seq1 = pF1KB7972.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KB7972/gi568815589f_15322880.tfa (gi568815589f:15322880_15559863), 236984 bp

>pF1KB7972 1233
>gi568815589f:15322880_15559863 (Chr9)

1-314  (100001-100314)   100% ->
315-392  (101030-101107)   100% ->
393-477  (110673-110757)   100% ->
478-582  (121723-121827)   100% ->
583-732  (124216-124365)   100% ->
733-815  (128441-128523)   100% ->
816-980  (130162-130326)   100% ->
981-1088  (135081-135188)   100% ->
1089-1233  (136840-136984)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAAGGAAGCCGAGGTGGCCCTACGTGTAGCGGGGTGGGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAAGGAAGCCGAGGTGGCCCTACGTGTAGCGGGGTGGGTGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGACCCAGTCTCCGGCAGTGGCGGCTGCAACTTTCCAGAGTATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGACCCAGTCTCCGGCAGTGGCGGCTGCAACTTTCCAGAGTATGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCCGAGCTAAATACGCGCGCTTTCCATGTGGGCGCCTTTGGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCCCGAGCTAAATACGCGCGCTTTCCATGTGGGCGCCTTTGGGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCGGGGCCGTCTGCGCGGGGCCGGGGACTTGTCGCTGAGGGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGCGGGGCCGTCTGCGCGGGGCCGGGGACTTGTCGCTGAGGGAGCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCATCCGCTCTGCCTGGGAGCCAGGCAGCTGACTCCGACCGGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCATCCGCTCTGCCTGGGAGCCAGGCAGCTGACTCCGACCGGGAGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGCGGTGGCCAGGGATCTGGACTGCAGCCTGGAGGCGGCGGCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGCGGTGGCCAGGGATCTGGACTGCAGCCTGGAGGCGGCGGCTGAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGGCGGTGTGCGG         CCTTGATAAACTGAAATGCCTTGAGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGGCGGTGTGCGGGTG...TAGCCTTGATAAACTGAAATGCCTTGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGTGAGGATCCAGAAGTCATTCCGGAGAATACTGACCTGGTGACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101057 CGGTGAGGATCCAGAAGTCATTCCGGAGAATACTGACCTGGTGACTTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 G         GGTTAGAAAAAGGTTCTTGGAACATCGGGAAGAAACCATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101107 GGTA...CAGGGTTAGAAAAAGGTTCTTGGAACATCGGGAAGAAACCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAATAGATCGAGCCTGCAGACAAGAAACATTCGTTTATGAGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110713 ACAATAGATCGAGCCTGCAGACAAGAAACATTCGTTTATGAGATGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     GAGTCACATGCCATAGGAAAAAAGCCTGAAAATTCAGCAGACATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110763 .CAGGAGTCACATGCCATAGGAAAAAAGCCTGAAAATTCAGCAGACATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGAAGAAGGGGAGCTTATCCTATCTGTGAATATCTTGTACCCTGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121769 TTGAAGAAGGGGAGCTTATCCTATCTGTGAATATCTTGTACCCTGTTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTCATAAG         CACAAAGAACACAAACCATACCAAACAATGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121819 TTTCATAAGGTA...TAGCACAAAGAACACAAACCATACCAAACAATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGTTGGGCAGTCAAAAACTCACACAACTGAGGGATTCAATTCGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124248 GGTGTTGGGCAGTCAAAAACTCACACAACTGAGGGATTCAATTCGATGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAGTGACCTCCAGATTGGTGGTGAATTCAGCAACACTCCTGACCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124298 TCAGTGACCTCCAGATTGGTGGTGAATTCAGCAACACTCCTGACCAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTGAGCACATCAGCAAA         GACCTATACAAATCAGCCTTCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124348 CCTGAGCACATCAGCAAAGTA...TAGGACCTATACAAATCAGCCTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTATTTTGAAGGAACATTTTATAATGATAAAAGATACCCAGAATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128464 TTATTTTGAAGGAACATTTTATAATGATAAAAGATACCCAGAATGCAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATTTGAGCAG         AACTATCATTGAGTGGTCAGAGTCCCATGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128514 ATTTGAGCAGGTA...CAGAACTATCATTGAGTGGTCAGAGTCCCATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAGGCTATGGAAAGTTTCAGACTGCTAGAATGGAAGATTTCACCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130193 AGAGGCTATGGAAAGTTTCAGACTGCTAGAATGGAAGATTTCACCTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGACTTGTGTATTAAACTGGGTTTTCCTTACTTATACTGTCATCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130243 TGACTTGTGTATTAAACTGGGTTTTCCTTACTTATACTGTCATCAGGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTGTGAACATGTCATTGTCATTACTGACATAAG         GCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 130293 ACTGTGAACATGTCATTGTCATTACTGACATAAGGTA...AAGGCTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATCATGATGACTGCTTGGATAGGACATTGTATCCCCTCCTTATCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135088 CATCATGATGACTGCTTGGATAGGACATTGTATCCCCTCCTTATCAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCATTGGCTATGGACCAGAAAATGTTTTGTTTGTAAAATGTATACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135138 GCATTGGCTATGGACCAGAAAATGTTTTGTTTGTAAAATGTATACAGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 G         ATGGGTGACGAACAATGACAGTTTTGCACCAGAGGACCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135188 GGTG...CAGATGGGTGACGAACAATGACAGTTTTGCACCAGAGGACCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGCTTCTTTTGTGATGTTTGCTTCCGAATGCTGCACTATGATTCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136880 TGCTTCTTTTGTGATGTTTGCTTCCGAATGCTGCACTATGATTCAGAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACAAACTGGGGGAATTCCTTGCTTATCCTTATGTTGATCCTGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136930 CAACAAACTGGGGGAATTCCTTGCTTATCCTTATGTTGATCCTGGAACCT

   1300     .
   1229 TTAAT
        |||||
 136980 TTAAT