seq1 = pF1KB7956.tfa, 1185 bp
seq2 = pF1KB7956/gi568815597f_153868526.tfa (gi568815597f:153868526_154074062), 205537 bp

>pF1KB7956 1185
>gi568815597f:153868526_154074062 (Chr1)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-421  (100405-100651)   99% ->
422-543  (100809-100930)   100% ->
544-636  (104219-104311)   100% ->
637-743  (104447-104553)   100% ->
744-812  (104670-104738)   100% ->
813-897  (104855-104939)   100% ->
898-994  (105095-105191)   100% ->
995-1185  (105347-105537)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTCGGAATCCCTGACCTGCTGGACGCGTGGCTGGAGCCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTCGGAATCCCTGACCTGCTGGACGCGTGGCTGGAGCCCCCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATATCTTCTCGACAGGATCCGTCCTGGAGCTGGGACTCCACTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATATCTTCTCGACAGGATCCGTCCTGGAGCTGGGACTCCACTGCCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCAGAGGTTCCGGTAACTAGGCTACAGGAACAGGGACTGCAAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCAGAGGTTCCGGTAACTAGGCTACAGGAACAGGGACTGCAAGGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTCCGGTGGGGACCGTGGCTGT         GGCCTTCAAGAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 AAGTCCGGTGGGGACCGTGGCTGTGTG...TAGGGCCTTCAAGAGAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTGAAGATTTCTTGAAGCTTTTCATTGATCCCAATGAGGTGTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 GCCTGAAGATTTCTTGAAGCTTTTCATTGATCCCAATGAGGTGTACTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGAAGCATCTCCTGGCAGTGACAGTGGCATCTCTGAGGACTCCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100472 CAGAAGCATCTCCTGGCAGTGACAGTGGCATCTCTGAGGACCCCTGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCAGACAGTCCCCCTGCCCCCAGGGCAACCAGTTCTCCTATGCTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 CCAGACAGTCCCCCTGCCCCCAGGGCAACCAGTTCTCCTATGCTCTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTTGTCTATGAGGCAGGGGCCCTGGAGAGGATGCAGGGGGAAACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 GGTTGTCTATGAGGCAGGGGCCCTGGAGAGGATGCAGGGGGAAACTGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAAATGTAGGCCTTATCTCCATCCAGCTAG         ATCAGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100622 CAAATGTAGGCCTTATCTCCATCCAGCTAGGTC...CAGATCAGTGGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAGCATTTATGGTGCCTGATTCCTGCATGGTCAGTGAGCTGCCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100820 CCAGCATTTATGGTGCCTGATTCCTGCATGGTCAGTGAGCTGCCCTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCTCATGCCCACATCCTGCCCAGAGCAGGCACCGTAGCCCCAGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100870 TGCTCATGCCCACATCCTGCCCAGAGCAGGCACCGTAGCCCCAGTGCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTACAACCCTG         CTGCCCTGTCAAACCCTGTTCCTGACCGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100920 GTACAACCCTGGTG...CAGCTGCCCTGTCAAACCCTGTTCCTGACCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGGAGAAGCGTCTGCTGGGGCAGGAAGGGGTTTCCCTGCCCTCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104249 GAGGAGAAGCGTCTGCTGGGGCAGGAAGGGGTTTCCCTGCCCTCTCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCCTCACCAAG         GCAGAGGAGAGGGTCCTCAAGAAGGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104299 GCCCCTCACCAAGGTA...AAGGCAGAGGAGAGGGTCCTCAAGAAGGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGAGGAAAATCCGTAACAAGCAGTCAGCTCAGGACAGTCGGCGGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 GGAGGAAAATCCGTAACAAGCAGTCAGCTCAGGACAGTCGGCGGCGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGGAGTACATTGATGGGCTGGAGAGCAG         GGTGGCAGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104525 AAGGAGTACATTGATGGGCTGGAGAGCAGGTA...TAGGGTGGCAGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCTGCACAGAACCAAGAATTACAGAAAAAAGTCCAGGAGCTGGAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104682 TTCTGCACAGAACCAAGAATTACAGAAAAAAGTCCAGGAGCTGGAGAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAACAT         CTCCTTGGTAGCTCAGCTCCGCCAGCTGCAGACG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104732 ACAACATGTG...CAGCTCCTTGGTAGCTCAGCTCCGCCAGCTGCAGACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTAATTGCTCAAACTTCCAACAAAGCTGCCCAGACCAGCACTTGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104889 CTAATTGCTCAAACTTCCAACAAAGCTGCCCAGACCAGCACTTGTGTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 G         ATTCTTCTTTTTTCCCTGGCTCTCATCATCCTGCCCAGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104939 GGTA...CAGATTCTTCTTTTTTCCCTGGCTCTCATCATCCTGCCCAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAGTCCATTCCAGAGTCGACCAGAAGCTGGGTCTGAGGATTACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 TCAGTCCATTCCAGAGTCGACCAGAAGCTGGGTCTGAGGATTACCAGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACGGAG         TGACTTCCAGAAATATCCTGACCCACAAGGACGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105185 CACGGAGGTG...CAGTGACTTCCAGAAATATCCTGACCCACAAGGACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACAGAAAATCTGGAGACCCAAGTGGTAGAGTCCAGACTGAGGGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105381 AACAGAAAATCTGGAGACCCAAGTGGTAGAGTCCAGACTGAGGGAGCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGGAGCCAAGGATGCAAATGGCTCAACAAGGACACTGCTTGAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105431 CTGGAGCCAAGGATGCAAATGGCTCAACAAGGACACTGCTTGAGAAGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGAGGGAAGCCAAGACCCAGTGGGCGCATCCGGTCCGTGCTGCATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 GGAGGGAAGCCAAGACCCAGTGGGCGCATCCGGTCCGTGCTGCATGCAGA

   1250     .
   1179 TGAGATG
        |||||||
 105531 TGAGATG