seq1 = pF1KB7945.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB7945/gi568815589r_36740563.tfa (gi568815589r:36740563_37134031), 393469 bp

>pF1KB7945 1173
>gi568815589r:36740563_37134031 (Chr9)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-212  (113231-113396)   100% ->
213-410  (118838-119035)   100% ->
411-475  (127495-127559)   100% ->
476-604  (131256-131384)   100% ->
605-780  (167308-167483)   100% ->
781-910  (210548-210677)   100% ->
911-1012  (251927-252028)   100% ->
1013-1099  (287103-287189)   100% ->
1100-1173  (293396-293469)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTAGAGAAAAATTATCCGACTCCTCGGACCAGCAGGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGATTTAGAGAAAAATTATCCGACTCCTCGGACCAGCAGGACAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GACATGGAGGAGTGAATCAGCTTGGGGGGGTTTTTGTGAATGGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGACATGGAGGAGTGAATCAGCTTGGGGGGGTTTTTGTGAATGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCACTCCCGGATGTAGTCCGCCAGAGGATAGTGGAACTTGCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113276 GGCCACTCCCGGATGTAGTCCGCCAGAGGATAGTGGAACTTGCTCATCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGTCAGGCCCTGCGACATCTCCAGGCAGCTTCGGGTCAGCCATGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113326 GGTGTCAGGCCCTGCGACATCTCCAGGCAGCTTCGGGTCAGCCATGGTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCAGCAAAATTCTTGGCAG         GTATTATGAGACAGGAAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113376 TGTCAGCAAAATTCTTGGCAGGTA...TAGGTATTATGAGACAGGAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAGCCTGGGGTAATTGGAGGATCCAAACCAAAGGTCGCCACACCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118858 TCAAGCCTGGGGTAATTGGAGGATCCAAACCAAAGGTCGCCACACCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGTGGAAAAAATCGCTGAATATAAACGCCAAAATCCCACCATGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118908 GTGGTGGAAAAAATCGCTGAATATAAACGCCAAAATCCCACCATGTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGGGAGATCAGGGACCGGCTGCTGGCAGAGCGGGTGTGTGACAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118958 CTGGGAGATCAGGGACCGGCTGCTGGCAGAGCGGGTGTGTGACAATGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGTGCCTAGCGTCAGTTCCATCAACAG         GATCATCCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119008 CCGTGCCTAGCGTCAGTTCCATCAACAGGTG...CAGGATCATCCGGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGTACAGCAGCCACCCAACCAACCAGTCCCAGCTTCCAGTCACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127508 AAAGTACAGCAGCCACCCAACCAACCAGTCCCAGCTTCCAGTCACAGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         TGTCCACTGGCTCCGTGACGCAGGTGTCCTCGGTGAGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127558 AGGTA...CAGTGTCCACTGGCTCCGTGACGCAGGTGTCCTCGGTGAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGATTCGGCCGGCTCGTCGTACTCCATCAGCGGCATCCTGGGCATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131295 CGGATTCGGCCGGCTCGTCGTACTCCATCAGCGGCATCCTGGGCATCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCCCAGCGCCGACACCAACAAGCGCAAGAGAGACGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131345 TCCCCCAGCGCCGACACCAACAAGCGCAAGAGAGACGAAGGTA...AAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATTCAGGAGTCTCCGGTGCCGAACGGCCACTCGCTTCCGGGCAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167309 TATTCAGGAGTCTCCGGTGCCGAACGGCCACTCGCTTCCGGGCAGAGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCTCCGGAAGCAGATGCGGGGAGACTTGTTCACACAGCAGCAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167359 TCCTCCGGAAGCAGATGCGGGGAGACTTGTTCACACAGCAGCAGCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCTGGACCGCGTGTTTGAGAGGCAGCACTACTCAGACATCTTCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167409 GTGCTGGACCGCGTGTTTGAGAGGCAGCACTACTCAGACATCTTCACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACAGAGCCCATCAAGCCCGAGCAG         ACCACAGAGTATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 167459 CACAGAGCCCATCAAGCCCGAGCAGGTA...CAGACCACAGAGTATTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCATGGCCTCGCTGGCTGGTGGGCTGGACGACATGAAGGCCAATCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210564 CCATGGCCTCGCTGGCTGGTGGGCTGGACGACATGAAGGCCAATCTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCCCCACCCCTGCTGACATCGGGAGCAGTGTGCCAGGCCCGCAGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210614 AGCCCCACCCCTGCTGACATCGGGAGCAGTGTGCCAGGCCCGCAGTCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCCATTGTGACAG         GCCGTGACTTGGCGAGCACGACCCTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 210664 CCCCATTGTGACAGGTG...CAGGCCGTGACTTGGCGAGCACGACCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGGGTACCCTCCACACGTCCCCCCCGCTGGACAGGGCAGCTACTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251954 CCGGGTACCCTCCACACGTCCCCCCCGCTGGACAGGGCAGCTACTCAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCGACGCTGACAGGGATGGTGCCTG         GGAGTGAGTTTTCCGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 252004 CCGACGCTGACAGGGATGGTGCCTGGTG...CAGGGAGTGAGTTTTCCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGTCCCTACAGCCACCCTCAGTATTCCTCGTACAACGACTCCTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287119 GAGTCCCTACAGCCACCCTCAGTATTCCTCGTACAACGACTCCTGGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCCCAACCCGGGGCTGCTTG         GCTCCCCCTACTATTATAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 287169 TCCCCAACCCGGGGCTGCTTGGTG...CAGGCTCCCCCTACTATTATAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTGCCGCCCGAGGAGCCGCCCCACCTGCAGCCGCCACTGCCTATGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293416 GCTGCCGCCCGAGGAGCCGCCCCACCTGCAGCCGCCACTGCCTATGACCG

   1250 
   1170 TCAC
        ||||
 293466 TCAC