCCCCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGCATGGTACAGCGAGCAGGCATCCATCGAGATGCGAGAGGAGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135404 CTGCATGGTACAGCGAGCAGGCATCCATCGAGATGCGAGAGGAGGCGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGGGAGATCCGCAGAGCCATCACAG         GCCGGATCCCAGACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 135454 CGGGAGATCCGCAGAGCCATCACAGGTG...CAGGCCGGATCCCAGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTGAAGAACTGTGTCAACAAGGACCATCTGACAGCCGCCACCCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135942 CCTGAAGAACTGTGTCAACAAGGACCATCTGACAGCCGCCACCCACTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAGCATGGACCCCGCCGTCGTGCACCCTGAGCTCAATGGGGCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135992 CCAGCATGGACCCCGCCGTCGTGCACCCTGAGCTCAATGGGGCTGCCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AG         CAGGTACCCTCCGGGCGTGGTGGGCGTGGCCCCCACTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136042 AGGTG...CAGCAGGTACCCTCCGGGCGTGGTGGGCGTGGCCCCCACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATCCCAGCTGCTGTGGAAGGTATCGTCCCCAGCGCCATGTCCCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136569 CATCCCAGCTGCTGTGGAAGGTATCGTCCCCAGCGCCATGTCCCTGTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGGCCTGCCCCCTGTGGCCCACCCGCCCCACGCCCCTTCTCCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136619 ACGGCCTGCCCCCTGTGGCCCACCCGCCCCACGCCCCTTCTCCTGGCCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1279 ACCGTCAAGCCCGAGGCGGATAGAGACCACGCCAGTGACCAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136669 ACCGTCAAGCCCGAGGCGGATAGAGACCACGCCAGTGACCAGTTG