seq1 = pF1KB7974.tfa, 1239 bp
seq2 = pF1KB7974/gi568815582f_67092228.tfa (gi568815582f:67092228_67298120), 205893 bp

>pF1KB7974 1239
>gi568815582f:67092228_67298120 (Chr16)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-245  (100534-100643)   100% ->
246-407  (100782-100943)   100% ->
408-451  (101245-101288)   100% ->
452-513  (102171-102232)   100% ->
514-808  (102459-102753)   100% ->
809-1033  (103555-103779)   100% ->
1034-1081  (105372-105419)   100% ->
1082-1126  (105640-105684)   100% ->
1127-1239  (105781-105893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGCCGGGCCACAGGCGCCGCCGCCCCCGGGCACTCCAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGGCCGGGCCACAGGCGCCGCCGCCCCCGGGCACTCCAAGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACGAAAAGAGCCTGGGACTGCTCACCACCAAGTTCGTGTCCCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACGAAAAGAGCCTGGGACTGCTCACCACCAAGTTCGTGTCCCTTCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGGCCAAGGACGGCGTGCTTGACCTCAAGCTG         GCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 AGGAGGCCAAGGACGGCGTGCTTGACCTCAAGCTGGTG...CAGGCAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACACCCTAGCTGTACGCCAGAAGCGGCGGATTTACGACATTACCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100540 GACACCCTAGCTGTACGCCAGAAGCGGCGGATTTACGACATTACCAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTGGAAGGTATCGGGCTAATCGAGAAAAAGTCCAAGAACAGCATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100590 TTTGGAAGGTATCGGGCTAATCGAGAAAAAGTCCAAGAACAGCATCCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAA         GGGTGTGGGGCCTGGCTGCAATACCCGGGAGATTGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100640 GGAAGTG...CAGGGGTGTGGGGCCTGGCTGCAATACCCGGGAGATTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAAACTGATTGAGCTCAAGGCAGAGATCGAGGAGCTGCAGCAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 GACAAACTGATTGAGCTCAAGGCAGAGATCGAGGAGCTGCAGCAGCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAAGAACTAGACCAGCACAAGGTGTGGGTGCAGCAGAGCATCCGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100869 GCAAGAACTAGACCAGCACAAGGTGTGGGTGCAGCAGAGCATCCGGAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACAGAGGACGTGCAGAACAGCTG         TTTGGCCTACGTCACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100919 TCACAGAGGACGTGCAGAACAGCTGATA...CACTTTGGCCTACGTCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGAGGACATCTGCAGATGCTTTGCTG         GAGATACCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101261 CATGAGGACATCTGCAGATGCTTTGCTGGTG...TAGGAGATACCCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCATCCGGGCCCCATCAGGCACCAGCCTGGAGGTGCCCATCCCAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102184 GGCCATCCGGGCCCCATCAGGCACCAGCCTGGAGGTGCCCATCCCAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514         GGTCTCAATGGGCAGAAGAAGTACCAGATTCACCTGAAGAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 TG...TAGGGTCTCAATGGGCAGAAGAAGTACCAGATTCACCTGAAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGAGTGGTCCCATTGAGGTTCTGCTGGTGAACAAGGAGGCATGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 GTGAGTGGTCCCATTGAGGTTCTGCTGGTGAACAAGGAGGCATGGAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCCCCTGTGGCTGTGCCTGTGCCACCACCTGAAGATTTGCTCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 ACCCCCTGTGGCTGTGCCTGTGCCACCACCTGAAGATTTGCTCCAGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CATCTGCTGTTTCTACACCTCCACCTCTGCCCAAGCCTGCCCTAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 CATCTGCTGTTTCTACACCTCCACCTCTGCCCAAGCCTGCCCTAGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCCAGGAAGCCTCACGTCCAAATAGTCCTCAGCTCACTCCCACTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 TCCCAGGAAGCCTCACGTCCAAATAGTCCTCAGCTCACTCCCACTGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCTGGCAGTGCAGAAGTCCAGGGAATGGCTGGCCCAGCAGCTGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 CCCTGGCAGTGCAGAAGTCCAGGGAATGGCTGGCCCAGCAGCTGAGATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAG         TGAGTGGCGGCCCTGGGACTGATAGCAAGGACAGTGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 CAGGTG...TAGTGAGTGGCGGCCCTGGGACTGATAGCAAGGACAGTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGCTCAGTTCACTCCCACTGGGCCCAACAACACTGGACACCCGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103593 GAGCTCAGTTCACTCCCACTGGGCCCAACAACACTGGACACCCGGCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCAGTCTTCTGCCCTGCTGGACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103643 GCAGTCTTCTGCCCTGCTGGACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCAGCAGCAGCAACAGTAACAGCAGCAGTTCGTCCGGACCCAACCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 GCAGCAGCAGCAACAGTAACAGCAGCAGTTCGTCCGGACCCAACCCTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACCTCCTTTGAGCCCATCAAGGCAGACCCCACAGGTG         TTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103743 ACCTCCTTTGAGCCCATCAAGGCAGACCCCACAGGTGGTG...CAGTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAACTCCCCAAAGAGCTGTCAGAAATCTTTGATCCCACACGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105376 GGAACTCCCCAAAGAGCTGTCAGAAATCTTTGATCCCACACGAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082    AGTGCATGAGCTCGGAGCTGCTGGAGGAGTTGATGTCCTCAGAAG  
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105637 CAGAGTGCATGAGCTCGGAGCTGCTGGAGGAGTTGATGTCCTCAGAAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127        TGTTTGCCCCTCTGCTTCGTCTTTCTCCACCCCCGGGAGACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105687 G...CAGTGTTTGCCCCTCTGCTTCGTCTTTCTCCACCCCCGGGAGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGATTATATCTACAACCTGGACGAGAGTGAAGGTGTCTGTGACCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105824 CGATTATATCTACAACCTGGACGAGAGTGAAGGTGTCTGTGACCTCTTTG

   1300     .    :    .    :
   1220 ATGTGCCTGTTCTCAACCTC
        ||||||||||||||||||||
 105874 ATGTGCCTGTTCTCAACCTC