seq1 = pF1KB7952.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB7952/gi568815592f_28127085.tfa (gi568815592f:28127085_28333175), 206091 bp

>pF1KB7952 1182
>gi568815592f:28127085_28333175 (Chr6)

1-420  (100001-100420)   100% ->
421-568  (100606-100753)   100% ->
569-1182  (105478-106091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATACAAACTCAAAGGAGGTTTTATCCCTGGGTGTTCAAGTTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATACAAACTCAAAGGAGGTTTTATCCCTGGGTGTTCAAGTTCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCATGGGAAGAACTTCTGACAATGAAAGTGGAAGCAAAAAGTCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCATGGGAAGAACTTCTGACAATGAAAGTGGAAGCAAAAAGTCACCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGGCAGGAATCCAGACTGAAACGCAGTAATCCACTGGCAAGGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATGGCAGGAATCCAGACTGAAACGCAGTAATCCACTGGCAAGGGAAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCGAAGGCACTTTCGACAGCTGTGCTACCAAGAGACCCCTGGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCGAAGGCACTTTCGACAGCTGTGCTACCAAGAGACCCCTGGACCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGCTCTTACTCGACTCCAGGAACTTTGCTACCAGTGGTTGAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGGCTCTTACTCGACTCCAGGAACTTTGCTACCAGTGGTTGAGGCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTGAGCACAAAGGAGCAGATTTTGGATCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTGAGCACAAAGGAGCAGATTTTGGATCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTATCCATTCTGCCCAAGGAGCTCCAGGGCTGGGTGAGGGAACACTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTATCCATTCTGCCCAAGGAGCTCCAGGGCTGGGTGAGGGAACACTGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGAGTGGAGAAGAGGCTGTGATTTTGCTGGAGGATCTGGAGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGAGTGGAGAAGAGGCTGTGATTTTGCTGGAGGATCTGGAGAGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGATGAACCACAACATGAG         ATGGTGGCCCACAGACACAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100401 TCGATGAACCACAACATGAGGTA...CAGATGGTGGCCCACAGACACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAAGAAGTCCTCTGTAAAGAGATGGTGCCTCTAGCAGAGCAGACACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100627 CAAGAAGTCCTCTGTAAAGAGATGGTGCCTCTAGCAGAGCAGACACCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACCCTTCAGTCCCAGCCTAAGGAGCCACAGCTCACATGTGACTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 GACCCTTCAGTCCCAGCCTAAGGAGCCACAGCTCACATGTGACTCTGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAGTGCCATTCTATTGGAGAGACAG         ATGAAGTAACCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100727 AGAAGTGCCATTCTATTGGAGAGACAGGTG...CAGATGAAGTAACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACTGAGGACAGAGAGTTGGTGCTAAGGAAAGACTGTCCTAAGATAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105492 ACTGAGGACAGAGAGTTGGTGCTAAGGAAAGACTGTCCTAAGATAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACCACATGGGAAAATGTTTAATGAGCAGACCTGGGAGGTATCACAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 ACCACATGGGAAAATGTTTAATGAGCAGACCTGGGAGGTATCACAGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATCCCTCACATGGAGAAGTTGGTGAACATAAGGATAGGATAGAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 ATCCCTCACATGGAGAAGTTGGTGAACATAAGGATAGGATAGAGAGGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGGGGAAACCTCTTAGGAGAGGGGCAACACAAATGTGATGAATGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105642 TGGGGAAACCTCTTAGGAGAGGGGCAACACAAATGTGATGAATGTGGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAGCTTTACTCAGAGCTCAGGTCTCATTCGACATCAAAGAATTCATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105692 GAGCTTTACTCAGAGCTCAGGTCTCATTCGACATCAAAGAATTCATACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GAGAAAGACCTTATGAATGTAATGAATGTGGGAAAGCCTTCAGTCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105742 GAGAAAGACCTTATGAATGTAATGAATGTGGGAAAGCCTTCAGTCGAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCTGGTCTTTTTAATCACCGAGGAATCCACAATATACAGAAACGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 TCTGGTCTTTTTAATCACCGAGGAATCCACAATATACAGAAACGGTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTGCAAGGAGTGTGGGAAGGTCTTCAGTCAGAGTGCGGGTCTTATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 CTGCAAGGAGTGTGGGAAGGTCTTCAGTCAGAGTGCGGGTCTTATCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATCAGAGAATCCACAAAGGAGAAAAGCCGTATCAGTGCAGCCAGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 ATCAGAGAATCCACAAAGGAGAAAAGCCGTATCAGTGCAGCCAGTGCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAGAGCTACAGTCGGCGTTCATTTCTCATTGAACATCAGAGAAGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 AAGAGCTACAGTCGGCGTTCATTTCTCATTGAACATCAGAGAAGCCACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGGGGAGCGACCTCACCAGTGCATTGAATGTGGGAAAAGCTTTAATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 AGGGGAGCGACCTCACCAGTGCATTGAATGTGGGAAAAGCTTTAATCGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACTGCAACCTCATTCGCCATCAGAAGATCCACACAGTGGCTGAGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 ACTGCAACCTCATTCGCCATCAGAAGATCCACACAGTGGCTGAGCTGGTC