seq1 = pF1KB7968.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KB7968/gi568815582f_3302005.tfa (gi568815582f:3302005_3508916), 206912 bp

>pF1KB7968 1221
>gi568815582f:3302005_3508916 (Chr16)

1-402  (100001-100402)   99% ->
403-625  (102422-102644)   100% ->
626-1221  (106317-106912)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTAAAATGGAGATAACTTTAAGCTCCAACACTGAAGCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTAAAATGGAGATAACTTTAAGCTCCAACACTGAAGCTTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCAAGAGAGACACATAATAGCCAAACTAGAAGAGAAACGGGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCAAGAGAGACACATAATAGCCAAACTAGAAGAGAAACGGGGCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTGCAAAAAAACTGCCCAGATCCTGAGCTCTGCCGCCAGAGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTGCAAAAAAACTGCCCAGATCCTGAGCTCTGCCGCCAGAGCTTCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTTTGTTATCAAGAGGTGTCTGGACCCCAAGAGGCGCTCTCCCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100151 CGCTTTTGTTATCAAGAGGTGTCTGGACCCCAAGAGGCTCTCTCCCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGACAGCTCTGCCGTCAGTGGTTGCAACCCGAGCTGCACACCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGACAGCTCTGCCGTCAGTGGTTGCAACCCGAGCTGCACACCAAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATTTTGGAGCTTCTGGTGATGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATTTTGGAGCTTCTGGTGATGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGATCCAGGCTCGGGTCAGGCATCGATGTCCAATGAGCAGCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGATCCAGGCTCGGGTCAGGCATCGATGTCCAATGAGCAGCAAGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGACCCTCGTGGAAGATTTTCACAGAGCATCCAAGAAACCAAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGACCCTCGTGGAAGATTTTCACAGAGCATCCAAGAAACCAAAGCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GG         GTGGCCGTTTGTATGCAGGGGCAAAAGGTGCTCTTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGTA...TAGGTGGCCGTTTGTATGCAGGGGCAAAAGGTGCTCTTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAAACTGGATCTCAGCTTGGAGAACAGGAACTGCCAGACTTTCAACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 AAAACTGGATCTCAGCTTGGAGAACAGGAACTGCCAGACTTTCAACCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACTCCTAGGAGAGATCTCAGGGAGAGCTCTCCAGCAGAGCCTTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 GACTCCTAGGAGAGATCTCAGGGAGAGCTCTCCAGCAGAGCCTTCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGGAGCTTATGACCGGCTGAGCCCCCATCATTGGGAGAAATCCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102561 CAGGAGCTTATGACCGGCTGAGCCCCCATCATTGGGAGAAATCCCCACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCCAAGAACCAACCCCCAAATTGGCTGGGACAG         AGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102611 CTCCAAGAACCAACCCCCAAATTGGCTGGGACAGGTA...TAGAGGCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGAATGAGAAGTGACAACAAGGAAAATCCACAACAGGAAGGGGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106324 CAGAATGAGAAGTGACAACAAGGAAAATCCACAACAGGAAGGGGCTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAGCAAAGCCATGTGCAGTGTCAGCTGGCAGATCCAAAGGGAATGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106374 GAGCAAAGCCATGTGCAGTGTCAGCTGGCAGATCCAAAGGGAATGGTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGAATCCTGAACCAAGAGGGGCAAATATGAGTGAACCTCGGTTGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106424 CAGAATCCTGAACCAAGAGGGGCAAATATGAGTGAACCTCGGTTGTCACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAGGCAGGTCAGCTCCCCAAATGCTCAAAAGCCATTTGCTCACTACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106474 GAGGCAGGTCAGCTCCCCAAATGCTCAAAAGCCATTTGCTCACTACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GACATTGCAGGGTGGAATACATCAGCAGCCCCCTAAAAAGCCACCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106524 GACATTGCAGGGTGGAATACATCAGCAGCCCCCTAAAAAGCCACCCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGAGAGCTAAAGAAAAGCAAAGGAGGTAAACGGAGTCTGAGCAACCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106574 AGAGAGCTAAAGAAAAGCAAAGGAGGTAAACGGAGTCTGAGCAACCGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAACATCTTGGTCACCAGCCCACCCGCTCAGCAAAGAAACCCTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106624 GCAACATCTTGGTCACCAGCCCACCCGCTCAGCAAAGAAACCCTACAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGATGACTGTGGGAAAAGCTTCACGTGGAATTCAGAGCTGAAGAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106674 GTGATGACTGTGGGAAAAGCTTCACGTGGAATTCAGAGCTGAAGAGACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAGAGAGTCCACACAGGAGAGAGACCCTACACGTGCGGAGAGTGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106724 AAGAGAGTCCACACAGGAGAGAGACCCTACACGTGCGGAGAGTGTGGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTGCTTTGGGCGGCAGTCAACCCTGAAGCTGCACCAGAGGATCCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106774 CTGCTTTGGGCGGCAGTCAACCCTGAAGCTGCACCAGAGGATCCACACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GAGAGAAGCCATACCAGTGTGGCCAGTGTGGGAAAAGCTTTCGCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106824 GAGAGAAGCCATACCAGTGTGGCCAGTGTGGGAAAAGCTTTCGCCAGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1183 TCAAACCTTCACCAGCATCACCGACTTCACCATGGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106874 TCAAACCTTCACCAGCATCACCGACTTCACCATGGGGAC