seq1 = pF1KB7965.tfa, 840 bp
seq2 = pF1KB7965/gi568815595f_194036381.tfa (gi568815595f:194036381_194238230), 201850 bp

>pF1KB7965 840
>gi568815595f:194036381_194238230 (Chr3)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-204  (100237-100332)   100% ->
205-292  (100581-100668)   100% ->
293-840  (101303-101850)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCTGATATAATGGAGAAAAATTCCTCGTCCCCGGTGGCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGCTGATATAATGGAGAAAAATTCCTCGTCCCCGGTGGCTGCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGCCAGTGTCAACACGACACCGGATAAACCAAAGACAGCATCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGCCAGTGTCAACACGACACCGGATAAACCAAAGACAGCATCTGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGAAAG         TCATCAAAGCCTATTATGGAGAAAAGACGAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGAAAGGTA...CAGTCATCAAAGCCTATTATGGAGAAAAGACGAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAAGAATAAATGAAAGTCTGAGCCAGCTGAAAACACTGATTTTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100270 GCAAGAATAAATGAAAGTCTGAGCCAGCTGAAAACACTGATTTTGGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGAAGAAAGAT         AGCTCGCGGCATTCCAAGCTGGAGAAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100320 TCTGAAGAAAGATGTA...CAGAGCTCGCGGCATTCCAAGCTGGAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGACATTCTGGAAATGACAGTGAAGCACCTCCGGAACCTGCAGCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 CGGACATTCTGGAAATGACAGTGAAGCACCTCCGGAACCTGCAGCGGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGATGACGG         CTGCGCTGAGCACAGACCCAAGTGTGCTGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 CAGATGACGGGTG...CAGCTGCGCTGAGCACAGACCCAAGTGTGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGTACCGAGCCGGCTTCAGCGAGTGCATGAACGAGGTGACCCGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101334 GAAGTACCGAGCCGGCTTCAGCGAGTGCATGAACGAGGTGACCCGCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTCCACGTGCGAGGGCGTTAATACCGAGGTGCGCACTCGGCTGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101384 TGTCCACGTGCGAGGGCGTTAATACCGAGGTGCGCACTCGGCTGCTCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACCTGGCCAACTGCATGACCCAGATCAATGCCATGACCTACCCCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101434 CACCTGGCCAACTGCATGACCCAGATCAATGCCATGACCTACCCCGGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCGCACCCCGCCTTGCAGGCGCCGCCACCGCCCCCACCGGGACCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101484 GCCGCACCCCGCCTTGCAGGCGCCGCCACCGCCCCCACCGGGACCCGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCCCCAGCACGCGCCGTTCGCGCCGCCGCCGCCACTCGTGCCCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101534 GCCCCCAGCACGCGCCGTTCGCGCCGCCGCCGCCACTCGTGCCCATCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGGGCGCGGCGCCCCCTCCCGGCGGCGCCCCCTGCAAGCTGGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101584 GGGGGCGCGGCGCCCCCTCCCGGCGGCGCCCCCTGCAAGCTGGGCAGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCTGGAGAGGCGGCTAAGGTGTTTGGAGGCTTCCAGGTGGTACCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101634 GGCTGGAGAGGCGGCTAAGGTGTTTGGAGGCTTCCAGGTGGTACCGGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCGATGGCCAGTTTGCTTTCCTCATTCCCAACGGGGCCTTCGCGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101684 CCGATGGCCAGTTTGCTTTCCTCATTCCCAACGGGGCCTTCGCGCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCCCTGTCATCCCCGTCTACACCAGCAACAGCGGCACCTCCGTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101734 GGCCCTGTCATCCCCGTCTACACCAGCAACAGCGGCACCTCCGTGGGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAACGCAGTGTCACCTTCCAGCGGCCCCTCGCTTACGGCGGACTCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101784 CAACGCAGTGTCACCTTCCAGCGGCCCCTCGCTTACGGCGGACTCCATGT

    850     .    :    .
    824 GGAGGCCGTGGCGGAAC
        |||||||||||||||||
 101834 GGAGGCCGTGGCGGAAC