seq1 = pF1KB7953.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KB7953/gi568815596f_95210353.tfa (gi568815596f:95210353_95484046), 273694 bp

>pF1KB7953 768
>gi568815596f:95210353_95484046 (Chr2)

10-181  (99999-100168)   98% ->
182-306  (163944-164068)   100% ->
307-376  (164496-164565)   100% ->
377-447  (164786-164856)   100% ->
448-555  (171244-171351)   100% ->
556-660  (172025-172129)   100% ->
661-723  (172880-172942)   100% ->
724-768  (173650-173694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 GCTAAGGAAGTGACAAAGGCGTCGGACGGCAGCCTCCTGGGGGACCTCGG
        ||-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 GC A GGAAGTGACAAAGGCGTCGGACGGCAGCCTCCTGGGGGACCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 GCACACACCACTTAGCAAGAAGGAGGGTATCAAGTGGCAGAGGCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GCACACACCACTTAGCAAGAAGGAGGGTATCAAGTGGCAGAGGCCGAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 TCAGCCGCCAGGCTTTGATGAGATGCTGCCTGGTCAAGTGGATCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 TCAGCCGCCAGGCTTTGATGAGATGCTGCCTGGTCAAGTGGATCCTGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    160 AGCACAGCCCCACAGGGCTCAG         ATAGCAGCGACAGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100147 AGCACAGCCCCACAGGGCTCAGGTA...CAGATAGCAGCGACAGTGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGCTGTCCACGGTGCGCCACCAGCCAGAGGGGCTGGACCAGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163963 GGAGCTGTCCACGGTGCGCCACCAGCCAGAGGGGCTGGACCAGCTGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCAGACCAAGTTCACCAAGAAGGAGCTGCAGTCTCTCTACAGGGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164013 CCCAGACCAAGTTCACCAAGAAGGAGCTGCAGTCTCTCTACAGGGGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAAT         GAGTGTCCCACGGGCCTGGTGGACGAAGACACCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164063 AAGAATGTG...CAGGAGTGTCCCACGGGCCTGGTGGACGAAGACACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAACTCATTTACGCGCAGTTCTTCCCTCAGGGAG         ATGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 164531 CAAACTCATTTACGCGCAGTTCTTCCCTCAGGGAGGTG...CAGATGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACCTATGCACACTTCCTCTTCAACGCCTTTGATGCGGACGGGAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164792 CCACCTATGCACACTTCCTCTTCAACGCCTTTGATGCGGACGGGAACGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCCACTTTGAG         GACTTTGTGGTTGGCCTCTCCATCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 164842 GCCATCCACTTTGAGGTA...TAGGACTTTGTGGTTGGCCTCTCCATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGCGGGGCACAGTCCACGAGAAGCTCAAGTGGGCCTTTAATCTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171270 GCTGCGGGGCACAGTCCACGAGAAGCTCAAGTGGGCCTTTAATCTCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACATTAACAAGGATGGCTACATCACCAAAGAG         GAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 171320 ACATTAACAAGGATGGCTACATCACCAAAGAGGTA...CAGGAGATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCATCATGAAGTCCATCTATGACATGATGGGCCGCCACACCTACCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172034 GCCATCATGAAGTCCATCTATGACATGATGGGCCGCCACACCTACCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGCGGGAGGACGCGCCGGCGGAGCACGTGGAGAGGTTCTTCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 172084 CCTGCGGGAGGACGCGCCGGCGGAGCACGTGGAGAGGTTCTTCGAGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      AAAATGGACCGGAACCAGGATGGGGTAGTGACCATTGAAGAGTTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172134 ..CAGAAAATGGACCGGAACCAGGATGGGGTAGTGACCATTGAAGAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGAGGCCTGTCAGAAG         GATGAGAACATCATGAGCTCCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 172925 CTGGAGGCCTGTCAGAAGGTA...CAGGATGAGAACATCATGAGCTCCAT

    800     .    :    .    :
    747 GCAGCTGTTTGAGAATGTCATC
        ||||||||||||||||||||||
 173673 GCAGCTGTTTGAGAATGTCATC