seq1 = pF1KB7978.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KB7978/gi568815597r_24802125.tfa (gi568815597r:24802125_25064571), 262447 bp

>pF1KB7978 1287
>gi568815597r:24802125_25064571 (Chr1)

(complement)

1-58  (100001-100058)   98% ->
59-324  (134720-134985)   100% ->
325-481  (136842-136998)   100% ->
482-586  (145228-145332)   100% ->
587-745  (157155-157313)   100% ->
746-1287  (161906-162447)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCGAACAGCATCTTCGACTCCTTCCCGACCTACTCGCCGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCGAACAGCATCTTCGACTCCTTCCCGACCTACTCGCCGACCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCGCG         ACCCAAGCACCAGCCGCCGCTTCACACCTCCCT
        || |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCGCGGTG...TAGACCCAAGCACCAGCCGCCGCTTCACACCTCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCGGCCTTCCCCTGCGGCGGCGGCGGCGGCAAGATGGGCGAGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134753 CCCCGGCCTTCCCCTGCGGCGGCGGCGGCGGCAAGATGGGCGAGAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCGCGCTGAGCGCGCAGGCGGCCGTGGGGCCCGGAGGGCGCGCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134803 GGCGCGCTGAGCGCGCAGGCGGCCGTGGGGCCCGGAGGGCGCGCCCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGGTGCGCTCGATGGTGGACGTGCTGGCGGACCACGCAGGCGAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134853 CGAGGTGCGCTCGATGGTGGACGTGCTGGCGGACCACGCAGGCGAGCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCGCACCGACAGCCCCAACTTCCTCTGCTCCGTGCTGCCCTCGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134903 TGCGCACCGACAGCCCCAACTTCCTCTGCTCCGTGCTGCCCTCGCACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCTGCAACAAGACGCTGCCCGTCGCCTTCAAG         GTGGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 134953 CGCTGCAACAAGACGCTGCCCGTCGCCTTCAAGGTG...CAGGTGGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGGGGGACGTGCCGGATGGTACGGTGGTGACTGTGATGGCAGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136850 ATTGGGGGACGTGCCGGATGGTACGGTGGTGACTGTGATGGCAGGCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGAGAACTACTCCGCTGAGCTGCGCAATGCCTCGGCCGTCATGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136900 ACGAGAACTACTCCGCTGAGCTGCGCAATGCCTCGGCCGTCATGAAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGTGGCCAGGTTCAACGACCTTCGCTTCGTGGGCCGCAGTGGGCGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136950 CAGGTGGCCAGGTTCAACGACCTTCGCTTCGTGGGCCGCAGTGGGCGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         GGAAGAGTTTCACCCTGACCATCACTGTGTTCACCAACCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137000 TA...CAGGGAAGAGTTTCACCCTGACCATCACTGTGTTCACCAACCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCAAGTGGCGACCTACCACCGAGCCATCAAGGTGACCGTGGACGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145270 CCCAAGTGGCGACCTACCACCGAGCCATCAAGGTGACCGTGGACGGACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGGGAGCCCAGAC         GGCACCGGCAGAAGCTGGAGGACCAGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 145320 CGGGAGCCCAGACGTA...CAGGGCACCGGCAGAAGCTGGAGGACCAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGCCGTTCCCTGACCGCTTTGGGGACCTGGAACGGCTGCGCATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157183 CAAGCCGTTCCCTGACCGCTTTGGGGACCTGGAACGGCTGCGCATGCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGACACCGAGCACACCCAGCCCCCGAGGCTCACTCAGCACCACAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157233 TGACACCGAGCACACCCAGCCCCCGAGGCTCACTCAGCACCACAAGCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCAGCAGCCAGCCCCAGACCCCAATCCAAG         GCACCTCGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 157283 TTCAGCAGCCAGCCCCAGACCCCAATCCAAGGTA...CAGGCACCTCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACTGAACCCATTCTCCGACCCCCGCCAGTTTGACCGCTCCTTCCCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161916 ACTGAACCCATTCTCCGACCCCCGCCAGTTTGACCGCTCCTTCCCCACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCCAACCCTCACGGAGAGCCGCTTCCCAGACCCCAGGATGCATTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161966 TGCCAACCCTCACGGAGAGCCGCTTCCCAGACCCCAGGATGCATTATCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGGGCCATGTCAGCTGCCTTCCCCTACAGCGCCACGCCCTCGGGCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162016 GGGGCCATGTCAGCTGCCTTCCCCTACAGCGCCACGCCCTCGGGCACGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CATCAGCAGCCTCAGCGTGGCGGGCATGCCGGCCACCAGCCGCTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162066 CATCAGCAGCCTCAGCGTGGCGGGCATGCCGGCCACCAGCCGCTTCCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATACCTACCTCCCGCCACCCTACCCGGGGGCCCCGCAGAACCAGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162116 ATACCTACCTCCCGCCACCCTACCCGGGGGCCCCGCAGAACCAGAGCGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCTTCCAGGCCAACCCGTCCCCCTACCACCTCTACTACGGGACATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162166 CCCTTCCAGGCCAACCCGTCCCCCTACCACCTCTACTACGGGACATCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGGCTCCTACCAGTTCTCCATGGTGGCCGGCAGCAGCAGTGGGGGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162216 TGGCTCCTACCAGTTCTCCATGGTGGCCGGCAGCAGCAGTGGGGGCGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCTCACCTACCCGCATGCTGGCCTCTTGCACCAGCAGCGCTGCCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162266 GCTCACCTACCCGCATGCTGGCCTCTTGCACCAGCAGCGCTGCCTCTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCCGCCGGCAACCTCATGAACCCCAGCCTGGGCGGCCAGAGTGATGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162316 GCCGCCGGCAACCTCATGAACCCCAGCCTGGGCGGCCAGAGTGATGGCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAGGCCGACGGCAGCCACAGCAACTCACCCACGGCCCTGAGCACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162366 GGAGGCCGACGGCAGCCACAGCAACTCACCCACGGCCCTGAGCACGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1256 GCCGCATGGATGAGGCCGTGTGGCGGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 162416 GCCGCATGGATGAGGCCGTGTGGCGGCCCTAC